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标题: openmpi和ORCA6.1.0安装时环境变量配置问题(orca报错)-经验交流 [打印本页]

作者
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saaamon    时间: 2025-9-27 16:36
标题: openmpi和ORCA6.1.0安装时环境变量配置问题(orca报错)-经验交流
本帖最后由 saaamon 于 2025-9-28 08:57 编辑

最近在新购买的服务器(双路AMD7R32,96核心,512内存)上安装openmpi和ORCA6.1.0时遇到的一些问题,并尝试找到了解决办法(纯瞎摸索,不知其因,原因看社长回复,怪自己太马虎),跟大家分享经验:

1.openmpi 4.1.8和orca6.1.0按照sob提供的教程(量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元)可以顺利安装,
但是在提交测试作业时出现报错,内容如下:
[server@localhosttest1]$ orca t.inp>t.out
/home/app/orca610/bin/orca_startup_mpi:error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared objectfile: No such file or directory
/home/app/orca610/bin/orca_startup_mpi:error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared objectfile: No such file or directory
/home/app/orca610/bin/orca_startup_mpi:error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared objectfile: No such file or directory
......
--------------------------------------------------------------------------
Primary job terminatednormally, but 1 process returned
a non-zero exitcode. Per user-direction, the job has been aborted.
[size=13.3333px]--------------------------------------------------------------------------
[size=13.3333px]/home/app/orca610/bin/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
[size=13.3333px][file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
.... aborting the run

查了很多关于“Primary job terminated normally, but 1 process returned a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.”帖子,
起初以为是mpi版本的问题,所以将4.1.8版本的mpi换成4.1.6,但是在提交测试作业依然出现同样的报错;另外也有说是任务内存设置过大的问题,尝试将内存和核数降低(%maxcore 1000 %pal nprocs  4 end)也无法解决问题;
束手无策的情况下将整条信息复制到google中搜索解决办法,AI倒是提供了一个解决办法,添加环境变量:
export LD_LIBRARY_PATH="/path/to/mpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

于是我尝试在.bashrc中#openmpi相关的环境变量中添加如下两行环境变量:
复制原有的两行环境变量
export PATH=/home/app/openmpi416/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/app/openmpi416/bin:$LD_LIBRARY_PATH
并将其中的bin文件夹改成lib
export PATH=/home/app/openmpi416/lib:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/app/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH

最终的#openmpi环境变量如下:
#openmpi
export PATH=/home/app/openmpi416/lib:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/app/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/home/app/openmpi416/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/app/openmpi416/bin:$LD_LIBRARY_PATH
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

orca相关的环境变量未改动:
#orca
export PATH=$PATH:/home/app/orca610/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/app/orca610/bin
alias orca='/home/app/orca610/bin/orca'

希望对遇到同样的问题的同学有所帮助!

作者
Author:
sobereva    时间: 2025-9-28 00:47
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html


我的博文里原本写的就是lib
export PATH=$PATH:/sob/openmpi416/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi416/lib

PATH和LD_LIBRARY_PATH环境变量的用处完全不一样,前者定义可执行文件的搜索路径,后者定义动态库文件的搜索路径
你文中的下面两行是完全多余的
export PATH=/home/app/openmpi416/lib:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/app/openmpi416/bin:$LD_LIBRARY_PATH


作者
Author:
saaamon    时间: 2025-9-28 08:58
好的,感谢社长,还是自己太马虎了。
作者
Author:
wangzh    时间: 2025-9-29 19:48
sobereva 发表于 2025-9-28 00:47
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451(http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html)
...

老师您好,他的orca环境变量里面。
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/app/orca610/bin,最后应该是bin还是lib?
感谢老师解答?

作者
Author:
KazusaT    时间: 2025-9-29 20:16
wangzh 发表于 2025-9-29 19:48
老师您好,他的orca环境变量里面。
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/app/orca610/bin, ...

应该都没有吧。
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/app/orca610
作者
Author:
sobereva    时间: 2025-9-30 05:56
wangzh 发表于 2025-9-29 19:48
老师您好,他的orca环境变量里面。
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/app/orca610/bin, ...

ORCA目录下根本没库文件,这行命令毫无意义




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