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标题: 关于Ag表面吸附CO结构优化gamma点取样问题 [打印本页]

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-4 13:14
标题: 关于Ag表面吸附CO结构优化gamma点取样问题
在Ag表面吸附CO，用gamma点进行结构优化，为什么不发生严重的形变呢，我把晶胞扩大了22.7406 22.7406 24.2837 (晶胞参数)，我之前用k点不会这样呀，11.3703 11.3703 24.2837(K点的晶胞参数) ，为什么会这样呢，我想进行波函数分析，想到得到molden文件，所以想试一下不用k点的情况
上传的图片是gamma结构优化前后的示意图，有什么解决办法吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-10-4 13:21
虽然没有结构文件但由图可见（直接复制我前帖的话）盒子尺寸完全不对，三个方向都有大量真空区使得体系成了孤立团簇。不知道这建模怎么弄的，反正生成CP2K输入时给multiwfn读取结构的文件必须记录合理的晶格矢量，比如用cif之类。扩大晶胞必须考虑基底在周期性方向上的完整连续，不是在有了原子坐标之后简单改盒子尺寸就合理的。并且吸附体系应当考虑盒子尺寸与覆盖度的关系。

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-5 12:17

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-4 13:21
虽然没有结构文件但由图可见（直接复制我前帖的话）盒子尺寸完全不对，三个方向都有大量真空区使得体系成了 ...

那我应该怎么确定盒子的尺寸呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-10-5 12:52

XxxXOO 发表于 2025-10-5 12:17
那我应该怎么确定盒子的尺寸呢？

这得看你的特定研究目的咯，要研究吸附的什么性质（以及预计随吸附浓度变化的收敛性如何），用来吸附CO的银是孤立团簇还是周期性晶体的某个晶面，以及吸附的浓度/覆盖度是多少（不指明的话可能会按无限稀/极低覆盖度理解）。如果是周期性晶面，显然为了保持完整的平移对称性，盒子尺寸只能取选定晶格矢量的整数倍（然后再确定计算的参数如k点等）。没有更多信息也不便进一步讨论。

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-9 10:08

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-5 12:52
这得看你的特定研究目的咯，要研究吸附的什么性质（以及预计随吸附浓度变化的收敛性如何），用来吸附CO的 ...

我可以把k点得到的最终结构，只用gamma点做个单点能计算，去得到molden文件去做相互作用分析？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-10-9 10:48
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-10-9 10:56 编辑

XxxXOO 发表于 2025-10-9 10:08
我可以把k点得到的最终结构，只用gamma点做个单点能计算，去得到molden文件去做相互作用分析？

一个结构能只用gamma点/原胞计算就算准还是必须要用更大的k点/超胞才能算准，取决于波函数特征和周期性方向的尺寸，在没法用k点的场合应当编辑结构用复制扩胞来代替。比如，用3x3x1的k点做几何优化后，按3x3x1复制所得原子坐标、倍增盒子尺寸来扩胞（也可用MULTIPLE_UNIT_CELL关键词，注意不止一处出现），再做gamma点的计算获得波函数文件。

注意复制扩胞的操作不会改变覆盖度，和在建模时确定覆盖度是两码事。比如初始结构是(111)面上4x4的区域吸附1个分子，那按3x3x1扩胞后原子坐标和盒子尺寸对应12x12的区域吸附3x3=9个分子，而不是12x12的区域吸附1个分子。

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-9 11:18

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-9 10:48
一个结构能只用gamma点/原胞计算就算准还是必须要用更大的k点/超胞才能算准，取决于波函数特征和周期性方 ...

明白了

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-9 11:18

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-9 10:48
一个结构能只用gamma点/原胞计算就算准还是必须要用更大的k点/超胞才能算准，取决于波函数特征和周期性方 ...

谢谢

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-10-9 13:28

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-9 10:48
一个结构能只用gamma点/原胞计算就算准还是必须要用更大的k点/超胞才能算准，取决于波函数特征和周期性方 ...

这样对于内存的需求量太大了，我们的服务器不太行

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