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标题: 关于sobtop软件生产氨基酸衍生物类小分子拓扑文件的问题 [打印本页]

作者
Author: tianfu1899 时间: 2025-10-1 14:32
标题: 关于sobtop软件生产氨基酸衍生物类小分子拓扑文件的问题
各位老师好！学生在此想请教一个关于分子模拟拓扑文件构建的问题：有一个氨基酸衍生物类小分子配体，该配体的结构中，除了常规氨基酸片段外，还包含若干非标准型残基。想咨询的是，这类含有非标准残基的氨基酸衍生物配体，是否可以通过Sobtop软件生成对应的拓扑文件？如果可以，在构建过程中，是否需要先将配体中的非标准残基部分单独拆分出来、单独构建其拓扑参数后再与氨基酸片段组合？还是说可以直接以整个配体为整体，通过Sobtop一次性完成拓扑文件的生成？谢谢。小分子已上传附件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-2 06:21
可以直接产生，当做普通有机分子处理就完了，除非你要作为非标准残基用于蛋白质模拟

作者
Author: tianfu1899 时间: 2025-10-2 11:53

sobereva 发表于 2025-10-2 06:21
可以直接产生，当做普通有机分子处理就完了，除非你要作为非标准残基用于蛋白质模拟

谢谢，sob老师

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