计算化学公社

标题: 分子对接 + DFT 分析投稿期刊求助 [打印本页]

作者
Author: wqm 时间: 2025-10-8 11:26
标题: 分子对接 + DFT 分析投稿期刊求助
本帖最后由 wqm 于 2025-10-8 18:42 编辑

各位老师、同学好，我最近完成了一篇以计算为主的论文，结合分子对接 + DFT 分析，研究了天然产物 Nervosine VII 和 XIV 与 MAPK 相关蛋白及 EFGR 的相互作用。
主要计算方法：
Docking
DFT计算
RDG/DOS分析
研究内容主要是定性比较两种化合物结合稳定性与电子结构差异。文章主旨偏理论分析，不含实验验证。
想请教大家：有没有对计算层级要求不高，但仍接收分子对接 + DFT 联合研究的期刊推荐？不追求IF，只希望文章能顺利发表
感谢各位的建议！

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-10-8 15:52
本帖最后由 wbqdssl 于 2025-10-8 15:54 编辑

可选期刊参考博文里的期刊：http://sobereva.com/721
其中好投的是Journal of Molecular Modeling（JMM），但最近JMM投稿时硬性要求跑MD必须单次500ns或有多次重复模拟，否则直接拒稿。其他的如J MOL GRAPH MODEL (JMGM)，Computational Biology and Chemistry(CBAC).
研究配体与蛋白的相互作用，既然你已经有对接了，考虑加个MD会好很多。
算结合稳定性，可以考虑加一个结合自由能计算（MM/GBSA或MM/PBSA或更高级的方法）。
最后，你可以根据721博文和我说的三个期刊，看下最近发表的论文大概都做了哪些工作，和你的对比看看，根据你目前说的内容，感觉工作量还是偏少。或者，你可以考虑一下国内的核心期刊。
（Tip:你这帖子的标题有点太简单了，建议修改为更详细的，以免被社长批）

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-8 16:25
认同楼上，说结合稳定性只靠docking 不加MD现在很可能被审稿人批评。

作者
Author: wqm 时间: 2025-10-8 18:41

wbqdssl 发表于 2025-10-8 15:52
可选期刊参考博文里的期刊：http://sobereva.com/721
其中好投的是Journal of Molecular Modeling（JMM） ...

好的谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-10-9 17:37
对接+DFT稍微有些怪，DFT反映不出熵作用，这个在蛋白质-配体结合里面贡献是相当重要的。

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