计算化学公社

标题: 求助结合自由能计算教程 [打印本页]

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-10-5 11:29
标题: 求助结合自由能计算教程
目前，在很多场景下都需要计算结合自由能。但MM/GBSA或MM/PBSA方法已被证明有很大误差，在硬件水平有很大进步的当下，很多期刊对于结合自由能的要求变得更高。
对于FEP或TI方法（或付浩浩博士等人开发的新方法），虽然目前有一些教程，但对于新手来说要实操这部分还有很大难度（在实际操作中会遇到各种各样的问题），且这些教程更多的只针对某个特定场景和体系，要根据教程计算其他体系也有难度。
因此发帖有以下几个目的：
1）大家是否有看到的，论坛内论坛外或软件手册中的不错的教程可以分享？
2）是否有论坛内的大佬可以考虑针对FEP或TI方法写一些教程？
3）北京科音GROMACS班是否可以考虑在下一届详细补充这方面的内容（以高级班的形式）？
欢迎各位分享，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-5 12:55
自由能计算是北京科音分子动力学高级班的内容，之前就明确预告过

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-10-5 13:04

sobereva 发表于 2025-10-5 12:55
自由能计算是北京科音分子动力学高级班的内容，之前就明确预告过

请问分子动力学高级班大概什么时候可以出啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-5 16:03

wbqdssl 发表于 2025-10-5 13:04
请问分子动力学高级班大概什么时候可以出啊？

北京科音办的培训班FAQ
http://www.keinsci.com/FAQ.html

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-5 18:06
本帖最后由 student0618 于 2025-10-6 02:30 编辑

From my search/collection these years, rating on the quality and completeness of online open access free energy tutorials for GMX: other enhanced sampling methods >>> FEP/ABFE/TI.

For GROMACS, 80% of free FEP tutorials are just slightly modified version Justin's tutorial, remaining tutors usually rely on a 3rd party python library instead of directly using the MD engine behind.

Amber and NAMD have their own FEP tutorials that's slightly better and more comprehensive.

Maybe I will translate the list I am working on (keyword-url-comment list for easy ctrl-F search) to Chinese and post later.

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-10-6 11:56

student0618 发表于 2025-10-5 18:06
From my search/collection these years, rating on the quality and completeness of online open access ...

Thank you for sharing these insightful observations. They are very helpful！

作者
Author: beyond 时间: 2025-10-6 17:26
Amber的FEP教程也不错，花点时间理解了，跑起来也快。。。
Gromacs的FEP，很多情况下估计需要结合PMX来跑，也有相关的文章与教程，
也可以摸索一下。。。

另外也有openFE，一个python包，MD是openMM跑的，也可以用来跑alchemical free energy

另外，绝对结合自由能，也可以跑funnel metadynamics，gromacs+plumed 。。。

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-10-6 21:31

beyond 发表于 2025-10-6 17:26
Amber的FEP教程也不错，花点时间理解了，跑起来也快。。。
Gromacs的FEP，很多情况下估计需要结合PMX来跑 ...

谢谢您的回复！

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