计算化学公社

标题: 第一次用高斯，优化过渡态的时候出现结构不收敛，求助各位大佬 [打印本页]

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-29 20:51
标题: 第一次用高斯，优化过渡态的时候出现结构不收敛，求助各位大佬
优化到一半报错，Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g16/l9999.exe at Mon Sep 29 17:06:36 2025.
查看之前的帖子发现可能是优化不收敛，并在输出文件中找到了Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded,  NStep= 124。
请问接下来改怎么更改？
下面是我的输入文件
%chk=/home/user01/gaosi/jisuan
# opt=(calcfc,qst2,noeigentest) freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

-1 2
C                2.23473670 0.32969557 0.58582803
O                2.92224638 0.88171333 1.48370185
O                1.72632925 1.10444255 -0.50329500
H                2.32274028 1.83515044 -0.68206826
C                1.94089442 -1.18019355 0.65993312
H                1.83767458 -1.57248060 -0.33019643
H                2.74748217 -1.67650334 1.15792187
C                0.63472824 -1.41116759 1.44235301
C                0.34088596 -2.92105671 1.51645810
H                1.14747371 -3.41736649 2.01444685
H                0.23766612 -3.31334376 0.52632855
C                -0.96528023 -3.15203074 2.29887799
O                -1.30722524 -2.34740896 3.20399012
O                -1.78957496 -4.28084957 1.99687424
H                -2.70696499 -4.06532635 2.18002794
C                -0.52615507 -0.69685257 0.72562154
O                -0.49880361 -0.54958251 -0.52383194
O                -1.63519933 -0.20091238 1.47991866
H                -2.00248256 0.56933948 1.04012883
O                0.77267625 -0.88689610 2.76561026
H                1.49634376 -1.33218339 3.21240391
S                -4.10525384 3.56531382 0.66467171
O                -5.77525384 3.56533435 0.66467171
O                -3.54860653 1.99081587 0.66467171
O                -3.54857749 4.35255252 2.02822100
O                -3.54857749 4.35255252 -0.69887758

1 2 2.0 3 1.0 5 1.0
2
3 4 1.0
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0 16 1.0 20 1.0
9 10 1.0 11 1.0 12 1.0
10
11
12 13 2.0 14 1.0
13
14 15 1.0
15
16 17 2.0 18 1.0
17
18 19 1.0
19
20 21 1.0
21
22 23 1.0 24 1.0 25 1.0 26 1.0
23
24
25
26

Title Card Required

-1 2
C                -0.03696858 -0.24953789 0.00000000
O                0.65047874 0.30255572 0.89787493
O                -0.54533361 0.52512458 -1.08920294
H                0.05107049 1.25583423 -1.26799208
C                -0.33078022 -1.75942881 0.07418979
H                -0.43393627 -2.15178444 -0.91591924
H                0.47579140 -2.25568674 0.57225634
C                -1.63698437 -1.99038059 0.85655288
C                -1.93079601 -3.50027151 0.93074267
H                -1.12422439 -3.99652944 1.42880921
H                -2.03395206 -3.89262714 -0.05936636
C                -3.23700016 -3.73122329 1.71310575
O                -3.57901374 -2.92654886 2.61814516
O                -4.06125221 -4.86008127 1.41113189
H                -4.97865732 -4.64456692 1.59422043
C                -2.79784446 -1.27614020 0.13970944
O                -2.77042728 -1.12895305 -1.10975237
O                -3.90694185 -0.78017511 0.89391206
H                -4.67205103 1.29745429 0.40602177
O                -1.49912161 -1.46601746 2.17978270
H                -0.77546857 -1.91125822 2.62664614
S                -6.29738233 2.72461823 0.08852964
O                -7.96042266 2.58480403 0.14893537
O                -5.60668529 1.20865809 0.20558714
O                -5.77221031 3.67509384 1.35726542
O                -5.85021106 3.42991697 -1.35766936

1 2 2.0 3 1.0 5 1.0
2
3 4 1.0
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0 16 1.0 20 1.0
9 10 1.0 11 1.0 12 1.0
10
11
12 13 2.0 14 1.0
13
14 15 1.0
15
16 17 2.0 18 1.0
17
18
19 24 1.0
20 21 1.0
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23
24
25
26

作者
Author: wal 时间: 2025-9-29 21:26
摆好过渡态初猜用TS
opt=(calcfc,TS,noeigentest)

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-9-29 22:14
确认一下当前的自旋多重度和净电荷是否可靠。
当前体系真的有单电子/自由基么？

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 00:16

Stardust0831 发表于 2025-9-29 22:14
确认一下当前的自旋多重度和净电荷是否可靠。
当前体系真的有单电子/自由基么？

我的体系里是有一个硫酸根自由基的，所以我这么设置的电荷和spin

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 00:17

wal 发表于 2025-9-29 21:26
摆好过渡态初猜用TS
opt=(calcfc,TS,noeigentest)

用TS的话是不是我就要换成过渡态的结构而不是像这样的初末态，请问一下这两者计算有什么区别

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 00:47

zyhhh 发表于 2025-9-30 00:17
用TS的话是不是我就要换成过渡态的结构而不是像这样的初末态，请问一下这两者计算有什么区别

是
区别在于qst2非常麻烦而且对于你当前要算的过渡态效率远不如ts。如果你执意要用qst2，你要自己想办法把初末结构基本对齐。你当前输入用connection检查一下能看到对应关系是有问题的

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 01:58

wal 发表于 2025-9-30 00:47
是
区别在于qst2非常麻烦而且对于你当前要算的过渡态效率远不如ts。如果你执意要用qst2，你要自己想办法 ...

好的谢谢，那用TS的话结构是不是就只能自己去猜呢，有没有什么方法能去验证我这个猜的对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-30 06:26
仔细把此文看了
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

建议有机会参加北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）（下一届在11月底），里面极为详细讲了过渡态怎么搜索，手把手教，给了近20个例子和练习，学一遍并举一反三就会知道怎么又好又快地找过渡态了。

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 10:34

sobereva 发表于 2025-9-30 06:26
仔细把此文看了
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.k ...

好的谢谢大佬，还想请教一下。如果我用TS计算的话，体系可能会有一个或三个自由基，这个时候自旋度是不是2或6呢，还是说我需要每个都算一下确定能量最低的那个

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 10:38

zyhhh 发表于 2025-9-30 10:34
好的谢谢大佬，还想请教一下。如果我用TS计算的话，体系可能会有一个或三个自由基，这个时候自旋度是不是 ...

哪里有三个自由基

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 10:44

wal 发表于 2025-9-30 10:38
哪里有三个自由基

就是硫酸根自由基，氢自由基和二氧化碳自由基。我看得文献过渡态是这么描述的，可能不太对

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 14:24

zyhhh 发表于 2025-9-30 10:44
就是硫酸根自由基，氢自由基和二氧化碳自由基。我看得文献过渡态是这么描述的，可能不太对

反应前是硫酸根自由基反应后是羧基自由基，没有三个，自旋按2就行

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 19:44
本帖最后由 zyhhh 于 2025-9-30 19:47 编辑

wal 发表于 2025-9-30 14:24
反应前是硫酸根自由基反应后是羧基自由基，没有三个，自旋按2就行

想问一下我这个貌似还是没有收敛，需不要添加隐式溶剂模型呢

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 19:50

zyhhh 发表于 2025-9-30 19:44
想问一下我这个貌似还是没有收敛，需不要添加隐式溶剂模型呢

这个输入看着还行但是你应该贴输出文件
如果你实际体系里有溶剂，那是要加的

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 20:04
本帖最后由 zyhhh 于 2025-9-30 20:18 编辑

wal 发表于 2025-9-30 19:50
这个输入看着还行但是你应该贴输出文件
如果你实际体系里有溶剂，那是要加的

输出文件太大了，显示无法上传

，这是最后一段 I HAVE NOT FAILED, I HAVE ONLY DISCOVERED 10,000 WAYS THAT DIDN'T WORK. -- THOMAS A. EDISON Error termination request processed by link 9999. Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g16/l9999.exe at Tue Sep 30 18:37:40 2025. Job cpu time: 0 days 7 hours 53 minutes 23.4 seconds. Elapsed time: 0 days 7 hours 54 minutes 45.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 556 Int= 0 D2E= 0 Chk= 11 Scr= 1
我的溶剂是水。我看到一篇跟我类似的文献用了SMD然后他还用到了M06-2X这个泛函和def2-SV基组，但在我的gview里没有找到这个函数,我就按网上的复制粘贴了一下，不知道可对.

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 20:20
本帖最后由 wal 于 2025-9-30 20:22 编辑

zyhhh 发表于 2025-9-30 20:04
输出文件太大了，显示无法上传，这是最后一段 I HAVE NOT FAILED, I HAVE ONLY DISCOVERED 10,000 WA ...

1. 那你自行看优化轨迹和收敛情况判断是震荡了，还是优化到反应物/产物了，还是走向正常只是需要更多步
2. 如果想用你可手写关键词 M06-2X对应关键词是M062X 直接手动编辑gjf文件替换掉你当前的泛函但我一般不推荐用这个泛函做结构优化因为这个泛函很慢还加SMD更是虚频印刷机套餐所以不建议你抄文献做法后续单点的时候用M062X/SMD(water)算单点能即可
你当前输入是错的 6-31g(d)/def2sv这个地方两个基组你要删掉一个

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 22:10

wal 发表于 2025-9-30 20:20
1. 那你自行看优化轨迹和收敛情况判断是震荡了，还是优化到反应物/产物了，还是走向正常只是需要更多步
...

好的感谢大佬，观察log文件后确实是出现了比较明显的振荡，而且在二氧化碳脱离时出现了较大的能量波动，这种是正常现象吗

作者
Author: wal 时间: 2025-9-30 22:13

zyhhh 发表于 2025-9-30 22:10
好的感谢大佬，观察log文件后确实是出现了比较明显的振荡，而且在二氧化碳脱离时出现了较大的能量波动， ...

你这个基本上是直接优化到产物了需要考虑一下无垒的可能性建议做个柔性扫描扫氢从羧基上转移到硫酸根自由基的过程

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-9-30 22:16

wal 发表于 2025-9-30 22:13
你这个基本上是直接优化到产物了需要考虑一下无垒的可能性建议做个柔性扫描扫氢从羧基上转移到硫酸根 ...

好的感谢大佬，如果SMD的那个还优化不出来我就去试一下柔性扫描

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-10-9 12:37
本帖最后由 zyhhh 于 2025-10-9 12:39 编辑

wal 发表于 2025-9-30 22:13
你这个基本上是直接优化到产物了需要考虑一下无垒的可能性建议做个柔性扫描扫氢从羧基上转移到硫酸根 ...

大佬想问一下我这个柔性扫描是哪里有问题呢

作者
Author: wal 时间: 2025-10-9 12:46
本帖最后由 wal 于 2025-10-9 12:47 编辑

zyhhh 发表于 2025-10-9 12:37
大佬想问一下我这个柔性扫描是哪里有问题呢

问题不大就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了不过你这个已经能看到疑似TS的位置了你可以保存第12帧按照上面TS的关键词去算这次理论上应该在能二三十步之内收敛到TS结构
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-10-9 13:05
本帖最后由 zyhhh 于 2025-10-12 12:28 编辑

wal 发表于 2025-10-9 12:46
问题不大就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了不过你这个已经能看到疑似TS的位置了你可以保存第 ...

感谢解答，我来试一试

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-10-15 16:06
本帖最后由 zyhhh 于 2025-10-15 16:07 编辑

wal 发表于 2025-10-9 12:46
问题不大就是扫到后面氢和氧距离太近导致SCF收敛不了不过你这个已经能看到疑似TS的位置了你可以保存第 ...

你好大佬我想请教一下算单点能的几个问题。
1：我的优化文件收敛了但是出现了个fort7文件和最后几行话，不知道对结果是否影响，能否直接用log文件去进行下一步计算
Unable to Open any file for archive entry.
1\1\GINC-CN1\FOpt\UM062X\def2SVP\O4S1(1-,2)\USER01\15-Oct-2025\0\\# op
t M062X/def2svp scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity\\Title Card
Required\\-1,2\S,-4.1051783624,3.5652378855,0.664606278\O,-4.18122540
75,4.6618127631,-0.3373825097\O,-2.6718997633,3.2733587054,0.934709360
1\O,-4.7524663793,2.3224224042,0.1656770427\O,-4.8154992792,4.00373732
52,1.895748379\\Version=ES64L-G16RevC.02\State=2-A\HF=-698.6124595\S2=
0.76443\S2-1=0.\S2A=0.750151\RMSD=4.291e-09\RMSF=1.341e-04\Dipole=0.00
28725,-0.0022619,-0.0011819\Quadrupole=-0.014272,-0.0434546,0.0577266,
0.005838,0.0546341,0.0098317\PG=C01 [X(O4S1)]\\@
The archive entry for this job was punched.
2：我看网上有的直接用原始结构去算能量，这跟我优化后再去算有区别吗？
3：我想要的是吉布斯自由能是不是应该在输出文件中寻找Sum of electronic and thermal Free Energies

作者
Author: wal 时间: 2025-10-15 16:26

zyhhh 发表于 2025-10-15 16:06
你好大佬我想请教一下算单点能的几个问题。
1：我的优化文件收敛了但是出现了个fort7文件和最后几行话， ...

1 这是g16c的已知行为不必在意
2 不优化算能量就是算着玩的
3 你没做freq 不会输出自由能的

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-10-15 17:31
本帖最后由 zyhhh 于 2025-11-4 15:15 编辑

wal 发表于 2025-10-15 16:26
1 这是g16c的已知行为不必在意
2 不优化算能量就是算着玩的
3 你没做freq 不会输出自由能的

我这个确实只做了优化没去算频率，这样去算energy会输出自由能吗，还是说必须要加freq

作者
Author: wal 时间: 2025-10-15 17:42

zyhhh 发表于 2025-10-15 17:31
我这个确实只做了优化没去算频率，这样去算energy会输出自由能吗，还是说必须要加freq

自由能热校正依赖频率分析啊。

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-11-7 12:03

wal 发表于 2025-10-15 17:42
自由能热校正依赖频率分析啊。

您好，我下面这个计算分开算就能收敛，合在一起就收敛不了该怎么处理呢。算的是参考上图的-4.11那个结构

作者
Author: wal 时间: 2025-11-7 13:07

zyhhh 发表于 2025-11-7 12:03
您好，我下面这个计算分开算就能收敛，合在一起就收敛不了该怎么处理呢。算的是参考上图的-4.11那个结构

(, 下载次数 Times of downloads: 0)
震荡了取最后一帧步长改小加gdiis再优化试试

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-11-11 12:12
本帖最后由 zyhhh 于 2025-11-11 12:16 编辑

wal 发表于 2025-11-7 13:07
震荡了取最后一帧步长改小加gdiis再优化试试

您好请教一下就是我算出来的跟上面的文献有一定差距该怎么办，就比如上面他那个-4.11的负值我算出来了1.32的正值。我把算羟基自由基的123步放进去了

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-11 12:44

zyhhh 发表于 2025-11-11 12:12
您好请教一下就是我算出来的跟上面的文献有一定差距该怎么办，就比如上面他那个-4.11的负值我算出来了1.3 ...

你的结构跟他又不一样

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-11-15 14:37
本帖最后由 zyhhh 于 2025-11-15 14:43 编辑

wal 发表于 2025-11-7 13:07
震荡了取最后一帧步长改小加gdiis再优化试试

wal大佬，我之前计算的有机体系基本搞定了，但目前需要算一个过渡金属氧化物三氧化二钴和自由基/有机物之间的吸附能和吉布斯自由能，目前用PBE1PBE/def2svp基组单独算三氧化二钴（在自旋度设置1或者5时能够收敛，3不收敛）没什么大问题，但把三氧化二钴和有机物放在一起怎么样也没法收敛，而且看log文件感觉离收敛还相差甚远。最后的报错基本上都是下面这个样子

Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
Error on total polarization charges =  0.05682
SCF Done:  E(RPBE1PBE) =  -3748.57467266    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.28D-04    -V/T= 2.0030
SMD-CDS (non-electrostatic) energy    (kcal/mol) =    7.51
(included in total energy above)
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g16/l502.exe at Sat Nov 15 14:23:19 2025.
Job cpu time:    0 days  4 hours 56 minutes  0.8 seconds.
Elapsed time:    0 days  4 hours 56 minutes  3.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 188 Int=    0 D2E=    0 Chk=    12 Scr=    1

作者
Author: wal 时间: 2025-11-15 14:50

zyhhh 发表于 2025-11-15 14:37
wal大佬，我之前计算的有机体系基本搞定了，但目前需要算一个过渡金属氧化物三氧化二钴和自由基/有机物之 ...

你确定三氧化二钴不需要用晶体结构么这孤零零一个Co2O3看着好抽象

作者
Author: zyhhh 时间: 2025-11-15 15:05
本帖最后由 zyhhh 于 2025-11-15 15:07 编辑

wal 发表于 2025-11-15 14:50
你确定三氧化二钴不需要用晶体结构么这孤零零一个Co2O3看着好抽象

我之前用晶胞算了一次，没法收敛我就用了这个单独的

作者
Author: wal 时间: 2025-11-15 15:22

zyhhh 发表于 2025-11-15 15:05
我之前用晶胞算了一次，没法收敛我就用了这个单独的

1 周期性体系我不熟，你可另发贴求助
2 虽然周期性体系我不熟，但是你这个错的也太离谱了，你这是把一个晶胞当作一个孤立体系在算，这要能算出来才抽象，推荐先了解下周期性计算相关知识。另外周期性计算一般不用Gaussian

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