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标题: 计算小分子的氧化还原电势求助 [打印本页]

作者
Author: sun877469558 时间: 2025-9-27 01:05
标题: 计算小分子的氧化还原电势求助
各位老师好，如图所示，我想要计算一个小分子的氧化还原电势，我需要计算几百个，分别由不同底物与ThDP辅因子形成的复合物中间体，可不可以为了加速运算，计算图中右边的中间体简略版？把辅因子的R1和R2基团删去，因为每个不同底物形成的中间体，R1和R2都是一样的，直接这样删去R1和R2对真实的氧化还原电势影响大么？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-27 02:23
拿5个体系，对比简化前后的结果便知简化是否合适。我不建议做简化，本来体系也没多大

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Author: sun877469558 时间: 2025-9-27 09:21

sobereva 发表于 2025-9-27 02:23
拿5个体系，对比简化前后的结果便知简化是否合适。我不建议做简化，本来体系也没多大

明白了，还想请教一下sob老师，辅因子是在酶口袋中的，不同的底物结合进去，因为氨基酸残基的位阻关系，真实的小分子的结构，可能在纯DFT计算无法考虑到，也就是说小分子的氧化还原电势计算，是考虑优化最低能量的小分子构象去计算，还是说做个构象搜寻计算很多不同构象取电势的平均值，小分子的键的旋转会对电势产生很大的影响么？

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