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标题: 如何模拟刮涂法对分子取向的影响 [打印本页]

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Author: flymetothemoon 时间: 2025-10-4 17:16
标题: 如何模拟刮涂法对分子取向的影响
各位老师好，

对于刮涂法对分子取向的影响，我目前采用的是deform方法，在x方向上施加一个速度，暂时将刮涂的造成的影响当做对box x方向施加一个速度，对应部分mdp文件如下：
deform                =  2.4e-8 0 0 0 0 0
Pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = anisotropic
tau_p                   = 2.0
compressibility       = 0 4.5e-5 4.5e-5 0 0 0
ref_p                   = 1 1 1 0 0 0
refcoord_scaling       = no
初始的box与拉长后的box都已上传，为了方便观察，我只显示了一个聚合物分子。

有如下问题：
1.换用Berendsen压浴来进行模拟，box的大小不会发生变化，原因是Berendsen压浴不能生成严格正确的系综吗？
2.为什么我设置的是x轴拉长，但实际上在VMD中看到的是y轴拉长？
3.为什么拉长到一定程度后box就不会继续被拉长？
4.有没有必要在高温下对x轴施加一个更大的速度进行模拟？
5.如果我想在剪切方向上施加一个速度，我的mdp文件改为下面的形式是否正确
deform                = 0 0 0 2.4e-8 0 0 (或将这个速度改为更大的值)
Pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = anisotropic
tau_p                   = 2.0
compressibility       = 0 0 0 0 4.5e-5 4.5e-5
ref_p                   = 0 0 0 1 1 1
refcoord_scaling       = no

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