计算化学公社
标题: 求助：酸碱协同催化亲核环化反应的过渡态未收敛 [打印本页]
作者Author: Llight 时间: 2025-9-27 11:53
标题: 求助：酸碱协同催化亲核环化反应的过渡态未收敛
本帖最后由 Llight 于 2025-9-27 12:01 编辑
各位老师好，我正在尝试计算一个酸碱协同催化的分子内环化反应过渡态，但计算失败，特来请教。（输入和输出文件在文末）
1. 反应简述：
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猜测机理: 碱夺取11-OH质子，酸提供质子给12-O，O-11进攻C-5，C5-O12断键形成五元环产物。目标: 使用高斯寻找该反应的过渡态。
2. 计算方法与问题：
体系: 底物 + 乙酸根（碱） + 对甲基苯酚（酸）
方法: #p opt=(calcall,qst3,cartesian,maxstep=3,noeigentest,maxcycle=120) freq wb97xd scrf=(smd,solvent=water) nosymm def2svp int=ultrafine scf=(tight,xqc,maxcycle=512)
电荷/多重度: -1 / 1
初猜结构：
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结果: 优化达到120步上限后终止。在终止的.out文件中，频率分析有5个虚频。（输入和输出文件在文末）
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希望请教的问题：请问下一步我该如何操作呢，可以尝试做哪些调整呢？谢谢大家。
由于经验不足，我的提问和操作可能存在很多不当之处，恳请各位老师不吝赐教，任何一个方面的建议对我来说都非常宝贵。谢谢。
作者Author: wal 时间: 2025-9-27 12:16
本帖最后由 wal 于 2025-9-27 12:23 编辑
大概率不是基元反应
这个草稿莫名其妙给发出来了 多占了一层楼
作者Author: wal 时间: 2025-9-27 12:22
本帖最后由 wal 于 2025-9-27 12:24 编辑
1. 当前反应看着不像基元反应，如果是分步来的那就不要瞎用qst3，能用ts就没有用qst3的必要
2. 优化初期不要动maxstep，你maxstep减了优化步数相应就要多，然后又maxcyc把步数限120，那你肯定9999
3. 几何优化如无必要不要用smd
4. 如果没碰到scf问题，你当前写的scf相关的关键词一个也不用加
作者Author: wzkchem5 时间: 2025-9-27 12:59
这是用团簇模型模拟酶催化吗，还是说实际的反应物就是乙酸根和对甲基苯酚？
作者Author: Llight 时间: 2025-9-27 13:06
感谢您的指点，我先移除溶剂模型和非必要的 maxstep, scf 等参数，先在气相中计算看看。
基元反应的问题，我尝试分步去找一下过渡态，比如：先找碱夺质子的过渡态，然后再找关环和酸给质子的过渡态。谢谢，我尝试一下。
作者Author: Llight 时间: 2025-9-27 13:09
抱歉前面忘记说了，是使用团簇模型模拟酶催化。
作者Author: wzkchem5 时间: 2025-9-27 16:34
那老老实实用QM/MM吧，这种电子结构一点也不复杂、体系也不大的情况，不考虑蛋白环境如今基本已经没法发表了
作者Author: 2429783189 时间: 2025-9-27 18:07
想请问老师，sob老师这篇博文（http://sobereva.com/597）里提到的簇模型算蛋白质也难发表嘛？
作者Author: Llight 时间: 2025-9-27 20:48
谢谢回复，QM/MM这一部分还没有开始看，后面找时间抓紧学学。
作者Author: wzkchem5 时间: 2025-9-27 22:56
我说的是不考虑蛋白环境基本无法发表。如果簇模型里面底物周边一层残基都考虑了，那还是可以接受的。只考虑直接参与催化反应的活性残基，而不考虑那些只和底物有非共价相互作用的残基，是有很大问题的，反正如果我是审稿人我肯定不给过，会要求作者证明不考虑蛋白环境造成的误差可以忽略
作者Author: 2429783189 时间: 2025-9-29 17:12
受教了，谢谢老师。
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