计算化学公社
标题:
求助:如何在CP2K中创建有背景原子电荷的QMMM+CDFT计算输入文件?
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作者Author:
高章磊
时间:
2025-10-7 13:56
标题:
求助:如何在CP2K中创建有背景原子电荷的QMMM+CDFT计算输入文件?
关于我的体系:
1.体系包含64个带电与中性的寡聚体高分子
2.体系包含1624个水分子
3.体系中带电的寡聚体高分子均被Cl-平衡电荷所以体系整体电中性
4.寡聚体是一种OMIECs材料,我添加了图片,也可以在网上搜p(g2T-T)即可很容易找到。
经sob老师提点,我决定尝试使用背景电荷的方式对我的体系进行QMMM+CDFT计算,其中QMMM的MM部分仅插入背景分子的电荷。(参考
http://sobereva.com/579
),但是我在尝试撰写输入文件时遇到了很大的阻力。由于QMMM的输入文件并不能通过multiwfn自动生成基础的参数,各种参数只能参考之前参加的cp2k培训班的例子或者手册以及AI的提示进行编写,但经过不下20次以上的反复调试和修改始终无法创建可以被执行的.inp输入文件。我估计我肯定有哪里考虑的不到位或者我的思路本身就是错误的,但苦于研究室身边根本没人用CP2K这个软件且这个具体的文件写法教材中没有,手册中也无法解释CPASSERT failed等未知错误,且AI给出的回答往往漏洞百出所以在论坛上希望懂行的人能提供帮助!
根据手册电荷的写法,我尝试了将所有背景电荷列成很多行然后放在一个文件里在输入文件中打开,如mm_charge.dat。或者一个一个按照kind的形式写入电荷然后存在mm_kinds_and_charges.inc后再输入文件中读取。而关于背景原子的几何坐标我则是在topology词条后导入了我整个体系的结构的,具体如下:
&TOPOLOGY
COORD_FILE_NAME ./cluster_generic_kinds.xyz
COORD_FILE_FORMAT XYZ
尝试了很多办法但是始终是出现CPASSERT failed报错,整个簇的大小我也是在multiwfn中确认过的,盒子的大小应该是包住了没有问题,就是不知道问题出在哪里?文中所有电荷均是按照579博文中的方式分离环境分子后单独进行单点能计算得到的。
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