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标题: 纯蛋白模拟结束后数据分析问题平衡起点怎么选取：RMSD/Rg/氢键变异系数低但整体单调 [打印本页]

作者
Author: nnnnnn 时间: 2025-9-26 21:40
标题: 纯蛋白模拟结束后数据分析问题平衡起点怎么选取：RMSD/Rg/氢键变异系数低但整体单调
各位老师好，我目前是纯蛋白质模拟，是四聚体，模拟了120ns，70ns-120ns整体的相对变化值较低，标准方差比平均值都在5%以内，但是整体来看是单增或单减的，没有上下回落。这是为什么啊，还没有达到平衡状态吗，还是就是正常的,我该选取哪一段时间进行分析啊 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-27 02:25
对后期每隔10-20 ns取一帧，在VMD里做align，绘制成结构叠加图便知道是什么情况，如果确实未平衡可以解释是什么形式的结构变化导致的。可以再跑50 ns观望

作者
Author: nnnnnn 时间: 2025-9-27 08:29

sobereva 发表于 2025-9-27 02:25
对后期每隔10-20 ns取一帧，在VMD里做align，绘制成结构叠加图便知道是什么情况，如果确实未平衡可以解释是 ...

好谢谢老师，我试一下

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