计算化学公社

标题: gmx trjconv命令是否可以使用-select语句？ [打印本页]

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-10 02:42
标题: gmx trjconv命令是否可以使用-select语句？
最近在学习伞形采样，需要根据反应坐标从SMD模拟的xtc文件提取一系列结构进行后续的WHAM模拟和计算，因为距离并不是随时间均匀变化的，所以写了一个python小脚本按0.1 nm的窗口来提取，其中使用了如下命令

gmx trjconv -s pull.tpr -f pull.xtc -o conf{i}.gro -dump {sampling_time:.1f} -quiet -select "group 0"

复制代码

但是发现trjconv好像不能用select语句，这里有什么其他办法吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-10 08:26
本帖最后由 student0618 于 2025-10-10 09:27 编辑

The following script use e.g. gmx distance to get distance of each frame then extract https://github.com/Lemkul-Lab/gm ... lin/find_windows.py

In short, use echo 0 | gmx trjconv [options]

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-10 15:13

student0618 发表于 2025-10-10 08:26
The following script use e.g. gmx distance to get distance of each frame then extract https://github ...

Thanks for the suggestion. I'll give this method a try.

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