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标题: 求助：gromacs设置不同的λ计算自由能，每个λ对应的状态是否应该独立模拟 [打印本页]

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Author: xliu97 时间: 2025-9-27 13:52
标题: 求助：gromacs设置不同的λ计算自由能，每个λ对应的状态是否应该独立模拟
我最近想计算超额化学势，因此参考了几篇教程。
第一篇Free Energy Calculations；第二篇：Barnett GROMACS教程|Jerkwin。两篇教程都很详细介绍了如何设置不同的lambda状态进行模拟，但是他们的脚本中有两种情形。第一个教程中每一个λ状态都是从同一个初始结构文件开始进行能量最小化-平衡-生产。第二个教程是最开始的λ状态对应的模拟进行能量最小化-平衡-生产，下一个模拟使用上一个λ产生的最终结构文件作为开始。根据教程来看最终结果差距并不明显。因此我想问自己操作的时候，两种方法是否都可以？每个λ对应的的状态留有足够的时间来平衡以及生产，差别并不会很大？

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