计算化学公社

标题: 求能够读取并显示 Gaussian 16 结果的软件 [打印本页]

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-16 19:56
标题: 求能够读取并显示 Gaussian 16 结果的软件
GaussView 5.0.9 读不了 Gaussian 16 的一些 log 文件。试了其它几个，Molden，Avogadro，Gabedit 都不太完美，比如结构优化的结果，要不不能显示结构只能显示能量，要不就完全读取不了。

有没有什么更好用的软件，或者哪位能提供个 GaussView 6 的下载地址？不胜感激！

作者
Author: hlmkh 时间: 2017-4-17 03:21
please share gaussian16

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-17 19:08

hlmkh 发表于 2017-4-17 03:21
please share gaussian16

在超算上，share不了
不过你要是有什么不太大的计算，倒是可以帮你算
你有Gaussview 6吗？

作者
Author: hlmkh 时间: 2017-4-17 21:06

paitel 发表于 2017-4-17 19:08
在超算上，share不了
不过你要是有什么不太大的计算，倒是可以帮你算
你有Gaussview 6吗？

you are using the Chemcraft for log file

作者
Author: niobium 时间: 2017-4-17 22:14
实在不行从log文件里提取结构不就行了

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-18 17:34

hlmkh 发表于 2017-4-17 21:06
you are using the Chemcraft for log file

你有Chemcraft的序列号吗？

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-18 17:36

niobium 发表于 2017-4-17 22:14
实在不行从log文件里提取结构不就行了

现在就是这么干的，但效率太低。

作者
Author: hlmkh 时间: 2017-4-19 01:35

paitel 发表于 2017-4-18 17:34
你有Chemcraft的序列号吗？

Chemcraft
Site license:
99647913777225058711
72271091210461774330
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53429557367507337668
61491139212529655146
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21309115629836028882

Academic license:
06791673603880891665
67968832234581426782
47074789049726128638
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23918690995427367890
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72163339853553546892
85440546405882095405

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-19 16:20

hlmkh 发表于 2017-4-19 01:35
Chemcraft
Site license:
99647913777225058711

用不了，我现在用的是最新的 Linux 1.8 版 (build 126), 你给的这两个是用于哪个版本的？
不过还是谢谢了，没准其他人用的上。

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2017-4-24 17:04
写个程序提取成.xyz文件就可以。

作者
Author: get-it 时间: 2017-4-24 17:21
ase？pymatgen？

作者
Author: stecue 时间: 2017-4-25 05:04
大哥给个.log 文件大家分析一下哈。按说如果仍然是文本文件，只需要提取结构和能量，直接用grep/awk/sed之类的命令写个bash脚本就完了。或者需要进一步分析数据的话，直接用MATLAB/Python写个parser也很简单，以前不知道OpenBabel的时候没少干这事儿。

作者
Author: stecue 时间: 2017-4-25 05:11
对了你formchk一下得到的.fchk文件应该通用哈。

作者
Author: paitel 时间: 2017-4-25 17:59

stecue 发表于 2017-4-25 05:04
大哥给个.log 文件大家分析一下哈。按说如果仍然是文本文件，只需要提取结构和能量，直接用grep/awk/sed之 ...

用惯Gaussview后，发现其它任何做法效率都不够高，特别是还需要做细节处理的时候，比如，调整键长，键角，二面角什么的，其它的软件都存在这样那样的不足，而且很多软件因为是免费的，所以后续支持不太理想，很容易闪退。楼上提到的Chemcraft其实已经很不错，最近试了试，但还是不如Gaussview方便，比如Chemcraft不能像Gaussview一样直接生成做过渡态qst2或qst3的那种多个结构在一起的脚本，不能同时分析几个分子，没有原子列表编辑器，没有Redundant坐标编辑器。。。当然这些东西只要花些时间都有其它的办法解决，但是否值得那么做呢？总之，Gaussview卖那么贵是有原因的。
谢谢你提供的信息。我可以给你个.log文件，或着你有什么不太大的计算，我可以用高斯16帮你算一下，然后把.log文件发给你，私信联系吧。

作者
Author: hlmkh 时间: 2017-4-26 18:15
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作者
Author: paitel 时间: 2017-4-26 21:13
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