计算化学公社

标题: IRI散点图戳底尖端与IRI图以及AIM键径归属不明 [打印本页]

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-10-6 17:12
标题: IRI散点图戳底尖端与IRI图以及AIM键径归属不明
本帖最后由 Voidmio 于 2025-10-6 17:17 编辑

前日对一对儿较大体系进行了IRI分析，格点精度 500*500*500，绘制了散点图和等值面cub，同时进行了AIM分析。

其中一体系的AIM键径-IRI等值面图和IRI散点图如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
针对IRI图以及化学常识绘制的结构简式和CYLview标明原子距离如下，以方便大家参考：
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

可见散点图中小于0.015的部分明显有三处戳底的尖端，但明显的氢键作用在图中只能分析到这两处（我画出的）（同时 BCP 计算二者能量分别为-3.6和-1.6 kcal/mol），难以归属为散点图中的三个尖峰。

这是为什么呢，求各位老师指教

p.s. 类似的另一个体系也进行了分析，似乎符合得比较好，同样体系里也看不到其他的蓝绿青色区域了：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
这种分析和归属是否合理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-6 18:44
散点图根本没什么用，甭管它

作者
Author: Voidmio 时间: 2025-10-7 22:35

sobereva 发表于 2025-10-6 18:44
散点图根本没什么用，甭管它

谢谢sob！
还想问问，比如对于我图中这种体系，是否可以通过 J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) 中的拟合结果进行氢键键能的预测呢，需要用中性还是带电荷体系的拟合式呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-8 07:20

Voidmio 发表于 2025-10-7 22:35
谢谢sob！
还想问问，比如对于我图中这种体系，是否可以通过 J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) ...

可以算原子电荷，如果形成氢键那个局部区域类似于JCC文中带电氢键的情况，就用带电氢键的公式，否则用中性的公式

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)