计算化学公社

标题: 高斯view统计角度和VMD观看构型变化。两者对应不起来，谢谢指点 [打印本页]

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Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 11:15
标题: 高斯view统计角度和VMD观看构型变化。两者对应不起来，谢谢指点
本帖最后由小范范1989 于 2017-4-17 11:16 编辑

首先说明一下，今天在群里咨询了。冰老师给回复了，可能是我当时表述不清楚，图像太多，如果全部发到群里，会占大的面积。所以我就在公社，来咨询讨论一下。谢谢指点。
首先，我统计了分子二面角，角度1是通过sob老师的二面角计算小程序得到，因为高斯view没法直接统计。然后角度二是直接高斯view统计的。

角度１为２－４－６和２６－２７－２９之间的夹角。 角度２为２２－２１－６０－５１

	Gas			Solid
	S0	S1	T1	S0	S1	T1
q1	49.86	43.74	48.27	63.12	53.33	48.71
q2	-86.3	-90.5	-96.3	-91.3	-99.5	-112.1

通过表格可以看出来，solid中，结构S0-S1之间结构，变化比gas下大点。比如角度2变化了8.2度in solid。4.2度in gas。所以，固相下，构型变化大。
但是我通过vmd，把S0-S1构型放在一起比较。图像如下。
可以看出来，solid中构象变化小。和我们统计的表格不一样啊。可能我观看角度有点差距，但是solid中构型小啊。
这两者的区别是怎么回事？哪个结论正确呢？
附件是我的文件。
谢谢老师指点。

作者
Author: lyfchem 时间: 2017-4-17 11:31
RMSD要全面一些吧

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 12:08

lyfchem 发表于 2017-4-17 11:31
RMSD要全面一些吧

也就是比较图片这个按说更直观，我也这么觉得。所以当时我就直接用了图片。
导师让统计一下数据，我统计了，发现数据这不是和图片不太一样，问题就在这。
是不是我统计角度，选的角度不合适？不能统计那两个角度？》
谢谢老师指点

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 12:59
本帖最后由冰释之川于 2017-4-17 13:50 编辑

小范范1989 发表于 2017-4-17 12:08
也就是比较图片这个按说更直观，我也这么觉得。所以当时我就直接用了图片。
导师让统计一下数据，我统计 ...

首先，RMSD大不一定推出这两个平面角大（导致RMSD大的因素还有键长的变化等），反之亦然。然后，究竟要用RMSD，还是要用你定义的两个平面夹角，那就要看你研究的目的了。如果考察激发态和基态分子的global geometric changes，那果断的用RMSD【对应于你的VMD里的图】
如果只是通过这三个平面的夹角变化来考察在该路径下的电子的流动性/共轭性相对大小，那就用你定义的平面夹角说事，用RMSD显然就不合适了。

只有当两平面夹角变化占RMSD的主导作用时，这两者才会有相关性。

顺便提一下，算RMSD之前一定要把两个分子align一下，使得RMSD最小化，不然算出来的数值没意义。参考《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
》http://sobereva.com/290

顺便帮你分析了一下gas下几何变化大的原因（结果看来平面的扭曲并非占主导地位）：
RMSD in solid: 0.136 埃
RMSD in gas: 0.342 埃

(, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 15:34

冰释之川发表于 2017-4-17 12:59
首先，RMSD大不一定推出这两个平面角大（导致RMSD大的因素还有键长的变化等），反之亦然。然后，究竟要用 ...

非常感谢冰老师。给我指明了这一个结构分析这一块了。
因为之前，我计算的分子，都是二面角的扭转造成构型变化大，看来构型变化不住要来源于二面角的扭转，而是其他集团的变化。所以出现了迷惑。非常感谢冰老师。
还一个问题咨询一下，不管是qq群还是论坛，看到好多老师能够在图里很简加入箭头什么的这种指示图标。这个是怎么快速添加的呢？我一般都是通过ppt加，在保存图片，相对麻烦点。
非常感谢冰老师指点。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 16:30

小范范1989 发表于 2017-4-17 15:34
非常感谢冰老师。给我指明了这一个结构分析这一块了。
因为之前，我计算的分子，都是二面角的扭转造成构 ...

打开QQ，按住Ctrl+Alt+A，截图时候会有箭头工具一栏选择

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 17:06

冰释之川发表于 2017-4-17 16:30
打开QQ，按住Ctrl+Alt+A，截图时候会有箭头工具一栏选择

偶，果真这样子。原来在这里啊。从来没有注意过，一直都是直接截图。谢谢冰老师。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 20:30
本帖最后由小范范1989 于 2017-4-17 21:28 编辑

冰释之川发表于 2017-4-17 12:59
首先，RMSD大不一定推出这两个平面角大（导致RMSD大的因素还有键长的变化等），反之亦然。然后，究竟要用 ...

冰老师做的图比较好看，照着冰老师的图，我的操作如下。简要的把过程的主要图片叠图保存了word。
自己也保存一下，防止丢了。传上来。不一定对哈。可能和冰老师的还是有差距，不如冰老师的好。

还要再次谢谢冰老师。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 21:28
本帖最后由冰释之川于 2017-4-17 21:31 编辑

小范范1989 发表于 2017-4-17 20:30
冰老师好，还需要麻烦一下冰老师。
你这个图是VMD怎么做的啊？白色背景我会设置，你这样的构型是怎么弄 ...

关于虚化：《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》http://sobereva.com/291里第一条
关于分子呈现方式，Graphics ---> Representation ---> Drawing Method 选择 Licorice
关于同时显示两个分子：参考《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差》http://sobereva.com/290

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-17 21:29

冰释之川发表于 2017-4-17 21:28
关于虚化：《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》http://sobereva.com/291里第一条
关于分 ...

恩，刚刚正好我也改了之前给你的留言，谢谢冰老师。给冰老师添麻烦了。

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