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标题: 用什么描述符可以分析醚类分子的诱导效应 [打印本页]

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Author: Dreamer1 时间: 2025-10-9 00:43
标题: 用什么描述符可以分析醚类分子的诱导效应
本帖最后由 Dreamer1 于 2025-10-9 00:45 编辑

老师好，我最近在做关于醚类溶剂分子的抗氧化性的机器学习研究，研究抗氧化性与共轭效应和诱导效应的关系。围绕1600个醚类溶剂分子，我计算了键解离能（BDE）作为抗氧化性的描述符，计算了NBO想通过二阶微扰能作为共轭效应的描述符，那么关于诱导效应的描述符，我还不确定该用什么数据作为诱导的描述符，希望老师能给点建议，谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2025-10-9 14:13
先交代清楚诱导指什么，谁对谁诱导，拿个具体体系说事

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Author: Dreamer1 时间: 2025-10-11 01:40

sobereva 发表于 2025-10-9 14:13
先交代清楚诱导指什么，谁对谁诱导，拿个具体体系说事

谢谢卢老师的回复，我研究的体系是环状醚类溶剂分子，重点关注氧原子与其相邻的 α-C-H 键。诱导效应主要是指氧原子的电负性及其通过 σ 键传递的极化作用，对 α-C-H 键电子云分布的影响。也就是说，在这个体系中，O 对 α-C-H 的诱导效应会改变 C-H 键的极化程度和键能，从而影响氧化时 H 被抽取的难易程度。在这个基础上，想请教老师，该用什么描述符去描述这个诱导效应

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Author: sobereva 时间: 2025-10-17 03:18

Dreamer1 发表于 2025-10-11 01:40
谢谢卢老师的回复，我研究的体系是环状醚类溶剂分子，重点关注氧原子与其相邻的 α-C-H 键。诱导效应主要 ...

用Multiwfn算H的Hirshfeld原子电荷、算O-H的LBO键级或者BCP位置的电子密度

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Author: Dreamer1 时间: 2025-11-6 00:40

sobereva 发表于 2025-10-17 03:18
用Multiwfn算H的Hirshfeld原子电荷、算O-H的LBO键级或者BCP位置的电子密度

卢老师，我在批量计算1600个分子的C-H的BCP位置的电子密度时，参考http://sobereva.com/108的教程，通过Multiwfn进入拓扑分析界面后，依次输入2，3，4，7，得到了对应的CPprop.txt文件，里面有所有的临界点的信息。但是我不知道该如何定位到我所想要的那个a C-H的那个部分的BCP电子密度。目前我能知道这1600个分子上我所需要计算的C-H的原子编号，但是对应的BCP位置的编号该如何确定呢？

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Author: sobereva 时间: 2025-11-6 08:49

Dreamer1 发表于 2025-11-6 00:40
卢老师，我在批量计算1600个分子的C-H的BCP位置的电子密度时，参考http://sobereva.com/108的教程，通过M ...

你若要自动计算的话，感兴趣的O、H的序号必须统一
如果能做到统一，写脚本自动时可以让Multiwfn在拓扑分析主功能里用1 Search CPs from given starting points然后2 Using an atom or midpoint of two atoms as starting point的方式搜索，指定那两个原子序号，临界点的初猜就会在那两个原子之间，大概率会收敛到相应的BCP

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Author: Dreamer1 时间: 2025-11-6 16:47

sobereva 发表于 2025-11-6 08:49
你若要自动计算的话，感兴趣的O、H的序号必须统一
如果能做到统一，写脚本自动时可以让Multiwfn在拓扑分 ...

老师，现在我这边O,H的序号都是不统一的，但我知道O和H的原子坐标，所以我想了一个办法不知道是否可以：还是基于我上面提到的，结合Multiwfn，进入拓扑界面后依次输入2，3，4，7，得到CPprop.txt文件，里面有所有的临界点的信息。然后基于这个txt文件我用代码进行两步定位（1）筛选出（3，-1）的段落；（2）在（1）筛选后的基础上根据每一个BCP位置坐标去判定是否是我所需要的O,H之间的位置坐标，因为我能知道我的O和H的坐标位置，那么它们之间的BCP的位置坐标数值应该是在这两个原子的坐标之间的，我写一个判定的代码去定位。根据（1）（2）两步定位到我所需要的BCP的那个段落，然后读取对应的电子密度值。卢老师，辛苦您看我这个方法是否可行？

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Author: sobereva 时间: 2025-11-7 01:54

Dreamer1 发表于 2025-11-6 16:47
老师，现在我这边O,H的序号都是不统一的，但我知道O和H的原子坐标，所以我想了一个办法不知道是否可以： ...

自行算出来两个原子间中点坐标（或者考虑到O和H的半径的不同，取更合适的位置），用Multiwfn的拓扑分析功能的1 Search CPs from given starting points里的1 Manually input a starting point直接设置初猜位置，大概率会收敛到相应BCP，然后选项7查看1号CP的属性就完了

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Author: Dreamer1 时间: 2025-11-7 14:13

sobereva 发表于 2025-11-7 01:54
自行算出来两个原子间中点坐标（或者考虑到O和H的半径的不同，取更合适的位置），用Multiwfn的拓扑分析功 ...

好的老师，完全明白了！谢谢卢老师的耐心指导！

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