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标题: 【Qbics-MolStar教程4】选择原子、显示编号、以及多种渲染方式 [打印本页]

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Author: coolrainbow 时间: 2025-10-14 08:49
标题: 【Qbics-MolStar教程4】选择原子、显示编号、以及多种渲染方式
本帖最后由 coolrainbow 于 2025-10-14 08:52 编辑

大家好，我在这里想推广一下我们开发的分子可视化与建模软件Qbics-MolStar，欢迎大家安装使用！

Qbics-MolStar基于开源程序Mol*开发，但是我们在上面做了海量的二次开发工作，使它几乎支持所有的化学对象可视化（分子、轨迹、波函数甚至正在开发的粗粒化模型）。作者作为长期一线的计算化学研究人员，在开发过程中提供的功能兼容计算化学以往的大部分经验（如VMD选择语法、Pymol选择语法、GaussView建模界面等、Multiwfn选项等），从而大大降低学习门槛。

程序提供网页版和Windows桌面版，前者用浏览器打开即用（手机都可以），后者绿色安装，可以在线升级。软件在不断开发中，欢迎大家提出宝贵意见。我们将根据用户的建议随时改进！

立即使用：https://molstar.szbl.ac.cn/viewer/

部分效果请参见：https://zhjun-sci.com/qmolstar-gallery.html

Qbics-MolStar教程（不断更新中）：Qbics-MolStar教程 — Qbics-MolStar 1.0 documentation

也请大家关注下我们开发的量子化学程序Qbics: http://zhjun-sci.com/qbics

本期为大家介绍一下选择原子的功能。

4.1. 选择原子

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，在有的软件中称为representation，在Qbics-MolStar中称为component。可以在分子中，选择一部分原子来进行渲染。“选择原子”的方式在Qbics-MolStar中非常强大。在状态中点击右键，选择 Add Component，你可以在 Language 中看到多种选择原子的方式：

Mol Script
Pymol
Vmd
Jmol

只要你会这四种软件的选择方法的任一种，就可以利用这方面的语法来选择原子。

Hint

选择原子的语法，可以参考：

Vmd: https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/python/pymol/selection/
Pymol: https://pymol.org/2/select.html
Jmol: http://wiki.jmol.org/index.php/Selecting
Mol Script: https://pekrau.github.io/MolScript/selection.html

下面展示：

打开Qbics-MolStar，在 Download Structure 中选择 PubChem，输入 2244，点击 Apply，就可以从PubChem中下载2244号化合物的分子坐标：

2 在状态中的 All 点击右键，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 element H，就可以选中所有的氢原子，再在 Representation 中选择 Spacefill，点击 Apply，就可以把这些氢原子以Spacefill形式显示：

3 如果想修改Representation，可以右击 Spacefill，选择 Update Decorator 进行修改。

4.2. 显示编号

显示出原子编号是个很方便的功能，在状态中点击右键，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 all，在 Representation 中选择 Label 点击 Add Component，就可以显示出原子编号：

当然，如果在 Selection 中输入其它选择原子的语法，就可以显示出所选原子的编号。

4.3. 多种渲染方式

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，下面以一个蛋白质为例。

打开Qbics-MolStar，在 Download Structure 中选择 PDB，输入 1tqn，点击 Apply，就可以从PDB中下载1tqn号蛋白质的分子坐标：

此时，Qbics-MolStar已经默认添加了很多合适的渲染方式。我们现在想选择残基编号为75-85的原子，使之用Ball and Stick方式显示，可以这样做：右键点击 Assembly 1，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 resi 75 to 85，在 Representation 中选择 Ball & Stick，点击 Add Component，就可以把这些原子以Ball and Stick方式显示：（这里 resi 75 to 85是标准的VMD语法。你可以使用别的你熟悉的方法，如pymol等）

2. 如果想只看这一部分，可以点击其它Component上的眼睛按钮，使之不显示：

如果想删除，就可以点击垃圾桶按钮。

3.如果想修改Component，可以右键点击Component，选择 Update Decorator 进行修改。点击三个点的图标，可以更加精细的修改显示方法，例如透明度等

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-10-15 00:11
非常棒的图形界面，如果能把Qbics和ABCluster以及ABCrystal都集成进来就完美了。
我看到Libraries部分有写到：
Q-Mol* is built mainly based on Mol*, and in the backend several other programs are used:
ABCluster for molecular cluster building
请问在这个界面里，如何使用ABCluster做构象搜索呢？能否写一个教程或例子？感谢。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-10-15 09:36

lanthanum 发表于 2025-10-15 00:11
非常棒的图形界面，如果能把Qbics和ABCluster以及ABCrystal都集成进来就完美了。
我看到Libraries部分有写 ...

这个功能还在内测中，没有在外面放。Qbcis-MolStar的todo list非常长，等有了会第一时间放出教程来。

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