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标题: 关于gromacs模拟时出现Atomtype c3 not found问题 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2025-10-5 20:18
标题: 关于gromacs模拟时出现Atomtype c3 not found问题
本帖最后由 GHL 于 2025-10-5 20:20 编辑

各位前辈好，我在做gromacs培训班里的关于常温常压下模拟乙醇+水盒子的模拟的练习。
参考资料中描述为：将ethanol_GMX.itp改名为ethanol.itp。将其中[ atomtypes ]中的信息挪到amber99sb - ildn.ff/ffnonbonded.itp的相同段落中去，使这些涉及到的GAFF力场的原子类型补充到其中。之后从ethanol.itp中删掉[ atomtypes ]段落。本人无法找到相应的文件进行操作，之后就忽略此操作，采用提供的ethanol.itp文件（无[ atomtypes ]段落）进行下一步操作输入了指令：gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr -maxwarn 1，但是却出现了如图所示的错误，ERROR 1 [file ethanol.itp, line 7]:
Atomtype c3 not found，找不到问题所在。请问怎样解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-6 11:34
培训里的例子的每一个步骤都是有确切用意的，哪能随便忽略
amber99sb-ildn.ff就在GROMACS的top目录下，如果连top目录都不知道是什么，重新复习“GROMACS的使用基础”里面“GROMACS的目录结构”那页幻灯片（约在那一节的第15页）

作者
Author: GHL 时间: 2025-10-7 07:06

sobereva 发表于 2025-10-6 11:34
培训里的例子的每一个步骤都是有确切用意的，哪能随便忽略
amber99sb-ildn.ff就在GROMACS的top目录下，如 ...

好的，谢谢社长回复，按照资料上的操作步骤，程序运行已经正常。

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