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标题: 求助OpenBabel通过Python接口批量生成多肽分子 [打印本页]

作者
Author: 第三片雪花 时间: 2025-10-9 20:08
标题: 求助OpenBabel通过Python接口批量生成多肽分子
各位老师好，小白现在遇到一个问题，我现在有大量的氨基酸序列用来生成多肽，工作量大，查看文献得知，可以通过借助OpenBabel+Python的方法快速批量生成pdb文件，再用来对接。我已经看了sobereva老师的关于《基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法》http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 10824&fromuid=84202，但我对于这方面的知识知之甚少，对于这篇帖子也借鉴的很少。已经在网上找了很长时间了，但没有相关的指导，希望有老师及大佬指教，谢谢了！

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-9 20:17
多肽的话其实用Ambertools的tleap更简单。

作者
Author: 第三片雪花 时间: 2025-10-10 09:28
这个也需要用到python吗？我对这方面实在是不怎么了解

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-10 10:22
见sob老师这篇博文第5节http://sobereva.com/687
批量生成的话个人认为leap近简单，当然其他也可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-10 10:50
仔细看“AmberTools中的leap”部分
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687（http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html）

作者
Author: 第三片雪花 时间: 2025-10-10 14:56
好的，谢谢。有不懂的地方可能还要请教。

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