计算化学公社

标题: IRI图像中描述化学键的等值面不分离是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-6 22:44
标题: IRI图像中描述化学键的等值面不分离是什么原因？
各位老师好，我在做IRI分析弱相互作用时，得到的图像不太美观，图1为优化后的结构，如图2、图3所示，IRI中描述化学键的等值面不分离，无法像图4中sob老师展示的那样漂亮。请问这是什么原因导致的呢？备注：几何优化使用的软件是cp2k，附件为.xyz和.inp文件，希望各位老师可以解答疑惑，谢谢。 (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-7 05:49
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-7 09:13

sobereva 发表于 2025-10-7 05:49
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形 ...

谢谢sob老师，我再去尝试一下。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-7 10:22

sobereva 发表于 2025-10-7 05:49
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形 ...

sob老师好，我可以重复出来例子中的图像，但是自己的体系还是不行。难道是精度不够，对体系的电子密度描述不够准确吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: logzzz 时间: 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-8 07:19

1194875530 发表于 2025-10-7 10:22
sob老师好，我可以重复出来例子中的图像，但是自己的体系还是不行。难道是精度不够，对体系的电子密度描 ...

5L都能算出来，怀疑你是不是改了settings.ini什么东西，后来忘记改回默认的了

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-8 14:59

logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

好的，谢谢您，我再仔细检查一下文件。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-8 15:00

sobereva 发表于 2025-10-8 07:19
5L都能算出来，怀疑你是不是改了settings.ini什么东西，后来忘记改回默认的了

好的，谢谢sob老师，可能是这个原因，我好好检查一下我的文件。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-8 17:46

logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

您好，您方便提供一下molden文件吗？我做了以下尝试还是不行：1、重新安装multimfn、VMD软件后绘图。2、直接使用了您的inp文件重新进行了计算，重新做了图，还是没有用。所以想用您的molden文件再做一个尝试。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-8 21:57
本帖最后由 1194875530 于 2025-10-8 21:58 编辑

logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) 我发现一个奇怪的点，我用您的输入文件计算单点能时，电荷设置的是0（图1），但是输出的molden文件导入multimfn中显示的却有132个电荷（图2），不知道是不是这个原因？那么出现这个现象的原因又是什么呢？希望能够得到各位大佬的宝贵意见，谢谢。

作者
Author: logzzz 时间: 2025-10-9 12:08

1194875530 发表于 2025-10-8 21:57
我发现一个奇怪的点，我用您的输入文件计算单点能时，电荷设置的是0（图1），但是输出的molden文件导入mu ...

http://sobereva.com/651
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: logzzz 时间: 2025-10-9 12:12

logzzz 发表于 2025-10-9 12:08
http://sobereva.com/651
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... cp2k%2B%BD%C5%B1%BE
我有回复过别人，因为有的时候我设置Nval字段不好使，我自己写了一个处理molden文件的脚本，你可以参考。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-9 18:09

logzzz 发表于 2025-10-9 12:08
http://sobereva.com/651
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。

好的，非常感谢您。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-9 18:09

logzzz 发表于 2025-10-9 12:12
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45020&highlight=cp2k%2B%BD%C5%B1%BE
我有回复 ...

好的，谢谢。我去学习学习。

作者
Author: 1194875530 时间: 2025-10-9 19:22

1194875530 发表于 2025-10-9 18:09
好的，非常感谢您。

问题已解决，谢谢两位老师的指点。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)