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标题: 高斯计算总是报错，原因提示可能基组不合适？ [打印本页]

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Author: lao7 时间: 2017-4-17 15:33
标题: 高斯计算总是报错，原因提示可能基组不合适？
对有机和水合Cd2+离子配位进行优化和频率分析，所用方法是：B3LYP/6-31G**，每次计算就会报错，提示为：“Atomic number out of range for 6-31G basis set”，似乎是基组选择不合适。因为要在同一个计算水平下比较多种金属离子（钙、锌、镉、铜、铝）的与有机体结合能，请问使用什么统一的计算方法合适？

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Author: jiangning198511 时间: 2017-4-17 15:37
可以试试DEF2-TZVP, 元素基本都有定义

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Author: lao7 时间: 2017-4-17 15:51

jiangning198511 发表于 2017-4-17 15:37
可以试试DEF2-TZVP, 元素基本都有定义

嗯！元素定义哪里查到？我记得有，但是现在找不到了。
另外：高斯下，这个DEF2-TZVP完整写法是什么样？应该这么写吗：Opt Freq B3LYP/DEF2-TZVP**
谢谢！

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Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 15:56

jiangning198511 发表于 2017-4-17 15:37
可以试试DEF2-TZVP, 元素基本都有定义

正解，懒人必用。而且基组本身就比较高档。

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Author: lao7 时间: 2017-4-17 17:11

冰释之川发表于 2017-4-17 15:56
正解，懒人必用。而且基组本身就比较高档。

这么牛，怎么使用，Gview上面没有现成的，我就不会用了，呵呵。这么写对不对?：B3lyp/DEF2-TZVP**

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Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 17:17

lao7 发表于 2017-4-17 17:11
这么牛，怎么使用，Gview上面没有现成的，我就不会用了，呵呵。这么写对不对?：B3lyp/DEF2-TZVP**

《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336 高斯里写成 B3LYP/def2tzvp

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Author: sobereva 时间: 2017-4-17 18:17
强烈不建议用gview的产生输入文件的界面来构建输入文件，里面能选的基组、方法也就是全部高斯支持的不到1/3。

如果体系有几十个原子的话，def2-TZVP优化和振动分析有点过于昂贵，算单点十分适合。优化和振动分析图便宜可以考虑def2-SVP，或者轻原子用6-31G**，过渡金属原子用SDD

作者
Author: niobium 时间: 2017-4-17 22:11
看手册就知道怎么写了，基组支持哪些元素

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-17 22:16

niobium 发表于 2017-4-17 22:11
看手册就知道怎么写了，基组支持哪些元素

恩我是零基础从头学说明书即使通俗易懂但稍微拐点弯就完蛋

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 22:41
本帖最后由冰释之川于 2017-4-17 22:43 编辑

lao7 发表于 2017-4-17 22:16
恩我是零基础从头学说明书即使通俗易懂但稍微拐点弯就完蛋

不用对 def\def2系列基组打“*”，因为def\def2 本来就包含极化函数。这些星号是用于pople基组里的，比如6-311G**
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-17 22:45

冰释之川发表于 2017-4-17 22:41
不用对 def\def2系列基组打“*”，因为def\def2 本来就包含极化函数。这些星号是用于pople基组里的，比 ...

请教个问题：刚才SOB提到了“优化和振动分析图便宜可以考虑def2-SVP，或者轻原子用6-31G**，过渡金属原子用SDD”，这种计算方法应该怎么写？我说明书看了半天没有看明白。我举个例子如下：
----------------------------------------------------------------------------
%nprocshared=4
%mem=6GB
%chk=123.chk
# opt freq BLYP/6-31G**

123

0 1
C                -5.05235581 0.91623035 0.00000000
H                -4.69570139 -0.09257965 0.00000000
H                -4.69568297 1.42062854 0.87365150
H                -4.69568297 1.42062854 -0.87365150
H                -6.12235581 0.91624354 0.00000000
C                0.02617801 -0.70680627 0.00000000
H                0.38283243 -1.71561627 0.00000000
H                0.38285085 -0.20240808 0.87365150
H                0.38285085 -0.20240808 -0.87365150
H                -1.04382199 -0.70679309 0.00000000
Cd             -1.85863867 1.43979055 0.00000000
*
-------------------------------------------------------------------------------------------
如果上述例子中Cd以外的元素用B3LPY/6-31G**优化，过渡元素Cd2+用SDD，这个应该怎么写计算方法呢？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-4-17 22:54

lao7 发表于 2017-4-17 22:45
请教个问题：刚才SOB提到了“优化和振动分析图便宜可以考虑def2-SVP，或者轻原子用6-31G**，过渡金属原子 ...

《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-17 23:02

冰释之川发表于 2017-4-17 22:54
《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

非常感谢！SOB的很多帖子，领会的较少，需要边讨论边看才能弄明白。真是隔行如隔山、一点不假哈！看不懂我再向你咨询，谢谢！

作者
Author: agent99 时间: 2017-4-18 06:39

lao7 发表于 2017-4-17 15:51
嗯！元素定义哪里查到？我记得有，但是现在找不到了。
另外：高斯下，这个DEF2-TZVP完整写法是什么样？ ...

EMSL Basis set exchange 可以查到每个基组可以用于哪些元素，并且下载基组定义文件

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-18 09:20

冰释之川发表于 2017-4-17 22:41
不用对 def\def2系列基组打“*”，因为def\def2 本来就包含极化函数。这些星号是用于pople基组里的，比 ...

你这个PPT从哪里拷贝的？我咋没有呢？只有纸质版。

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Author: sobereva 时间: 2017-4-18 20:25

lao7 发表于 2017-4-18 09:20
你这个PPT从哪里拷贝的？我咋没有呢？只有纸质版。

我在群里或论坛里答疑时候偶尔发几页ppt截图，好学的人收集起来了

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