公社群聊Q&A整理：2016.11.08 03 ~ 2016.11.16 18 Concate - 计算化学公社

2016.11.08 02:30:00
Q:
请问，怎么画整个原子或离子的电子云径向分布图啊？
A:
看multiwfn手册4.200.5节的例子
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2016.11.08 03:30:02
Q:
要考虑溶剂影响吗？
A:
当然考虑，我的ppt里很鲜明地反映了这一点
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2016.11.08 03:31:55
Q:
这个CIS输出的激发态波函数，默认是哪个态呢？
A:
最低激发态(root=1)
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2016.11.08 03:39:22
Q:
各位老师，可以请教一个关于配合物方面的计算问题吗？请问对于富氮配体，怎么通过高斯计算来确定哪个位置更容易成键？
[图片]
比如这个，怎么通过计算确定哪个位置的氮更容易配位？
A:
可以算算原子电荷、福井函数f+、双描述符、静电势等等帮助判断。凭直觉是末端的N容易配位
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2016.11.08 03:56:30
Q:
我想请问一下，如何可以让扫描的红外振动尽快收敛，我算一个分子的激发态红外，已经算三个月了，也不收敛
A:
意义不明
都不知道你说的收敛具体指什么
Q:
就是算了很久，也不出结果
A:
别乱用收敛一词
说不清楚就把输入输出文件上传
Q:
[图片]
A:
字号不要超过12
写什么nstates=1，会对结果精度很不好
Q:
就一个态，算的也很慢
A:
TDDFT激发态freq任务当然耗时得很，因为没解析hessian
Q:
不写nstates
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2016.11.08 04:01:48
Q:
求一个K4Fe(CN)6的cif 链接为http://materials.springer.com/isp/crystallographic/docs/sd_1125033 谢谢
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 20:02:33
"sm_isp_sd_1125033_download.cif" 下载
A:
上传了
Q:
等于1吗？
A:
RTFM
Q:
什么意思？
A:
[图片]
[图片]
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2016.11.08 04:04:52
Q:
[图片] 老师，请问这是怎么回事啊？我直接用g09 提交任务就可以，但是用PBS提交任务就总是会出现这种错误，这是怎么回事呀？谢谢啊！
A:
dos2unix把输入文件转换一下再试
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2016.11.08 04:21:37
Q:
哪位大神用cp2k跑过MD，我想请教下，跑完结果总能量项cons为什么一直在上升？
各位前辈，请问是什么原因？
老师您好，我用cp2k跑MD，跑完结果总能量项cons为什么一直再上升？
A:
我不用那玩意儿，不晓得
Q:
嗯，好吧，还是谢谢你
我系宗是NVT
一天16节点就跑0.6ps
对，步长1fs
挺慢的
A:
对于NVT，初始动能很低的话，靠热浴把温度拉上去，总能量肯定会上升
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2016.11.08 04:32:54
Q:
[图片]
A:
这类应当发大杂烩群
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2016.11.08 04:34:21
Q:
哦，嘿嘿，现在知道啦
终于有人搞出固体的CC程序了..
虽然看起来不咋样
A:
各种炒分片儿计算，最后也没出来多少有用的东西
对这种文章早已疲劳了
Q:
jctc呢
但是用在固体里..之前也没有啊.
固体MP2程序都是凤毛菱角..
A:
这类思路各种局限性，实际用不起来
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2016.11.08 04:46:07
Q:
请问大神们，跑MD最终目的是什么？
我是新人，刚进实验室
A:
目的多了去了
考察热稳定性、考察化学反应过程等等
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2016.11.08 04:48:51
Q:
赝势基组不能算ＲＥＳＰ电荷？
A:
能算啊
Q:
# b3lyp/gen geom=connectivity iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) pop=mk scf=tight
…………
1-45
6-31g(d)
****
46
lanl2dz
****
计算报错
A:
用genecp，后头还得再定义赝势
scf=tight多余
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
46 前头别有空行
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2016.11.08 04:52:51
Q:
您好！请问，我orca3.0.1+nbo6(beefly提供）连用，已出现.47和.nbo文件，1) 但在orca的输出文件的NBO部分，没有发现二阶微扰能的内容，别的内容倒都有。请问如何解决？是在.47文件输入什么关键字再用gennbo算吗？2)NBO算完之后，orca就“假死”在那里，top，orca还在跑，但已无内容输出，也不报错退出。请问如何解决。谢谢！
A:
1 试试gennbo
2 没见过
Q:
谢谢！1）这个nbo6程序是无法并行的吧 2）在orca里需要写类似于高斯的current=density的关键字吗？
A:
无法并行
有。默认的我记得也是SCF密度
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2016.11.08 05:03:31
Q:
大宝博士，ORCA有WIN版的吗？
A:
有啊
公社论坛里我分享过
如果是权限问题，修改权限
Q:
[表情]感谢大博士，很可能是我没注意
[图片]大博士，是不是这个是最新的，集合了程序和openMPI？
A:
忘了，下来看看便知
openmpi哪都能找到
Q:
[表情]谢谢大宝博士
openMPI是否需要和程序的版本号一致？
A:
没这么严格，但一样可保证没问题
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2016.11.08 05:06:27
Q:
老师，我在EMSL Basis Set Exchange(BSE)基组数据库里面找不到 TZV(2d,2p) 基组，请问还有别的地方可以找到吗？@Sobereva
A:
google
或者从哪看来这个破基组就看哪引的文献
Q:
[表情]
A:
我挺讨厌非主流（而且是没特别的好处的）基组的
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2016.11.08 05:12:33
Q:
通过orca的gbw转过来的.wfn，不用写类似于density=current的关键字吧
A:
不用
注意orca产生的.wfn bug繁多
Q:
我是gbw转成.molden，再multiwfn转成.wfn，目测没问题
A:
是的
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2016.11.08 05:40:05
Q:
请问quantum中的exchange和correlation怎么去理解？谢谢
A:
看A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed
Q:
好的，谢谢sob老师
sob老师，是看这一部分吗[图片]
A:
从头看
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2016.11.08 06:16:50
Q:
请问：在用multiwfn进行AdNDP分析的时候，选取1c-2e,2c-2e. .....nc-2e,在选取轨道的时候，n必须要从小到大取值么？打乱n顺序对结果是否有影响？
A:
对顺序没有要求，但多数情况都是从小到大。不通顺序来取结果会有所不同
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2016.11.08 07:11:52
Q:
#p opt=(maxstep=1) freq=raman rb3lyp/6-311++g(d,p) scf=converse=6 请问这个在哪里出错了？谢谢
A:
conver拼错了
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2016.11.08 07:20:42
Q:
老师，我在算过渡态的反应势垒的时候用的6-311+g**做单点（b3lyp方法6-31g**优化各几何结构），得到势垒为2.45kcal/mol,文献中有一个用CBS-QB3完备基组和我算的是相同体系，得到势垒为5kcal/mol,差好多[表情]，我现在算势垒的这个基组是不是水平不够高啊，需要再换一个更高水平的么，我的一系列势垒都是用这个基组算的，换基组重算的话是个大工程，不太想换了。。可又怕审稿人对我这个基组提出异议。。我想问6-311g**算势垒的话结果可接受吗
焓变能垒
自由能垒也有算，和文献差4kcal/mol左右
A:
对于已经用了6-311+G**的情况，泛函对结果影响更大
建议用M062X
M062X/def2TZVP比较理想，结果再要求好点可以用ma-TZVP
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2016.11.08 07:28:39
Q:
社长cbsqb3是组合方法吧？
A:
y
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2016.11.08 07:30:29
Q:
社长的意思是在2-zeta算完过度态，再用M062X/def2TZVP算单点吧
A:
y
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2016.11.08 07:40:14
Q:
老师，用b3lyp+DFT(D3)算弱作用时，是不是开始算的单分子优化就要加DFT（D3）？谢谢老师
A:
如果色散对结构影响大则是
Q:
如果不是呢？
A:
则非必须
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2016.11.08 15:20:15
Q:
A:
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年12月3日至6日于北京开办“第一届北京科音初级量子化学培训班”，本培训专门针对零基础量子化学研究者开办，以帮助他们以最好、最快的方式掌握主流量子化学程序的基本操作，能够顺利完成各种最常见类型的量子化学计算。此培训由卢天博士（网名Sobereva，是北京科音自然科学研究中心、思想家公社群和计算化学公社论坛创始人，Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情、内容和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/1KEQC.html。本次限报64人，欢迎踊跃报名。
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2016.11.08 15:23:01
Q:
sob老师今年组织gromacs培训吗
A:
春季前会
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2016.11.08 17:40:02
Q:
1)google上查到orca和nbo6联用的确会导致orca出问题停滞，不过不影响实际计算。2)看了orca的nbo部分说明，似乎没有需要用density=current关键字，测试也发现HF mp2 PBE0的NPA电荷是稍有差异的,应该不用上述关键字了吧。3）nbo6除了NRT,还有NEDA和NBCP的功能，能评价一下这两种方法吗？
A:
NEDA没什么用，NBCP我也不觉得有多大意义
MP2的密度可能实际给你的是HF的密度，注意看输出信息
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2016.11.08 18:37:07
Q:
使用wfn还是fchk文件可以得到fukui函数的具体数值，我目前用fchk没有得到。要怎么具体操作呢
哪个是原子59的电子密度呢？
A:
怎么产生.wfn、.fch文件，在multiwfn手册第四章开头都说了
“原子59的电子密度”这种说法大错特错，仔细读此文第六节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.11.08 22:30:07
Q:
请问一下高斯能做Bader Analysis么
A:
高斯的AIM相当烂，用multiwfn做
看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2016.11.08 23:08:57
Q:
[图片]大家好，我做甲醛能量时遇到这个问题，是什么意思，新手求指导
[图片][图片]这是之前的两个图有什么问题吗
点完submit就保存不了了
甲醛的能量计算照书上做的[表情]
[图片]
书上的
就这个
我们导师刚给我[表情]
[图片]
高斯第三版
主要全都英语，估计有的步骤没翻译好就弄错了
还是不行[表情]
A:
问问题时候不要老拍照，刷屏厉害
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
“你远程帮我做下吧”这种话绝对不应该说
还有，那书第三版各种误人子弟，好好看第二版，群共享有
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2016.11.08 23:11:02
Q:
问大家一个特别小白的问题，用vmd查看trr的时候，还要再载入一个什么文件？psf吗？
载入gro之后之前的轨迹成键看起来不太对，接触gromacs不久，找了一下网络上大家都觉得蛮简单都略过了，还请指教下。
A:
gmx当然没有psf文件。你先载入gro再载入.trr或.xtc
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2016.11.08 23:22:24
Q:
请教，这个IRC横坐标，是否需要标单位，可以标个啥？0.01 amu^-0.5Bohr?
[图片]
A:
仔细看输出文件，里面有单位
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2016.11.08 23:45:20
Q:
金属内嵌富勒烯的自旋态较高，并且净自旋电子都是中心原子提供，想特别说明一下分子的磁性问题，用什么分析比较好呢？
A:
自旋密度图，或者自旋布居
Q:
除了"自旋密度图，或者自旋布居"之外，NICS和AdNDP适不适合呢？
A:
NICS和AdNDP不是直接分析自旋密度的
如果要考察对磁场的响应，那就是另一回事了，看
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2016.11.09 00:03:47
Q:
老师像这种分子轨道图怎么画 [图片]
我得出了HOMO LUMO的cube文件然后怎么看呢
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
如果已经有cube文件也可以拖进gv在results-surfaces/contours观看
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2016.11.09 00:22:30
Q:
请问初级班的报名费转账是不是公对公啊？
A:
是
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2016.11.09 00:25:58
Q:
sob老师，我载入了gro再载入了trr，但是整个轨迹成键情况是乱的，官网解释是vmd只能猜测成键情况，所以这样是正常的吗？
A:
如果一堆横线纵横交错，显示方式用dynamic bonds就没事了
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2016.11.09 00:37:19
Q:
老师们，高斯中如何计算 Hirshfeld电荷，控制行添如 pop=Hirshfeld吗？
A:
虽然可以，但是高斯的hirshfeld电荷计算用的参考原子密度不明，结果未必合理
在multiwfn里，载入wfn/wfx/fch/molden文件后，依次输入7 1 1即可计算
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2016.11.09 00:39:22
Q:
群主好，想请教一下可否发布招计算化学博士后的广告？
A:
字号不得超过12！
这么大字号如果发广告了，岂不刷屏超级厉害！
一行顶人家5行
Q:
已改字号
初来匝道
还请指教
A:
改成黑色文字颜色后，允许发一次
Q:
[图片]
已改字体颜色
多谢群主
有意者可直接联系我
做得好可以留下
A:
不要发奇怪图片。已记录在小本本
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2016.11.09 00:41:58
Q:
简缩fukui函数还是不明白怎么求得
A:
看multiwfn手册4.7.3节，写得很清楚
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2016.11.09 00:42:56
Q:
想分析结构的化学键，AdNDP是不是很合适？
A:
adndp一般只是用来分析局部共轭特征
其它分析方法多得很
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2016.11.09 00:54:44
Q:
老师，我算一个含Si Al O H和过渡金属（Mn/Fe/Co/Ni/Cu/Zn）的大约80个原子的体系，方法用b3lyp，优化的基组统一都用6-31g*，算单点时，Si Al O H基组用6-311g**，过渡金属用SDD。可以吗？
A:
可
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2016.11.09 00:58:11
Q:
好的，波函数分析时，过渡金属原子基于6-31g*也没问题吧？另外，我想算吸附能，是用电子能量直接做差算deta E还是要算deta G呢？
A:
没问题。
如果只是理论上考察，电子能量求差；如果要和实验对比，焓求差
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2016.11.09 00:58:11
Q:
orca的mp2和HF密度输出的确是一样，尝试了%mp2 density unrelaxed的关键字，并无效果。不知道怎么解决？
A:
relaxed、NatOrbs true你都试试
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2016.11.09 03:12:32
Q:
请教各位老师，用DFT探究做有机反应机理，反应温度为80度，那么我在溶剂相中的决速步骤能垒最高不能超过多少才有可能发生？有相关的文献说明吗？谢谢了~
A:
没有确切标准，反应快慢用过渡态理论来算。
半衰期可以简单估算
[图片]
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2016.11.09 03:14:50
Q:
[图片]请教个问题。用multifwn计算了hirshfeld电荷。+1，-1,0的三个状态，然后计算Fukui函数
[图片]
结果差值都是0
原因是什么
A:
明显操作过程或者.wfn文件生成得不对，否则怎么可能三个态算出来的原子电荷都一样
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2016.11.09 03:47:05
Q:
每个过渡态先算频率消去不想要虚频这样太浪费时间，多从有关的计算文章中找到类似过渡态的关键键长，然后固定优化，固定优化完之后，用主反应坐标找过渡态；没有类似的结构，可以用scan试着找一个初始构型，在找过渡态
各位前辈好！能不能请教一下：分子动力学与Gromacs培训班，对于schrodinger这样的软件学习有帮助吗？
@【传说】卖萌君前辈，schrodinger不是动力学软件吗？
A:
schrodinger是程序包，里面有动力学功能，但专门做动力学的人很少会用它
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2016.11.09 03:55:02
Q:
我是这样操作的，把fch中的电荷改成1或者-1，多重度改成2，分别保存成fch文件，然后用fch2wfn.exe转化成wfn。
然后用multifwn 7 1 1 分析。
A:
光改fch里的电荷有什么用，明显是错误的
高斯输入文件里改，改完了算单点得到.fch或.wfn文件
根本用不着先用fch2wfn转化成wfn文件，multiwfn直接支持fch
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2016.11.09 04:16:11
Q:
[图片]请问ccsd（t）计算输出能量是哪一个 HF》？还是ccsd(t)
A:
不取CCSD(T)还能取HF？
没用的、不懂的都删了
Q:
[图片]请问老师，网上的这句话是对的吗
A:
对
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2016.11.09 04:30:47
Q:
[图片]大博士，这些GAMESS的Win版中，是不是最粗的字体的那一版值得下载使用？
A:
输入文件有误，比如$CONTRL的开头没有空一格。此时此行无效而用默认值
还是老老实实用linux版吧
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2016.11.09 04:30:51
Q:
请问Gaussian中怎么在水环境中体现酸环境
A:
字号别超过12
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2016.11.09 04:31:22
Q:
请问老师，用M062X/def2TZVP//B3LYP/6-31G**方法和B3LYP/6-311+G**//B3LYP/6-31G**两种方法算出来的过渡态的势垒（焓变）分别为7.45和2.45kcal/mol，怎么会差这么多[表情]
A:
先仔细对比数据，如果差异就是电子能量差异带来的，差这么多也不稀奇。B3LYP明显不如M062X势垒算得准
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2016.11.09 04:34:33
Q:
老师，g09B1版不能用M062X么？
A:
能啊
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2016.11.09 04:36:00
Q:
sob老师，我用dushin算贡献度的时候，无场强的时候是正常的，加了场强的时候显示[图片]，是不加场强才能算吗？
A:
不知道，问作者，或者自行调试程序，反正源代码都有
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2016.11.09 04:55:45
Q:
[图片]请问老师，计算Adndp出现这个错误是怎么办？
A:
明显不是AdNDP
用stable检验波函数稳定性，尝试换基组，或者用更新的NBO版本
Q:
加stable关键词吗？
我使用了mp2和b3lyp两种方法算的，结果mp2方法正常，b3lyp方法就出现了这个错误，老师，是不是b3lyp种方法不合适？
A:
没这个必然性
>90%是NBO的bug
Q:
我是用高斯自带的nbo算的
A:
所以说老版本bug多
Q:
老师，那我该怎么办，从哪里可以下载更新nbo呢？
A:
计算化学公社有更新的
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2016.11.09 05:03:14
Q:
老师，频率计算失败怎么办？关键词
#p freq HF/4-31G
[图片]
我从网上查到说是这样就可以，#p freq hf/4-31g guess=indo
但是还是出错：[图片]
网上说还有另一个办法就是更换基组，可opt和freq不是要同一个泛函基组吗？我opt是hf/4-31g，这可怎么办呢？老师
A:
B3LYP/6-31G* opt freq
拿HF/4-31G来算是搞笑
Q:
那我优化是hf/4-31g啊
用B3LYP/6-31G*做freq计算能行吗
A:
其它处理做法刚才都说了，换泛函也可以考虑
[图片]
Q:
只能这样了吗，好吧，多谢老师。
A:
什么叫好吧
HF/4-31G算出来的结果根本不可能发表
Q:
我体系有点大，依次PM6D3, HF/STO-6G，HF/4-31G优化，B3LYP/6-31G*优化不出来，我也曾经用过MOPAC2016的PM6-D3H4，但是G09和MOPAC优化的结果相差太大，所以目前采用HF/4-31G的结果
我再想想办法看B3LYP能不能优化出来，多谢老师。
A:
直接高斯PM6D3优化，然后B3LYP/6-31G*再进一步优化就完了，涉及到色散作用再考虑D3校正
用HF完全是瞎耽误工夫
6-31G*用不起就再降，怎么着都不能碰HF
Q:
可是结构迟迟不收敛
A:
或者恰当使用混合基组节约耗时
不收敛赖理论方法干嘛，明明处理方式不对
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
HF/4-31G优化完全是在做无用功
Q:
嗯，老师的文章我看过几遍了，不过应该是没看到家，我再试试
那老师，请问涉及到色散，几何不收敛改变方法的时候，至始至终都要加色散校正吗？
A:
意义不明。用的泛函描述不了色散，色散对结构影响又大时，当然死活都得加色散校正
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2016.11.09 05:24:57
Q:
钯的配合物能用B3LYP做优化和算频率吗？
A:
能
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2016.11.09 05:26:29
Q:
请问各位老师，M062X/def2TZVP//B3LYP/6-31G**这个中的：“//”是什么意思呀？
A:
//后头的优化，前头的单点
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2016.11.09 05:28:55
Q:
老师，在用multiwfn做electron density difference 时，拖入1X.wfn，按照手册4.13.6命令输入5,0,1， -，之后拖入第二个2x.wfn文件，enter之后提示说 file not found, 我的输入哪里出现问题了呢？？？
A:
ｈīɡｈ截图
去掉双引号，路径别有空格
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2016.11.09 05:32:49
Q:
[图片]老师，请问C这一步冻结负本征值是怎么操作的
A:
甭看这东西，misleading
Q:
[表情]
A:
这才是正途：
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
我之前好不容易优化一个结构，找到没有虚频的构型，然而在构建过渡态的时候，因为这个结构出现了第二个小虚频，这怎么办呢？
A:
看博文
过渡态初猜结构出现多个虚频极为正常，谁也没那本事总能摆成只有一个虚频的过渡态初猜
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2016.11.09 05:41:35
Q:
用这b3lyp/6-311+g** opt freq算钯的配合物总运行不了
[图片]
出现这个
请问老师，原因出在哪儿呢？
A:
别截那么大的图，刷屏
字号不要超过12
基组不合理，6-311G系列对Pd没定义
Q:
恩
老师，那Pd适合用什么机组算的？
A:
还不改字号！？
Q:
好
A:
SDD或lanl2DZ、lanl2TZ、def2系列
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2016.11.09 06:22:01
Q:
老师，做单点的时候出现这个错误是怎么回事啊？ [图片] 查了一下说是在link401中无法确定猜测波函数，建议加Guess=Indo，查了一下这个关键词也没太看明白，是我的初始结构有问题？
A:
[图片]
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2016.11.09 06:28:22
Q:
老师，看到一篇文献[图片]，用的b3lyp/ def-SVP基组，但是我看到网上说这个基组可以在高斯里通过调用BP86/SVP实现。那这就不是b3lyp基组了，对吗？
A:
b3lyp是理论方法，不是基组！
高斯里通过B3LYP/SVP用
Q:
那我直接就写上B3LYP/SVP高斯里就可以调用svp这个基组了吗？
A:
仔细看此文第9节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.11.09 13:38:55
Q:
A:
鉴于老有初学者问自旋密度、自旋布居的事，老得回复很麻烦，故专门写了篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4422
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2016.11.09 17:30:35
Q:
老师，我在计算单点能的时候，出现No special actions if energy rises.上网查说是机器内存的分配问题。
我在输入文件中给的内存是4GB,硬盘是50GB.我机器的内存是96GB,硬盘是4T.可还是会出现同样的错误，请老师帮忙指点
前面还正常到后面就突然断了
[图片]
我刚刚把临时文件也全都删掉了可还是这样
A:
这根本不是错误提示，SCF还在算着
想弄清楚细节就用#P监控迭代过程
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2016.11.09 17:46:57
Q:
老师，对一个分子计算Mulliken布居分析（计算过程未使用弥散函数），定性比较各个原子电荷大小以及各个过程中电子转移，这是否也是合理的？
老师，请问我使用mulliken布居分析定性分析一个分子中各原子电荷相对大小、正负，以及掺杂后电荷大小变化，请问这样做合理吗？因为，我发现mulliken定性分析与猜想及计算结果有一致性。
A:
合理
----------------------------------------------------
2016.11.09 17:55:29
Q:
老师，IRC是描述化学反应过程中结构的变化，对于物理吸附，会不会出现能垒太高，而无法达到我优化出来的最低构型，用IRC计算能做出来吗？我的体系中，有一个物质吸附能能吸附量对不上，我在排查原因。
A:
物理吸附没有能垒，走不了IRC
----------------------------------------------------
2016.11.09 18:35:51
Q:
请问含铍的离子计算，怎样才能把频率能量算准？谢谢
A:
到底是指算频率还是算能量？多大体系？前提不说清楚没法推荐
Q:
小体系，卤素原子的正离子，两三个原子，谢谢
A:
能量CCSD(T)/cc-pVQZ
频率B3LYP/6-31G*考虑频率校正因子
QZ算不动就TZ
算得动QZ也可以也算下TZ然后往外推到CBS
若对结构要求高点可以B3LYP/def2TZVP
或者索性直接上热力学组合方法，诸如G4，简单省事精确放心
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2016.11.09 18:36:50
Q:
Sob 老师请问下在遇到多步反应的情况下，我用其中能垒最高的基元反应的速率常数做为这条路径总包反应的速率常数可以吗？
[图片]
A:
势垒最高的步骤绝非总是决速步，得考虑逆反应
不过你当前的图倒恰好中间那个最高势垒的步骤是决速步
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2016.11.09 18:57:09
Q:
您好，想问一下，G09自定义的收敛标准
Sets the SCF convergence criterion to 10-N.
不是，概念描述时N=？
A:
看手册里SCF关键词中conver关键词的说明
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2016.11.09 19:12:23
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：我建了一个名字为a的输入文件如下%mem=4000mb
%nproc=10
%chk=b.chk
# b3lyp/6-31g** irc=(LQA,rcfc,maxpoint=50,stepsize=20,reverse ) geom=check guess=read
a
0 1
这里面geom=check是读a.chk还是读b.chk?这个作业算完之后生成的chk是a.chk还是b.chk?
各位前辈好！能不能请教一下：我用g03算一个scan，交上去，一点都不算，只显示Entering Gaussian System, Link 0=/bin/g03e/g03/g03
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
# B3LYP/6-31g** opt geom=modred
alkene_3
0 1
N -0.20135400 -2.35279200 0.11858400
C -0.08995800 -5.15545100 -0.01854100
C -0.15936300 -3.10843500 1.23343100
C -0.21317000 -2.99754400 -1.06502400
C -0.15079200 -4.38436000 -1.17796400
C -0.09937900 -4.50015900 1.21085300
H -0.15661600 -2.56589700 2.17192700
H -0.28791900 -2.36915300 -1.94472600
H -0.16166500 -4.84171200 -2.16165100
H -0.07162700 -5.04770000 2.14727900
H -0.04258700 -6.23931300 -0.07302800
C 3.05903100 -0.68578600 1.11952400
C 5.15925900 -1.93079100 2.51394900
B 1 57 S 10 -0.090000
前辈您好！我用gaussian09可以算，但是gaussian03不算
多谢前辈@【传说】米豆豆
A:
显然是读b.chk，根本都没出现a.chk
用chmod改权限成为750
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2016.11.09 23:05:32
Q:
http://iopscience.iop.org/article/10.1143/JJAP.39.5057/meta谁能帮我下载一下这篇文献吗？
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.11.09 23:28:10
Q:
sober老师麻烦问一下sina邮箱3号是更改密码了吗？为什么登陆不了？@Sobereva
A:
看群共享里最新的公社专用邮箱的说明文档
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2016.11.10 00:32:09
Q:
请问一下过渡态没怎么跑就出现这个错误是为什么
[图片]
A:
几何不收敛
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2016.11.10 00:55:54
Q:
sob老师，您好！看了您写的kisthep算速率常数的教程，请问我的反应路径先生成了复合物，然后复合物和过渡态能量都低于反应物，这种情况是不是就不能用kisthep算速率常数啦，该如何处理？谢谢
A:
如果你是指的自由能，是没法算。或者只能按单分子反应考察从复合物开始反应的过程
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2016.11.10 00:59:19
Q:
老师们，请教一个问题，分子体积用Multifwn处理得到多个数据，应该选那一个
[图片]
每一次输入得到的体积值都不一样
A:
通常推荐用定量表面分析功能算体积，博文里提了
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2016.11.10 01:10:11
Q:
老师极化应该归结为哪一部分的作用。静电还是轨道？还是只是说极化与电荷转移间的关系？
A:
空轨道与占据轨道的混合造成电子密度的极化
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2016.11.10 01:26:05
Q:
老师您好，请问您编译过CP2K吗？我用intel2016编译器编译cp2k3.0以及4.1时，总是报错，加了很多库libint，libxc，elpa，plumed等，报错信息[图片]不知道老师您是否遇到过，谢谢
A:
没有弥散函数时候mulliken电荷可以用，但绝非最好。最推荐的是ADCH或NPA，讨论见群共享里《原子电荷计算方法的对比》
@ ~踩着青春奔跑~ 没必要看这个
直接做mulliken、NPA分析之类直接就能得各个原子轨道上自旋分布信息，看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/352
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2016.11.10 01:33:29
Q:
老师，您的文章中说不宜用NPA分析静电相互作用，这里的静电相互作用是指弱相互作用（非共价相互作用）中的静电相互作用吗
A:
是
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2016.11.10 01:51:41
Q:
请问老师，计算并比较两个能垒的大小（体系带一个负电荷）。使用b3lyp/6-31g(d)和使用b3lyp/6-311+g(d)两种不同的基组，会带来定性上的不同结果吗？比如，用b3lyp/6-31g(d)算，是能垒Ａ大，用b3lyp/6-311+g(d)算，是能垒Ｂ大。
A:
如果能垒本身接近，有可能两种基组下结论不同
----------------------------------------------------
2016.11.10 01:52:28
Q:
sob前辈您好！是把g03程序包改成750吗？还是输入文件？
A:
g03可执行文件
----------------------------------------------------
2016.11.10 01:52:51
Q:
问一个很low的问题，思想家公社和计算化学公社是什么关系啊？
A:
都是洒家建立的。在讨论形式上相互补充，现有的群后有的论坛
另外计算化学公社是属于北京科音自然科学研究中心旗下的论坛
----------------------------------------------------
2016.11.10 03:02:34
Q:
请问哪位大侠知道什么是空间位阻，怎么理解空间位阻
A:
位阻本质上是交换互斥
Q:
交换互斥？可以这么理解吗：两个原子有空间位阻是因为如果两个原子太近，原子表面的电子云就会发生排斥，结果它们的距离要拉开一些才行？@Sobereva
A:
杂谈交换互斥(exchange repulsion)与范德华作用
http://sobereva.com/58
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2016.11.10 03:21:59
Q:
我看这篇帖子了，但是不清楚NICS(1)的值多大时才能判断环的芳香性比较强，或者说只要NICS为负值就有芳香性？
A:
强烈不建议用NICS(1)。要么用NICS(1)ZZ，要么用NICS(0)
Q:
哦，好的，但是老师，这个NICS(1)_ZZ值的大小怎么判断，才能说我算出来的环就有芳香性，或者多大值才有芳香性？
A:
没有界限，程度问题
----------------------------------------------------
2016.11.10 03:29:16
Q:
做AIMD的时候，原本处于水盒子中心的分子为什么会往盒子边上跑？怎么解释？
A:
要么是初始动能原因，要么是和体系有互斥，要么是盒子太小和镜像有作用
Q:
做了20PS 前5PS都还在中间后面就开始往边上跑了，如果是盒子太小就慌了。[表情] 我用的是CH3COO-，应该会12A边长的盒子，应该还不算太小吧
在12A边长的盒子
A:
能
12埃并不算大
静电作用作用距离是很远的
12埃只是一般认为的范德华作用的截断距离
----------------------------------------------------
2016.11.10 03:38:52
Q:
老师，Multiwfn给出的电子密度单位是e/波尔立方吗？要得到e/埃立方得自己换算一下吧
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.10 03:51:48
Q:
Sobereva老师，我想用Multiwfn 做ICSS计算，就是有一步不清楚，[图片]benzene.gjf 里含Bq原子吗？
A:
不含
字号勿超过12
Q:
哦，好的
谢谢
[图片]老师，在计算NICS00001时，CHK关键词必须保留吗？因为带着chk计算很耗时，看能否去掉？
A:
带着%chk怎么可能计算很耗时？跟这根本没关系
按例子写
----------------------------------------------------
2016.11.10 03:54:57
Q:
老师，请问计算时报错，怎么解决呀？
[图片]
#P PBE1PBE/6-31G* pop=nboread 算的B的团簇
结尾写的 "$NBO DMNAO AONAO $END"
A:
尝试其它泛函、其它基组，或者更新的NBO版本
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:02:37
Q:
请问《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
》中，1)如果要选择泛函进行弱相互作用的波函数分析，选何种为宜？m06-2x？2)m06-2x和mp2相比,进行弱相互作用的波函数分析，何者为优？谢谢！
A:
MP2波函数应该更好。M06-2X波函数也没问题。最近专门有一篇文章讨论这个Theor Chem Acc (2016) 135:242
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:10:41
Q:
请教各位老师一个问题。
有一个159个原子的体系，打算在B3LYP/6-311g(d,p)下算吸附。
总是找不对吸附位点，所以想现在低精度下试探试探。
可不可在HF/6-31G(d)下试探。如果找到了，再读取chk文件。
不知道可不可以呢？
谢谢的热心讨论
刚才我那个问题，问了下别人，他建议我直接HF/3-21G试探
A:
不要用HF
用B3LYP-D3
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:37:44
Q:
老师，请问，计算ionization energy和electron affinity时，是离子态和分子态下的结构都需要进行几何优化后再计算能量吗？
A:
你要算垂直的就用中性状态的结构
算绝热的就分别优化
Q:
老师，我想计算一个结构得电子或失电子的能力，我应计算垂直电子亲和能还是绝热电子亲和能。我看到文献中写的都是electron affinity，没有说明是垂直还是绝热。
A:
垂直
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:46:24
Q:
各位老师，还是在算能量分解，在multiwfn中载入第二个片段后出错
[图片]
A:
别用弥散函数。或者按提示用IOp
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:49:47
Q:
老师用windows系统Gv5.0.9打开ubuntu下Gaussian计算的log，可以打开，想问的是对于团簇原子变多的时候是否有影响
A:
无问题
Q:
那Homo-Lumo轨道页没有影响吗
也
A:
影响what？为什么影响？
Q:
我怕成键的影响
键长没有显示出来等等
A:
你想多了
Q:
明白了谢谢老师
键看不见？
请问老师某C2v结构在b3lyp/6-31g*下基态为自旋为4 在6-311+g*还是4吗但是有时结构还会改变那这时候自旋还是4吗
A:
不同结构下基态自旋多重度可能改变。但6-31G*和6-311+G*的基态自旋多重度一般是肯定一样的，这点基组差异不会产生这么大影响。
----------------------------------------------------
2016.11.10 04:58:55
Q:
老师，一直出现错误，求助下。谢谢老师
输入文件：
%nprocshared=4
%mem=1GB
%chk=D:\zgx\DMDSHDFOPT.chk
# opt wb97xd/6-31++g(d,p)/auto
Title Card Required
0 1
C 4.67540400 0.12271400 1.11060800
H 4.19079400 0.57337500 1.97870200
H 4.72912200 -0.96150200 1.22832500
H 5.68957100 0.52200200 1.01264600
C 1.87645500 -1.83966100 -0.62126500
H 2.52560600 -2.43220300 0.02621500
H 0.84242300 -2.17968400 -0.51773900
H 2.19718700 -1.92374300 -1.66108900
S 3.79822200 0.58528600 -0.43439600
S 1.85151600 -0.08140600 -0.09948800
C -1.87667200 0.69887400 1.29420500
C -2.08964800 2.00797400 0.52489200
C -1.82466600 1.70778700 -0.96798500
C -2.61704800 0.44431700 -1.32221000
H -0.81851500 0.47987300 1.45578500
H -2.42980000 0.62171900 2.23156800
H -3.11893900 2.35996600 0.65998500
H -1.42129900 2.78858500 0.89994900
H -2.12581600 2.54484700 -1.60498200
H -0.75483000 1.53474700 -1.12702100
H -3.68064900 0.64220100 -1.47664800
H -2.21446100 -0.12958700 -2.15830900
S -2.51206000 -0.62184300 0.17763800
O -3.86950700 -1.02575100 0.59506300
O -1.46501700 -1.64990000 -0.01467600
A:
别贴大量信息，刷屏得厉害
杂化泛函根本用不了密度拟合基组，去掉/auto
Q:
Harris functional with IExCor= 4639 and IRadAn= 5 diagonalized for initial guess.
HarFok: IExCor= 4639 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 3500011 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
wScrn= 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0 I1Cent= 200000004 NGrid= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
好的，我再试试
不行，还是报错
NBsUse= 305 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU= 305
ExpMin= 3.60D-02 ExpMax= 2.19D+04 ExpMxC= 3.30D+03 IAcc=3 IRadAn= 5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 4639 and IRadAn= 5 diagonalized for initial guess.
HarFok: IExCor= 4639 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 3500011 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
wScrn= 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0 I1Cent= 200000004 NGrid= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
A:
哪报错了？
体系大，机子慢，耐心等着
Q:
直接停了 #2070
A:
想省点时间把没多大用的氢的弥散去掉
说不清楚就上传完整输入文件，别贴大量信息刷屏
还有完整输出文件
Q:
输入文件
输出文件
A:
程序bug，换个泛函如M062X能解决
----------------------------------------------------
2016.11.10 05:06:00
Q:
请问大家高斯计算有没有出现过错误: internal input file was deleted
A:
重新算一遍
----------------------------------------------------
2016.11.10 06:39:15
Q:
请问带着弥散做优化是不是不太好？
A:
多数情况有更好的做法
Q:
我要优化水合金属离子结构，考虑到水合离子作用比较弱，优化时候给水的氧原子加弥散，不知和理否
6-31+g*
A:
6-311G*
比6-31+g*更便宜效果更好
Q:
弱相互作用好的，谢谢老师
之前听老师讲课，说算若相互作用需要加弥散
A:
优化用不着弥散，3-zeta足矣
涉及到色散作用的弱相互作用的能量计算才需要有弥散
----------------------------------------------------
2016.11.10 10:23:01
Q:
=V=加入本群
0 0
第一次知道有个这么大的社区..
A:
一号群还有2000人
是国内最大的计算化学讨论群
Q:
论坛是中国最纯净的学术bbs
A:
y
Q:
博文系列特别好，能学到好多东西
快速掌握要点
A:
最终将构成：群+论坛+博客+培训+书
Q:
hh
不过真是没想到理论化学圈子有这么大...
A:
越来越大众化了
现在很多甚至都没学过大学化学还是电脑小白的人都在做量化
Q:
群主眼光不错啊。
multiwfn可以说就是为此而生的吧
A:
大众化也造成了研究者的平均素养水平与日俱降
Q:
刚刚看了一下介绍文
A:
波函数分析是量化重要分支，用处极大
Q:
分支说不上吧...我觉得定位成一个有用的技能比较合适
而这个技能正是大众化研究者（no offense）的需求
A:
是分支
特别是概念密度泛函理论、AIM、NBO等等都是很系统化的，专门的研究者一大批
Q:
所谓的波函数分析我可以理解为对计算结果的interpretation吗
A:
是基于波函数的各种形式后处理分析
不仅用来更深层次解释结果，还能用来预测、辅助和独立探究很多问题
Q:
关于后一半有没有对应的博文我去看看0 0
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
看里面各种博文和相关资料
相关书籍也很多，诸如The Quantum Theory of Atoms in Molecules-From Solid State to DNA and Drug Design、Chemical Reactivity Theory-A Density Functional View、Valency and Bonding-A Natural Bond Orbital Donor-Acceptor Perspective、Discovering Chemistry with Natural Bond Orbitals(Weinhold,Landis,2012)
把multiwfn 400多页的手册仔细看一遍也很能开阔视野
----------------------------------------------------
2016.11.10 10:39:38
Q:
而且不知道为什么还混进去了一些当季完结番简评
A:
因为标题就是
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.10 13:54:44
A:
现在一些搞科研培训的人想钱真是想疯了，当科研工作者的钱是白来的
http://www.shuicaoyun.com/Index/pxggxj/id/3.html
[图片]
乱七八糟的科研培训如雨后春笋般冒出来，没几个是良心的
[图片]
Q:
价格太贵了，恐怖[表情]
怎么也得10︿20次方以上的原子数的计算能力才能实现吧
百亿亿级别的计算能力
变态的D.E.SHAW的专业量化计算机最近有啥进展么
洗钱?
A:
我也这么觉得
胆子也太大了
Q:
三十万的是啥培训？
A:
http://www.shuicaoyun.com/Index/pxggxj/id/4.html
Q:
会有人报名吗？
韩元差不多
一个也没有吧
A:
报名的绝对是贪污科研经费的
Q:
原来是这样
OA:
30w可以读十个本科了～
Q:
我记得我读本科一年才需要一万
OA:
三十万可以在三线城市付首付了
而且是不错的地段。。。
不用三线，五年前天津30w可以在市区买个40平的小屋
天津物价不高，房价可以啊。
Q:
那是五年前
今年试试
现在30万买个5平米的厕所
OA:
300够了
Q:
那不至于，6万一平，赶上北京三四环左右了。天津差不多2万多。天津物价还很公道吧？
OA:
我们家5000左右一平。。。
小县城
Q:
[表情]30W
OA:
30w三线城市差不多可以全款了，不是首付
估计是报名之后会有私下的”反馈“
Q:
今年房价涨的厉害 2万在天津算近郊了三四万在北京也得五环外了
OA:
尼玛，30万，我擦
感觉屌丝太可怜了
科研的，好多都是科研民工罢了
我有30万，我就去买房，绝不参加培训[表情]
A:
够环游世界一圈了
Q:
感觉水草云那个什么的，都是贪财好色之徒
1千5左右的培训班还好
A:
装着一副科研嘴脸
Q:
坑钱
30w，直接没数了
那个姜什么的
一看就不是什么好人
颧骨太高
三十万，还以为自己是马云哪。
OA:
物质结构研究所貌似不是卢嘉锡搞得吗？
怎么堕落成这个模样了
Q:
也许人家就是租个场地
OA:
什么都谈钱，哎
Q:
我现在听到钱我就烦
赚钱要有良心
也要有个本事，你搞个培训大家花30万，出来能赚个3000万还行，
我觉得金融行业的培训可以收高点
OA:
要30万必然有30万的理由
Q:
化学本来就是低收入行业
有人给有人收，不就完了
只是看见有人如此恬不知耻的搞钱
sob老师才收1000千，那几个博士也敢收30万，
觉得太他妈的恶心
涉嫌虚套科研经费洗钱
诈骗已经无孔不入了
大家可以不要在群邮件里面回复Soberva的那封邮件吗？一回复所有人都能收到
OA:
感觉为啥中国历史上，无论什么行业，奸人总活的比忠诚的人舒服
Q:
这话说的比较片面
OA:
这群里还有卧底
哪国都一样
A:
peace 刚刚已经把群邮件功能给关了。等之后如果再有重要通知时再启用
Q:
“要30万必然有30万的理由”不就是“存在既合理(也既可以继续存在)”的混账逻辑吗？“有人给有人收”就不必行动、甚至不必讨论，一个问题只要不影响自己、人血馒头只要还没开始沾自己的血就爱咋咋地，按老板的话说“做中国人能不能有点骨气！”
其实你可能想多了，人家可能只是为了套取经费而故意设置的这个一个虚假培训信息
太猖獗了
OA:
(整理Q&A) 违法有执法部门管，他合理不合理不应该我们说的算。
我打算参加个SOB老师的gromacs估计都得自费
Q:
[表情]有道理..
[表情]
OA:
洗钱..
Q:
一个牛皮癣广告浪费珍贵时间都干活吧
OA:
谁要培训？给我十万就成。保证量化，第一性原理类型能发pccp，jpcc。一年内出两篇。
不过这培训费要报账很困难吧
Q:
嗯，还真是没骨气，推得一干二净，躲坑里接着挖自己的坑
一个人要开3000张发票啊
OA:
我觉得这个会议应该举报给基金委，默默关注是谁参加，直接在会场带走
A:
+1
Q:
社长大作什么时候面世，我等了快一年了
A:
未知，忙
Q:
从个人角度来说，希望社长尽快出书，但其实内心觉得社长应该把更多精力放在更宏大的事情上，比如整点儿诺奖级成果出来。@Sobereva
A:
贡献不是靠这些衡量的
奖是人评出来的
QMMM获的那个奖我就严重看不起
像becke提出的DFT泛函多中心格点积分的方法，虽然不引人注目，但深远实际意义不可估量
Q:
论社长对中国计算化学发展的实质性贡献，估计早已经超过大部分相关领域花纳税人银子的教授了
随着计算能力的提升，嫁接的怪胎QMMM终究会被淘汰的。这么理解对么？
A:
我认为评价一个人的价值最客观的方式是看：假设没有这个人，将会造成多大损失
QMMM有意义，也不会被淘汰，但是根本不足以得那个奖
Q:
QMMM本身不咋样，但是这个思想的实用性太大了..
A:
这种做法，其实他们当年70年代不搞，过不了多少年照样有人搞
Q:
也许吧...
A:
因为多尺度这个思想，凡是这领域有经验的人，论谁都想得出来，且从技术上实现难度也就是领域内算是不错的工作而已
Q:
如果没有社长的努力，我能想到的是，很多骗子培训机构会继续用劣质培训圈钱，计算化学会被很多课题组作为独门秘技在江湖浪，波函数信息得不到充分的重视和解读，各层级的研究人员在计算化学的道路上各种走弯路，各种浪费时间。。。不分先后，想到哪里说到哪里[表情]
A:
非要给计算化学再搬个nobel奖，我愿意投becke和perdew一票
还有grimme
Q:
，在DFT水平上当计算机可以处理能力达到几十万，或者几百万个原子的时候，算这么大的东西有意义吗？
A:
听说morokuma好像想凭着GRRM冲冲诺贝尔奖，不知是真是假，这就太过了
Q:
有些人也说高斯函数应该获奖，但是早死了...唉
社长怎么看CP2K和CPMD这一类程序
A:
CP2K我不怎么用，不做评论
CPMD还是不错的
Q:
cp2k用全电子基组的话，测试小分子的HF能量和高斯在小数点后四位基本都是一致的..
A:
对计算量的要求永无止境。昨天刚看了篇动力学的，开始有人做到上亿个原子了
有无限计算资源，肯定还有人恨不得想直接全原子模拟细胞
Q:
[图片]
A:
我之前想过一个计算化学的准终极目标：完全模拟钠球扔进水里的全过程
Q:
cp2k还是很不错的..
这个时间尺度太大了吧..纳球
A:
各种尺度、各种效应混合在一起
当这个能实现的时候，计算模拟基本可以完全、轻松地代替各种实验了
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2016.11.10 16:28:27
Q:
各位老师，我在优化时有些构型必须用int=ultrafine才能收敛，在进行能量对比时，其他构型在优化时也必须加上int=ultrafine，对么？网上有的说在计算能量的时候加上就可以，这样可靠么？
A:
可靠
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2016.11.10 17:07:04
Q:
社长大人，高斯的cis(d)=direct 就报错，不加direct就不报错, 但是不用direct硬盘不够
不知道是不是bug..
A:
可以试试CIS(D,AO)，不过耗时会比默认高很多很多
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2016.11.10 17:12:55
Q:
[图片]老师，我用TDDFT算单光子吸收光谱，用上图的命令算出的最大吸收波长与实验的不相符，想请问一下您，是否是输入的命令有错误？
A:
无误
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2016.11.10 17:16:56
Q:
请问怎么知道两个分子之间的主要相互作用力是什么？这种相互作用力又怎么定量的去分析？
A:
能量分解
RDG方法可以图形直观考察
Q:
老师这个有相关链接可以参考么？
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
能量分解推荐PSI4做SAPT，可以看其网站的例子
Q:
也就是说相互作用力需要通过能量大小去分析力的强弱？
A:
不要去说力
平衡结构下受力为0
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2016.11.10 17:36:18
Q:
各位大神 materials studio（MS）里怎么关闭周期性？我用 MS搭建了一个晶体结构到处.car文件时只导出了一个晶胞我想把我搭建的所有晶胞都导出
求助各位大神指点
A:
build-symmetry-unbuild crystal
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2016.11.10 17:52:43
Q:
大家好！请问哪位有芘的晶体结构文件或参数？
像这类有机分子的晶体结构，有哪些方法可以获取？
谢谢。
A:
字号不得超过12
不要用红字
搞得像大字报一样
CCDC去查
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2016.11.10 17:55:37
Q:
[图片][图片]请问老师，这样的差别是存在于B.01和A.02之间吗
坐标用的是同样的
A:
意义不明
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2016.11.10 17:59:52
Q:
sob 老师，TDDFT优化激发态优化振荡可以参考你的几何优化不收敛帖子吗？特别是 opt=calcfc 是不是这时候是非解析的？
A:
calcfc用不了
减小步长、gdiis都可以
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2016.11.10 17:59:53
Q:
[图片]问一下大神为什么我每次打开的时候都是这样点了确定可以正常看这是怎么回事啊影不影响结果
A:
不用管
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2016.11.10 18:00:04
Q:
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年12月3日至6日于北京开办“第一届北京科音初级量子化学培训班”，本培训专门针对零基础量子化学研究者开办，以帮助他们以最好、最快的方式掌握主流量子化学程序的基本操作，能够顺利完成各种最常见类型的量子化学计算。此培训由卢天博士（网名Sobereva，是北京科音自然科学研究中心、思想家公社群和计算化学公社论坛创始人，Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情、内容和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/1KEQC.html。本次限报64人，欢迎踊跃报名。
A:
剩余名额不足一半，欲报名从速
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2016.11.10 18:04:38
Q:
[图片] 请sober老师及各位大神赐教，不胜感激
A:
当然能
两个结构下各算一次激发能就完了
Q:
原理上是这样老师但是算R1激发能的时候不是在算吸收么
A:
计算时候算的是激发能，是两个态能量差，不分吸收还是发射
Q:
您说的对但实际上同一个分子其吸收光谱的峰值和荧光的位置也是一定会有红移的
高斯计算里怎么体现这个事情
A:
当然有啊！
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
哪个分子没stoke位移
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2016.11.10 18:17:05
Q:
Sobereva老师，我计算的NICS0001.out一直读不进Multiwfn文件中，一直提示找不到corresponding files，不知道要怎么调整？[图片]
A:
别有双引号
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2016.11.10 19:03:14
Q:
请问一下蒙特卡罗分子动力学模拟一般可以使用哪些软件？MS中的sorption模块可以吗？
A:
蒙特卡罗和动力学模拟是两码事
具体还得看研究什么问题
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2016.11.10 19:10:17
Q:
[图片]老师，请问这里输出的垂直激发的波长和能量吗？我的输入文件算的是绝热激发的。。为什么这个波长和能量与我直接用HF能量减去基态的能量不同？
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
输入文件哪可能去“指定”算绝热激发。
----------------------------------------------------
2016.11.10 20:25:50
Q:
有个问题请教，
并苯分子中，苯环越多，相同方法计算得到总的能量越低，这个是常识，但为何有这种现象？
[图片]
文献说是能量减小是电子排斥作用的结果，怎样理解？
A:
从这列出来的体系绝对能量上根本体现不出来那个结论
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2016.11.10 21:11:27
Q:
得到 wfn 文件之后放在Multiwfn 里面 [图片] 请问这是什么问题一直没解决
A:
这根本就是什么“问题”，按提示操作啊
用multiwfn最新版本，到这一步可以直接选1用内置的原子密度做hirshfeld划分，省调用高斯算原子波函数文件了
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2016.11.10 23:41:05
Q:
[图片]请问一下各位大神，优化激发态这是什么问题？
A:
用最新高斯版本再试，还不行要么是bug，要么是数值巧合，适当调节关键词绕过去
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2016.11.11 00:01:18
Q:
请问，the energies of the relaxed excited state具体指的是什么能量，是优化后的激发态吗？
A:
一般是指激发态经过几何优化后的能量
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2016.11.11 00:06:12
Q:
[图片]请问这是拿什么软件做出的啊，不同颜色表示什么寓意呢
A:
仔细看文中的说明，肯定会说的。没说清楚就甭管它
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2016.11.11 01:01:25
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0048969788901416
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0039914095017097
哪位朋友能帮我下载一下这2篇文章啊？不胜感谢。
另一篇已求助到了，不用下载了，非常感谢这位朋友。
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.11.11 01:14:53
Q:
请问nonlocal correlation effects怎么理解？谢谢大家帮忙
A:
看具体语境，比如对于DFT，可以是实际所用泛函相对于LDA结果的差值之类
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2016.11.11 01:19:53
Q:
[表情]请问下高斯的输出文件除了用记事本打开编辑，还可以用更好的查看编辑软件打开，叫啥名字？
A:
ultraedit
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2016.11.11 02:04:14
Q:
[图片]请问下老师，我学过量化的课程，但对于高斯软件的使用不熟悉，这种情况适合初级班吗？
成型的体系是指什么？
目前我只做过一个二聚体的体系，先几何结构优化，然后算频率
A:
“学过量化的课程”，如果是学校学的讲一堆老掉牙的理论的，这其实这对量化计算完全没有丝毫卵用
初级班专门给量化程序几乎或者从来没用过的人开的，或者稍微用过高斯，但脑子里还是一团浆糊，连opt、freq这种最基本的关键词怎么“正确”使用都不知道，写一堆乱七八糟的关键词结果有用的数据一个也没算出来那种。假设群里所有人都有初级班的水平，可以减少>1/2提问量了，若都参加过基础班的话则可以少>85%的提问量了。
----------------------------------------------------
2016.11.11 02:31:25
Q:
请问老师，算homo lumo轨道能量差的时候，有α β 两组数据，应该用那个啊？
谢谢您可是两个有什么区别呢？
OA:
当然有区别
Q:
请问有什么区别？
OA:
[表情]看结构书去吧
表示自旋不同的电子@ ~踩着青春奔跑~
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 结构化学书里不讲这个
科音的量化培训里才会讲这类量化上的常见、常问问题
两种自旋有各自的gap
----------------------------------------------------
2016.11.11 02:45:10
Q:
各位老师好，我想请问一下，化学解离吸附的反应能垒与反应热该怎样计算，比如H2在某表面进行吸附，直接以两个H原子的形式吸附在了催化剂表面。请各位老师指点一下。
A:
找过渡态，和初态求差
反应热是初态和末态求差
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:01:04
Q:
Sob老师，我刚刚查了一下Gaussian中支持的溶剂，发现没有酸溶剂，我改怎么处理，才能让反应在酸环境下发生
A:
如果是酸催化问题，不是靠溶剂模型来体现的，必须考虑显式溶剂
Q:
不是酸催化问题
就是算一个反应的反应自由能，那我改怎么体现酸环境
A:
隐式溶剂模型只能体现溶剂的介电常数的不同，怎么可能体现酸环境
多了解些隐式溶剂模型的原理
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:01:29
Q:
在激发态上质子转移的速度应该快于物质的辐射跃迁，是这样吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:02:14
Q:
Sob老师，可是我的H2放在催化剂上面之后用VASP一优化就成了吸附的2个H原子，没有办法确定初态。
A:
用找过渡态的方式搜过渡态，不是直接优化
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:11:20
Q:
利用ccsd/6-311++g(d,p)计算行不行呢？
A:
ccsd/6-311++g(d,p)这种级别属于搞笑，还未必比便宜几条街的M062X/def2TZVP算得准
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:13:05
Q:
好的谢谢老师，我再调研一下，算法，我是根据文献中的方法计算的，但是分子太大老是计算不出来，却不报错。@Sobereva
A:
盲信文献必被坑
Q:
老师那算一半就停止没有报错，是什么原因呢，内存是足够的
A:
重算，还不行换版本
Q:
GAUSS 的版本，还是换计算方法？
什么的版本呢？老师
A:
不同修订版
各个修订版都不灵说明是bug，问客服，或者自己瞎折腾试图解决
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:13:49
Q:
但是老师转移之后得到的最稳定结构发生质子逆转移的势垒同样也很小，这能说明什么呢？
A:
很容易就回去了呗
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:21:30
Q:
[图片]
老师，我用这个方法计算含有氢键的激发态吸收，算了好几天了还在算，我CPU用的2，我用的A.01有没有别的方法可以计算的？？
A:
基组改用6-31G*
----------------------------------------------------
2016.11.11 03:32:22
Q:
老师，
我将一个过渡态初猜直接算频率，只有一个虚频，而且是我想要的振动模式。请问这是一个好的过渡态出差吗？
A:
是
Q:
可不可以直接用作过渡态呢？不TS优化了。
A:
不能
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2016.11.11 03:54:25
Q:
老师，请问下为何苯环增多为何相同方法计算的绝对能量会变小，而且为何绝热能量是负值？
一直知道这个事，但具体为什么说不上来
A:
单个原子能量都是明显负值，形成分子后还有成键作用能量进一步降低，显然原子越多能量越低
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:00:53
Q:
请问下gauss 09 win 版本支持windows 10吗？
A:
支持
Q:
那怎么安装不上呢，老师
A:
没具体信息谁知道
重装遍系统保证系统干净绝对装得进去
Q:
没有任何提示，就没下文了
请问哪位大神能分享一下吗？支持windows 10的gauss 09 win 版本
A:
没有所谓的“支持windows 10的gauss 09 win 版本”这种特殊版本！
高斯根本不区分windows版本
安全模式下装，还不行就重装系统
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:04:51
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：为什么scan显示有过渡态有时候却找不到，scan显示没有过渡态有时候却可以找到？
A:
如果是柔性扫描，未必总能给出合理的过渡态的初猜，有时候扫描的轨迹是偏离IRC很明显的
Q:
是柔性scan
谢谢sob前辈
sob前辈您好！能不能再打扰您一下：是不是刚性扫描会给出好的过渡态初猜？
A:
不会
不要太依赖于扫描方式
很多情况根本不奏效
Q:
谢谢您
sob前辈您好！有没有一种方式可以证明过渡态不存在呀？
A:
最严格的那只能是势能面完整的扫描，至少是和反应有关的所有变量
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:06:15
Q:
大家好
老人家前来学习，各位多关照
A:
新人请阅读群共享的群规
本群讨论时字号严禁超过12
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:13:03
Q:
[图片]请问，要往Gview里画此分子的3D结构，但正离子和负离子在GV里要怎么表示出来呀？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:18:47
Q:
[图片]请问老师您，只经过频率以及优化计算，可以从文件中得出这些数据吗？
这些数据是固定电荷和自旋密度
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/352
原子电荷具体看用的哪种，讨论见群共享《原子电荷计算方法的对比》
用multiwfn基于fch/wfn文件都能算
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:30:04
Q:
老师，我想请教下[图片]，E3的能量怎样得到呢？是T1的能量减去垂直发射的能量吗？
A:
用T1优化完了的结构用0 1算一次单点
Q:
懂了，谢谢老师[表情]
老师，那E2的能量是在S0的结构下做TD，还是在S0的结构下用0 3算单点呢
A:
后者
----------------------------------------------------
2016.11.11 04:55:13
Q:
用mutiwfn做Discriminate weak interaction types by filling color to RDG isosurface分析的时候，产生func1.cub和func2.cub两个文件，看老师的博文写了一个RDGfill.vmd之后并没有产生各种[图片]这三种颜色，而是[图片]这种银色，谁知道怎么回事？
A:
格点数据没有被合理载入VMD，看命令行窗口的提示
有时候是显卡驱动问题，有时候是cub文件太大没法正常载入，也有可能是路径问题等等
Q:
那我要怎么办
A:
Sobereva(190258442) 20:56:25
格点数据没有被合理载入VMD，看命令行窗口的提示
见佛杀佛，见怪杀怪
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2016.11.11 05:47:06
Q:
[图片]
我想问一下，这两行frequencies信息
第一行和第二行又什么具体的区别？
它们对应的强度又怎么寻找？
有人吗？
A:
群内发言字号严禁超过12。不要问“有人吗”
强度是IR inten
第一行是频率最低的6个模式
第二行是剩下三个
----------------------------------------------------
2016.11.11 05:52:40
Q:
同一物质，在A波长处比B波长处振子强度大，但Absorbance却是在B波长处比A波长处强，请问这二者矛盾吗？如果不矛盾，那么最大吸收是在A处还是B处？
A:
群内发言字号严禁超过12
不矛盾。仔细看此文弄清楚原理
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.11.11 07:44:29
Q:
请教一下，gromacs双精度计算速度比单精度的要慢很多吗？我试了一下差了4倍，有这么多吗
A:
有
Q:
那双精度的优势在哪里
准确很多么
A:
除非单精度时因数值精度问题报错，否则没必要双精度
----------------------------------------------------
2016.11.11 08:47:55
Q:
计算裸露金属离子溶解自由能，先气相优化水合物，然后隐身溶剂水合物单点，减去隐式溶剂水簇单点，再减去气相金属单点。请问，水簇单点计算时候，是把水合物去掉金属固定结构计算，还是优化水簇呢？
A:
计算那个水分子数目的最稳定的水簇
可参考比如
J. Phys. Chem. A, 105, 11534 (2001)
这是算质子的溶解自由能的
----------------------------------------------------
2016.11.11 16:33:04
Q:
老师，我们新买的电脑，装的是linux系统，但是每次提交任务都会出错！我是新手，求指导
[图片]
每次开始提交后就会出现这样的错误！
A:
换g09的修订版
都试过都不灵则尝试其它Linux发行版
Q:
可是他算其他小的结构还可以，昨天我学计算的同学试了一下，能行，不知道为什么大的结构就没法运行
是不是我结构有问题也会出现这样的结果！
A:
恰当设定%mem
跟结构无关
Q:
哦！那我是4核的，该设多少了？
A:
说内核数干嘛
根据实际内存情况尝试%mem不同设定以试图排查是否与此有关
Q:
嗯，那我试试，谢谢老师
老师，我刚试着提交了，出现这样的结果，这是什么原因呀？
[图片]
A:
linux基础问题自行google解决
----------------------------------------------------
2016.11.11 16:43:18
Q:
[图片]
这个频率计算结果可靠吗？机构优化是四个Yes，而且Normal终止。
A:
可
Q:
谢谢Sob老师
这是什么原因呢？最后居然出现一个No
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.11.11 17:17:29
Q:
老师，我先用
# opt b3lyp/6-31g(d)
优化，正常收敛结束后，取优化后的结构，在
# opt=calcall b3lyp/6-31g(d)
下面再做一次优化。这样优化出来的结果，是不是更好？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.11 17:34:17
Q:
C H N S O 0
6-311G(d,p)
****
Fe 0
lanl2dz
****
Fe 0
lanl2dz
问一下牛人们，我这样的基组匹配不？
A:
[图片]
不
起码lanl2TZ
Q:
哦谢谢那么，比lanl2TZ再大一点的基组有什么呢
A:
lanl2TZ(f)
Q:
lanl2TZ相当于6-311g，lanl2TZ（f）相当于6-311g（d）。是这样理解吗
A:
没这种对应
Q:
嗯嗯。那么我非金属元素基组用6-311g（d，p）的话，Fe用lanl2TZ好还是lanl2TZ（f）好呢？如果想对Fe也考虑极化效应的话@Sobereva
A:
当然(f)更好
----------------------------------------------------
2016.11.11 17:42:15
Q:
向各位老师请教一个问题，找过渡态之前，不是应该首先将初态与末态结构优化一下吗，但是当我优化作为初态的H2吸附在催化剂表面时，优化完就成了两个单独吸附的H原子了，也就是说H2在该表面是解离吸附的，H2→H*+H*,该过程的能量该怎么算，即解离吸附的能量该怎么表示
A:
H2离表面远一点再优化
还不行步长上限减小点
----------------------------------------------------
2016.11.11 18:11:03
Q:
哪位可以推荐一下如何知道环氧乙烷的C-C键的键能
A:
没有办法严格得到，C-C键和其它键耦合太强
但可以算拉普拉斯键级，利用键能和键级的关系结合其它已知C-C键能的体系估算
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2016.11.11 18:27:08
Q:
老师，我在做[图片]时候，看到你写的生成wfn的gif文件模板这里[图片]density 和6d分别代表什么意思，生成wfn的时候一定要加上吗
A:
不用写
估计你是在某些很low的网站上看的我的博文
我的博客里此文早就没6d了
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2016.11.11 18:38:56
Q:
[图片]请问，我用EXML找到aug-cc-pvtz-pp的基组，可是打开后有两个，上面一个下面一个，哪一个才是这个基组的赝势基组呢？
A:
上头是赝势基组，下头是赝势
看
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.11.11 19:13:39
Q:
各位大神，bsse矫正会影响电荷转移吗
A:
BSSE是对算作用能而言的
Q:
好的，老师，也就是说我做nbo分析不用在bsse的基础上算？
A:
不要把无关的概念胡乱联系到一起
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2016.11.11 19:30:22
Q:
请问，我想要判断一系列物质的极性，但是计算出来的极化率和偶极矩的趋势不一致，该以哪个数据为依据呢？
A:
极化率和极性本来就没直接关系
Q:
那应该按照偶极矩的顺序来判断了？
A:
Woo y
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2016.11.11 19:32:03
Q:
求各位大神指点，我想要计算铀酰的resp电荷，但是输出文件一直报错
[图片]
请教一下大家，是不是我的输入文件里应该再加一些关键词呀？
A:
Pop=ReadRadii，末尾空一行写上缺半径的元素名和半径
Q:
谢谢老师，我们使用的U的半径应该是多少呢？
A:
范德华半径
Q:
老师，在输入数据的时候，单位默认的是埃还是nm呢？
好的，谢谢哦
老师，我写了VDW半径之后，依然出现了类似的问题，请问我应该怎么解决？
A:
格式不对
Q:
[图片]
混合基组最下面加入的元素以及半径
A:
上传输入文件
这体系用RESP完全没意义，RESP主要是给有机分子用的
本身当前体系就是刚性的，用RESP完全多此一举
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2016.11.11 20:24:57
Q:
请问Sob老师，我用VMD做电子密度差图，发现原子没有显示，如何让原子显示出来？
[图片]
如何显示球棍型？
A:
有显示啊
representation里drawing method改成CPK就完了
Q:
谢谢老师。
但是我在drawing method改成CPK，就没有isosurface的图形了。
A:
你点new rep新建一个，分别设定
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2016.11.11 22:56:29
Q:
随提供一下能量转换工具。以前有一个的，现在不能用了。
两个解离通道的能量差0.25 eV，室温下分支比能大致按照 exp(0.25eV/kT) 估算一下吗？
A:
如果那个是指势垒，粗糙估一下可以
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2016.11.12 04:32:01
Q:
Normal termination前面的一段summary里面，NImag=2是不是代表有两个虚频；
ZeroPoint=0.0985627\Thermal=0.1029078是不是分别说的是零点能和内能？
A:
字号不要超过12
是
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2016.11.12 04:56:58
Q:
请问Multiwfn如何调用cubegen命令
A:
调用cubegen的命令在multiwfn手册4.12.7节有
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2016.11.12 05:13:17
Q:
sob 老师您的博文第353 和352 链接有错误！顺便给你的nmr计算点个赞
A:
刚改过
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2016.11.12 05:35:37
Q:
[图片]老师这个方法只是分析的是原子在NTO的成分吗
A:
如果你的输入文件里记录的轨道就是NTO，则是如此
Q:
哦哦我的载入的文件就是算的NTO的fchk文件那我想知道该原子的轨道的成分可以实现不呢老师
A:
用Mulliken、SCPA方法
Q:
好的也是用NTO的fchk文件？@Sobereva
A:
y
Q:
[图片]老师这里是选择4吗
A:
1或3
Q:
老师主要是看这个吧？
[图片]
A:
是
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2016.11.12 05:47:06
Q:
请问sob老师，RDG是不是只能用来判断哪些区域有弱相互作用，散点图上的数值大小有什么意义吗？比如氢键，这两幅图中根据数值大小能判断出氢键强弱吗[图片][图片]
A:
有啊，看spike位置。
不过你这图里基本看不出区别
Q:
[图片]是这个和刚才那个
数值大小是可以判断强弱的，对吧
A:
是
Q:
sob老师[图片][图片]这两幅图中能说一图比二图范德华作用强吗
A:
不好比，看等值面图
除非相互作用区域很简单，否则绝对不能脱离填色等值面图单纯讨论散点图
否则还不如直接用AIM
Q:
[图片][图片]是不是结合伞个等值面图，区域越大，力就越强啊
A:
是
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2016.11.12 06:08:50
Q:
老师们，请问混合溶剂化在高斯里面怎么设置啊？[图片]
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
里面提了
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2016.11.12 06:23:26
Q:
要让拟合的UVvis有多个峰 FWHM应该给多少合适呢有没有高手指点一下 [图片]
A:
逐渐调小，直到满意
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2016.11.12 06:23:26
Q:
谢谢sob回复。那个不是能垒，是解离能。是不是也可以粗略的这么计算分支比？
A:
解离能的话，必须要求两个通道的产物能相互转化达到热力学平衡，如果做不到这点就不能这么讨论
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2016.11.12 06:48:36
Q:
请教sob老师您的预测反应活性位点的那篇文章为什么只选取了14个单取代苯？
A:
简单、容易讨论
当然有些体系更复杂，可以做更多测试
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2016.11.12 07:46:25
Q:
老师们，关于混合溶剂化效应的问题：
1. 在帖子里（http://sobereva.com/327）提到SMD模型不适合自定义溶剂，那对于有机阳离子自由基体系考虑混合溶剂效应适合用什么模型？
2. 对于混合溶剂，应该将几种溶剂分子的eps和epsinf按照体积比例进行混合来定义自定义溶剂。
eps和epsinf按照体积比例进行混合来定义自定义溶剂这个不明白，前辈们能给个例子吗？比如：体积比1:1怎么设，1:2又怎么设？
非常感谢！
A:
1 SMD和PCM一样可以自定义溶剂，只不过定义的都只是极性部分的贡献（由eps决定），非极性部分没法自定义，只能找个凑合。
2 0.5*A+0.5*B、1/3*A+2/3*B
Q:
那您还是建议用SMD模型？
A:
y
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2016.11.12 17:23:02
Q:
老师：您好！编辑说：不要在图形中加入文字，[图片]，请问这个graphic 是指整篇文章中的图片吗？还是TOC中的图片呢？
A:
应该是前者
Q:
恩，谢谢老师，请那么对于[图片]这样的图片，感觉如果把文字给删了，就表示的有些麻烦了，请问的处理一般是？是否是我把文字和图片分开，下面的文字内容，我单独用word输入表示，这样这个图片就成了图片和文字的组合，是这样的吗？例如[图片]
A:
可能是想让你把文字放到图题里。
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2016.11.12 19:17:37
Q:
老师您好，用multiwfn调用cubegen计算的时候，这一部分我不是很理解[图片]这个命令是输入到哪里运行才能得到呢？
A:
命令行界面
对于windows就是MS-DOS
Q:
[图片]是这个嘛？老师
A:
y
Q:
/可怜这个是要在gaussian目录下打开这个命令窗口然后再输入这个指令吗？那是不是要把对应的cubegenp.txt 和对应的fchk文件也拷贝到gaussian目录下呢？我的gaussian是安装在D盘的，谢谢老师
A:
y
Q:
谢谢老师，我试试
/可怜老师，[图片]这个是因为我的软件安装在D盘所以找不到指定文件吗？前面那部分c:\users\neml 是不是要对应到gaussian目录下？可是这一部分不能进行编辑，请老师再教教我，谢谢老师
A:
你要么cd进入g09w的目录，要么直接写明cubegen.exe的绝对路径
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2016.11.12 20:33:11
Q:
A:
考虑到一些人没搞懂最近要开的科音初级量化班和基础量化班的差异，在刚写的帖子里对差异顺便进行了一下说明
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4447
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2016.11.12 21:47:27
Q:
请问我的NCI分析，用VMD打开后，弱相互作用部分显示都是灰色，请问可能是哪里出了问题。我用的是multiwfn自带的RDGfill脚本。谢谢1
A:
看命令行里的提示
载入失败会有显示的
Q:
没有错误提示，我再看看。
别的都很正常，就是RDG是灰色
难道是func2有问题？
A:
三种可能性
1 显示驱动问题
2 格点文件太大，内存载入不下
3 格点文件本身有问题（但只要multiwfn里能看到正常的散点图就说明没问题）
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2016.11.13 02:34:27
Q:
Sob老师，希望能请教你三个问题。 1. 混合溶剂做溶剂模型时设参数的问题。 DCE/MeOH 1:1 一般的有机金属催化反应，不涉及到激发态。自定义溶剂， eps值和epsinf值用这两个溶剂的加和除以2吗？
2, 类似的体系(含C H O Au元素), 类似的反应，有篇文献用了b3lyp/cc-PVDZ with relativistic pseudopotencial for Au; 另一篇用了M06/aug-cc-PVTZ-PP(SMD)//M06/6-31+G(d,p)/LANL2DZ(Au) 这两篇文献用得都合理吗？会不会太大了，或者不够专业？
我用了b3lyp/6-31+G(d)/LANL2DZ做气相优化。我应该采用哪篇的做溶剂模型呢？
OA：
不应该说人家文献可能不够专业，应该问是否符合计算化学的习惯
Q:
基态优化用的函数和溶剂模型用的函数可以不一样吗？
OA:
我是做反应机理研究，所以关注的是能量差。不同函数算出的势能面应该不同吧？如果基态优化和溶剂模型用了不同的函数，那有没可能溶剂模型算出的能量并不是极小(大)点的能量。而用同一函数仅不同基组的话这个问题小一点？
你说让我选文献2 我的优化是b3lyp 文献2是M06
Q:
那是因为Thular有篇文章说M06 用于金属的计算，-2X用于非金属原子比较好 @米豆豆
OA:
我不记得了，呆会我找一下那篇文章
A:
是
凑凑合合。aug-cc-pVTZ-PP太大，不划算。优化时候若没特殊必要完全不需要用弥散，还不如把Au的lanl2DZ改好点
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2016.11.13 02:37:40
Q:
大神我想问一下，我在优化基态时用的是最简单的opt...命令结果一切正常（无虚频，收敛）可是当我用该结果计算激发态得频率时发现不收敛或者有虚频于是我在优化激发态时命令改成了这样[图片]虚频没了也收敛了。我想知道这样的话我的吸收谱和发射普还有可比性吗？数据还可靠吗/我还用不用重新开始从基态用麻烦的方法开始优化？[表情]
我不算能量啊我就想知道我用的前面优化基态时就用的opt 到优化激发态时我加上了calcall和tight int=ultrafine还有步长和最大步数什么的这样对吸收谱和发射普的差值会有影响吗
大神，问一下，计算激发态频率时已经加了tight和int=ultrafine了可是还是不收敛，怎么办啊
A:
频率没有什么收敛不收敛这一说
Q:
额，，，就是有no
A:
tight和所谓的什么“频率收不收敛”更是丝毫关系也没有
小于或超过normal标准下阈值两三倍可以接受
Q:
可是是30 倍啊
是不是，就没有办法了
大神
A:
等G16出了用解析的TDDFT Hessian
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2016.11.13 03:44:46
Q:
sob老师，您好，计算化学公社重置密码为何迟迟收不到邮件啊？已经重置好多次了。
[表情]
[图片]
A:
直接私窗把用户名、注册时候相关信息给我
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2016.11.13 04:08:43
Q:
您好！我现在在讨论一个不同距离变化下分子内氢键的变化情况，距离增加后，发现AIM会出现BCPl漏判的情况，而RDG则不会；但RDG没法定量讨论氢键强度，1）请问您有什么建议？2）我这是N-H----O经典型的氢键，静电为主，可以用NBO的二级微扰能间接度量吗？谢谢！
A:
看看没临界点的散点图的spike的横坐标位置可能有益
我不认为NBO对讨论氢键有什么意义。要度量的话用IQA能量分解，或者PSI4支持的分子内能量分解都比这强
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2016.11.13 06:16:23
Q:
请教一下各位老师，做全局最小搜索该怎么做。
A:
做构象搜索，诸如
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.11.13 06:31:07
Q:
请问老师，静电势图如何绘制才能合适一些
A:
如果你是指分子表面静电势填色图，合理调整色彩刻度，使数值范围括住实际的数值变化区间
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2016.11.13 06:37:36
Q:
sob老师，我过渡态用了[图片]方法基组，怎么还找不对呢？
A:
继续加大。加到最大还不够就降低计算级别
只要关键词用得对，初猜越准找到过渡态的几率一定越大
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2016.11.13 06:37:36
Q:
请问Gamess可以计算QM/MM？
A:
不可以。支持ONIOM的只有gaussian、Q-Chem、ADF等
讲义上量子化学程序盘点里面没写就是不支持
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2016.11.13 07:06:30
Q:
群主老师，发现超微主板里面有一项叫intel virtualization technology，这项是否也和超线程一样关闭掉。
这个就是虚拟机的意思，那无所谓了，是要关掉，我不需要用虚拟机
A:
绝对不要去关掉VT和HT
关闭HT纯属以讹传讹
害人不浅
开着VT又没丝毫坏处
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2016.11.13 07:47:13
Q:
CPU：E3-1230 V5 (Skylake，四核八线程3.4，散，无集显) 1500
显卡：索泰GTX960-4GD5至尊PLUS OC 1479 或索泰GTX970-4GD5毁灭者HA 2199
散热器：九州风神大霜塔普通版 199
主板：技嘉 X150M PLUS WS (C232芯片组) 660
硬盘：希捷 2TB 64MB SATA3 460
固态硬盘：OCZ饥饿鲨 Trion 100 240G 399
内存：2*8/16G 金士顿 DDR4-2133 2*220/2*440
电源：康舒上品550（额定550W）269
机箱：任意 200
光驱：先锋 DVR-221CHV 125
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
显示器：优派VA2249s 21.5寸AH-IPS LED背光 599
总价：约4800 （不含显卡、显示器，32GB时）
老师，请问，这个配置计算的耗时如何？
A:
不说体系没法说
几十个原子一般DFT计算可以应付
Q:
比如50个原子左右，b3lyp/6-31G*, opt或者freq
A:
还能接受
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2016.11.13 07:54:40
Q:
我发现，电脑的运算速度，不仅跟内存的大小有关，还跟内存的质量有关。
[图片]垃圾内存不要用
A:
没这回事
金士顿内存绝无问题
Q:
假货太多
A:
和内存质量根本一点关系也没有，即便是现代兼容条一样用，完全不影响性能
影响性能只有内存的频率和时序参数
买真的就完了
Q:
我试过金士顿内存和品牌机的现代内存。现代内存速度秒杀金士顿内存。
A:
一定没有以合理的方式进行比较
Q:
然后我去问电脑城的卖家
A:
aida64之类工具里看频率和时序参数，参数完全一样的两个条子，不管什么内存颗粒、什么厂家生产的，性能绝对一样
Q:
他们说，垃圾内存发热量大。
A:
差异只在稳定性上面
电脑城里那些卖家有几个真正懂电脑的
Q:
然后会降低频率运行。
A:
很多都是懂一些江湖经验，深层次的东西一点都说不出来
Q:
这就是速度变慢的原因
A:
内存没有因为发热自动降频这么一说，CPU才有
Q:
我自己的实测也是这样，一台机上装了４个Ｇ，另一台机上只装了２个Ｇ，然而这４个Ｇ的速度还比不上２个Ｇ的。
具体原因我也现在也不好说
A:
2个2G组双通道速度显然比一个4G单通道的快
这属于硬件常识问题
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2016.11.13 16:27:12
Q:
大博士，我给ORCA开发者写信，居然木有回复，是不是我的英语太烂了?
[表情]
A:
名人都忙得很
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2016.11.13 16:36:19
Q:
sob老师，服务器厂商怎么说一般都关闭HT跑。想请问您一下开或者关HT有没有一个条件呢？还是都应该在开HT下跑。
比如物理核心28核，开HT共56核，分配28计算；和不开HT，分配28核计算相比，按照您说的应该是开HT效果更好，对吗？
在开HT中，物理核心28和虚拟的28核，计算能力是一致的吗？或者是小于28核下系统会默认均使用物理核心计算吗？如果不一样，56核选28核，系统会自动选择较优的物理核心吗？谢谢sob老师
A:
显然开HT时候28核跑任务好，多榨出来的资源能处理后台任务，还不至于机子反应卡顿
并不是56个核心里面有一半是物理一半是虚拟的，这56个核心对于操作系统来说是等价的
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2016.11.13 19:36:40
Q:
SOB老师，审稿人建议：for Br and I for which the def2-TZVPD Ahlrich’s basis set (of triple-zeta quality) can be used.
这个在高斯09D版本里怎写，这个是我的高斯输入文件，计算出错，您能否帮我诊断一下错误吗？多谢老师！/抱拳
A:
def2-TZVPD不是内置的
Q:
哦！老师，那这个基组怎么写，请教您了！
或者有可以参考的资料吗？
A:
EMSL自己拷定义
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2016.11.13 20:02:12
Q:
老师，请问一下量化基础班还有名额吗？
你说初级班？
还有的，不过每天名额都在减少，下周就不好说了，还剩十几个名额
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年12月3日至6日于北京开办“第一届北京科音初级量子化学培训班”，本培训专门针对零基础量子化学研究者开办，以帮助他们以最好、最快的方式掌握主流量子化学程序的基本操作，能够顺利完成各种最常见类型的量子化学计算。此培训由卢天博士（网名Sobereva，是北京科音自然科学研究中心、思想家公社群和计算化学公社论坛创始人，Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情、内容和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/1KEQC.html。本次限报64人，欢迎踊跃报名。
那有没有三个班放在一起进行的？？
A:
不可能有
Q:
哦
A:
没有人会连上三个班
每个班内容差异很大，深度和广度逐级增加，参加过每个班之后得消化一阵才有可能达到参加下一个级别的班的程度
Q:
[表情]
对对对，感觉基础班我消化很久都没消化完
A:
一个班的信息量顶别家培训的N个班了
Q:
我还是先参加这个初级，然后在基础吧。高级肯定不去了，因为没那水平
OA:
一个基础班的内容够博士毕业了都
Q:
以后要是问到令人可笑的问题，大家别笑啊。哈哈。
[表情]
OA:
你什么意思不就是不知道嘛才问问你至于嘛
Q:
有些培训班就只开一次我才这样问的
OA:
更新了QQ的表情真是难看[图片]
关键是，看你们打字，我都迷糊
啥不懂
你们？、
他们
Q:
有想法，你可以小窗我，但是在这么多人面前，请注意言辞
好像一直也没和你说话吧？！
OA:
[图片]你自己体会吧
[表情]
Q:
那是说我自己呢
和你说啥关系
你想多了
OA:
我就是刚看QQ，说句话而已
再说，我也没看你说话
Q:
那话也不是说你
你想多了
[图片]
A:
太敏感了
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2016.11.13 21:13:52
Q:
[图片]各位前辈，有这样的一些体系想做一下静电势分布，看一下电子分布（做实验的研究者的说法），就是总结一下规律，预测一下哪个更容易与氢离子发生相互作用。结果只是用于总结规律，不用于写文章发表。我使用B3LYP/6-31G**基组优化，使用B3LYP/6-31+G**计算单点能得到波函数文件进行分析。这样可以吗？
老师想要尽快得到结果。
A:
可以
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2016.11.13 22:16:29
Q:
scf=(xqc,maxcycle=200)中的这个xqc是什么意思啊?我看了高斯手册没有看懂呀
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.11.13 23:05:02
Q:
请问，ACESIII是个构象搜索软件是吧
A:
否
Q:
那主要功能在于？
我看着有文献中用这个讨论了多个构象
A:
[图片]
Q:
[表情]其实我是真的不懂
求解答[表情]
A:
[图片]
搜搜搜
Q:
不要揍我，其实我谷歌了没找到[表情]
[表情]
A:
一派胡言
Q:
[表情]打死我吧
A:
[图片]
[图片]
Q:
[图片][表情]
A:
论坛里有价值的东西多了去了
Q:
我去论坛学习一下
[表情]因为我以为是个软件
A:
缺乏搜索引擎基本使用常识，要么就是被百度惯得
不是软件是什么
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2016.11.13 23:15:27
Q:
老师好[表情]
我想问下如果做IRC两边都跑到反应物了，要怎么办啊。。。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.13 23:56:57
Q:
今日求助第一篇，题目：Hydrogen Storage Materials for Mobile and Stationary Applications: Current State of the Art，链接：http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/cssc.201500231/full，谢谢。
A:
文章名输入这里自行下载
http://gen.lib.rus.ec/
能不求的就勿在群里求
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2016.11.14 00:15:39
Q:
请问这种表述方法[图片]可以接受么，文章是在[图片]水平下计算的
A:
CBS-QB3用的时候不能直接结合PCM来用，如果是之后加上PCM的溶解自由能，这种描述很含糊容易令人误会
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2016.11.14 00:23:05
Q:
用八核win跑静电势图，为什么跑着跑着就自动关机，试了有几次了，大家有遇到这种情况的不
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.11.14 00:35:09
Q:
Windows下八核跑其实也只有一个核在跑，windows不支持并行计算
大哥，人家的问题还没有解决，别调侃嘛
opt=calcall怕是用不得了，你这个分子还是蛮大的，用这个的话怕是一会半会算不完，我连sob老师基础班都还没上过，水平比较低，你还是问一下sob老师或是水平好一点的人吧
A:
“windows不支持并行计算”歪理邪说
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2016.11.14 00:38:16
Q:
老师，我对一个优化后的稠环体系进行频率分析以确定其为稳定结构，竟发现有一个频率为-60cm-1的虚频，振动模式如下[图片]。按照博文，使用opt=tight，int=ultrafine优化，结果四个收敛标准都为Yes，但还有一个频率为-20cm-1的虚频。请问老师，我接下来应该怎么做？是使用opt=very tight，及更高的积分精度？还是使用opt=calcall？您还说过可能是由于初始结构对称性太高导致的，但我感觉这样的一个稠环结构应该不会出现平面扭曲。
老师，我看了一下振动模式。如图中所示，若沿振动模式调整，团簇中的各个碳原子不在一个平面上。这个与自己的常识有些不符。不知道是否是我见的情况有些少。
A:
如果是单重态，这应当是平面结构。先确认计算级别合理
Q:
老师，我优化计算级别是B3LYP-D3/6-311G**，不知道这样是否合理.
A:
级别合理，加D3多余（除非之后还要考虑吸附之类问题）
注意看gaussian是否正确识别了体系的点群
Q:
谢谢老师，之后是要考虑吸附问题。老师您是指频率分析计算是否正确识别了点群，是吗？
A:
y
当然，优化到的最后的结构点群也得判断得对。不对的话一开始点群就没设好
Q:
老师，这个稠环体系我优化到最后点群为CI，频率分析计算后得到的点群也为CI[图片]。我使用gaussian默认设置点群选项，而我的结构具有很高的对称性，我是否应该将其约束到更高的点群如D2h
A:
确切来说不是约束到D2h，而是在优化前先在gview里对称化成D2h
有对称性的体系一定要在计算前就在gview里确保对称性已经能正确识别
Q:
老师，在gview中显示当前点群为D2h[图片]
A:
对称化完了，保存输入文件，重新优化
这样才能确保>99%几率高斯能识别出D2h点群
Q:
老师，我之前没有选择enable point group symetry这一选项，是否意味着之前可能我的点群没有被识别。
A:
一看输出文件就知道到底识别成了什么点群
Q:
谢谢老师，我用PM6简单优化了一下，发现识别的还是CI[图片]。我是否应该这样设置[图片]再保存。我之前在自学explore这本书上没关注到这一问题。麻烦您了。
A:
是
Q:
就是constrain to subgroup应选择成为自己体系真实的对称性，是这样吗，谢谢老师。
A:
和那个没关系
你确保current point group正确就完了
Q:
老师，为什么我的当前点群是正确的，但PM6优化完成后得到的结构的点群仍是CI，是不正确的。
A:
上传输入文件
优化不要用bj阻尼
对称化成d2h用pm6优化根本没有虚频
[图片]
许多关键性的经验技巧操作在exploring书里根本不讲
不知道你怎么操作的
步骤明明很简单
这些又基础又关键的在初级班里都会演示和强调
Q:
老师，我的输入文件是没有对称化成D2h点群吗？
老师，是在edit中选择point group，然后点击enable point symmetry，看当前点群是否正确，如果不正确，将constrain to当前应当存在的点群吗？我之前的优化没有关注这一方面（因为之前优化的体系不像这个结构这么对称）。
A:
用合适的阈值让gv检测到正确的点群，点symmetry对称化结构，使得current point group变成真正的点群，然后保存输入文件优化
和constraint毛关系也没有
当前都已经D2h了还怎么对称化
这里有比当前点群高的出现才能对称化成相应点群
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.14 01:08:30
Q:
请问VESTA里面ELF的值是在这里显示的区间吗？[图片]我的isosurface是0.73.
我想请问个问题，诸位在DFT计算中有没有人算过一个电子从导带跑到价带的例子，在pwscf中如何实现呢？
A:
@ 挑灯看剑没有这种区分标准
----------------------------------------------------
2016.11.14 01:56:00
Q:
老师，我想问一下dalton支不支持pbe33这个泛函呢
A:
这种问题直接看手册
----------------------------------------------------
2016.11.14 05:25:20
Q:
请问 sob老师有没有关于团簇的振动模式的博文
A:
“团簇的振动模式”这么有什么值得写成博文的，基本计算原理和方法弄明白了算什么体系都一样，团簇没有特殊性
----------------------------------------------------
2016.11.14 06:23:42
Q:
可以把分子放到一个晶胞里，做成周期性的
有没有做动力学的，目前想算一个分子与表面的结合能，MS总莫名其妙出错，想来问问用什么软件比较好，或者MS的哪个模块可以做
A:
按周期性体系来算用dmol3、siesta等等都不错，当团簇来算的话gaussian、ORCA都很好
----------------------------------------------------
2016.11.14 06:58:02
Q:
%chk=z-3_to.chk
%mem=1400mb
#p b3lyp/6-31g* td(Nstates=6, root=3) scrf(pcm,solvent=methanol) opt
z-3_to
0 1
6 4.885257000 0.761037000 0.927036000
6 3.487933000 0.898978000 0.822903000
6 2.781881000 0.009440000 -0.023987000
6 3.466501000 -1.117503000 -0.529227000
6 4.839657000 -1.264194000 -0.391158000
6 5.560756000 -0.290194000 0.311654000
6 1.404183000 -2.302636000 -0.591483000
6 0.702695000 -1.162254000 -0.210922000
6 -0.609638000 -1.253177000 0.301652000
6 -1.084339000 -2.541215000 0.655538000
6 -0.364923000 -3.683952000 0.241113000
6 0.846855000 -3.591519000 -0.424448000
1 5.349982000 -2.127398000 -0.804322000
1 3.185023000 -3.014514000 -1.220070000
1 -0.788469000 -4.655920000 0.471263000
6 -1.405710000 2.296361000 0.603095000
6 0.615441000 1.261888000 -0.303844000
6 1.075107000 2.553063000 -0.659203000
6 0.343582000 3.686322000 -0.248494000
6 -0.861444000 3.588143000 0.427621000
6 7.030557000 -0.449065000 0.417739000
8 7.669784000 -1.360134000 -0.082703000
8 7.625938000 0.530992000 1.137932000
1 8.580976000 0.330948000 1.146052000
7 2.687564000 -2.133779000 -1.124808000
1 1.169829000 -5.584784000 -0.573806000
1 1.767643000 -4.726785000 -1.841139000
7 1.611901000 -4.707906000 -0.834642000
7 1.387027000 0.083694000 -0.347327000
7 -1.379601000 -0.081804000 0.340962000
7 -1.631414000 4.701568000 0.839518000
1 -1.779703000 4.722055000 1.847112000
1 -1.193821000 5.579627000 0.574782000
6 -0.696006000 1.165046000 0.214170000
6 2.270929000 2.849435000 -1.482355000
8 2.788515000 3.951771000 -1.577970000
8 2.708208000 1.801594000 -2.216932000
1 3.477230000 2.124609000 -2.724376000
7 2.880060000 1.952175000 1.502234000
1 1.915630000 1.810029000 1.773163000
1 3.428500000 2.294274000 2.283150000
6 -2.280561000 -2.815843000 1.488618000
8 -2.859750000 -3.890141000 1.528775000
8 -2.638663000 -1.786659000 2.287963000
1 -3.419278000 -2.086761000 2.792012000
1 5.433375000 1.482277000 1.523405000
1 0.759685000 4.660801000 -0.481022000
6 -4.875250000 -0.764738000 -0.939666000
6 -5.554637000 0.277396000 -0.312337000
6 -4.838336000 1.245730000 0.401839000
6 -3.464195000 1.101226000 0.538719000
6 -2.775816000 -0.015364000 0.016425000
6 -3.475484000 -0.896348000 -0.847670000
1 -5.422985000 -1.479117000 -1.544616000
1 -5.352099000 2.100803000 0.827429000
1 -3.189454000 2.990267000 1.245472000
6 -7.026380000 0.426400000 -0.409014000
8 -7.669972000 1.325559000 0.107070000
8 -7.617982000 -0.547652000 -1.140311000
1 -8.574489000 -0.354546000 -1.141027000
7 -2.852619000 -1.829183000 -1.674544000
1 -2.009752000 -2.268211000 -1.330619000
1 -3.488296000 -2.518828000 -2.059278000
7 -2.687182000 2.112914000 1.144315000
这是我的输入文件
A:
不要把大量信息直接贴出来，刷屏厉害
别用斜体下划线彩色字，看着很难受
direct跟这毫无关系
减小步长上限
nstates=6也根本称不上有多大
Q:
老师，我错了，以后不会了，我还设置过Nstates=10，可仍旧显示同样错误@Sobereva
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.14 08:37:04
Q:
但我的symmetrize选项为什么是灰色的[图片]
A:
要搞清楚选项的含义和基本逻辑
----------------------------------------------------
Q:
老师，请问今后是否还会办初级班。纯工科专业，没有化学基础。看了explore第二版，做了算例。但发现可能还有许多关键基础没有掌握。但目前本科课程较多，无法参加这次培训。打算先关注qq群和公社，读研究生有时间参加培训。
A:
明年也会有，时间就不好说了
----------------------------------------------------
2016.11.14 16:10:58
Q:
[图片]
A:
不要往群共享里传意义不明的东西
----------------------------------------------------
2016.11.14 16:54:55
Q:
请问 Sobereva老师，输出文件log里面有三个Dipole moment（两个根据密立根电荷计算，一个根据APT电荷计算）应该用哪一个呢
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Gaussian根本不会给你根据原子电荷算的偶极矩
Q:
那这三个有什么区别呢
A:
根本不知道你说的哪三个
[图片]
胡乱理解就说是APT、mulliken电荷的偶极矩
新人问问题时搞不清楚，就客观描述，不应做额外的修饰再去描述，否则别人更糊涂说的是什么
还有好多人问一些比如freq问题说是什么不收敛，根本和收敛问题一丁点联系都没有
Q:
[图片][图片][图片]
这三个
A:
取最后的
Q:
[图片]，老师指的这个吗我想用的是总的
A:
什么叫总的
如果要考察偶极矩大小而非分量，就用tot值
----------------------------------------------------
2016.11.14 16:59:49
Q:
老师们，请问在高斯09D版本里，使用Counterpoise时能否同时考虑溶剂化效应
A:
不能
非要考虑只能自己在气相下计算BSSE校正能加到溶液下计算的相互作用能上
----------------------------------------------------
2016.11.14 17:03:47
Q:
所以老师我还是不太明白刚刚截图的三个total 有什么区别，改用哪一个
A:
必定不是单点任务，而是涉及几何优化之类的，或者多个任务连成一个的那种，显然会输出多次
搞不清楚就做个单点任务
Q:
对是优化的结果
A:
优化就取最后的，对应最后的结构的偶极矩
----------------------------------------------------
2016.11.14 17:22:52
Q:
咨询一下，咱们高斯看到的见长，默认单位是埃还是nm？应该是埃吧，谢谢
A:
埃
----------------------------------------------------
2016.11.14 17:32:02
Q:
谁有sobereva老师用RDG等值面研究成键的相关博文，我没有找到
A:
RDG主要考察弱相互作用的，不是成键作用
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
Q:
老师，这两个我都看过了，我想找这个[图片]
A:
没有专门说这个的
成键问题用ELF比RDG有用得多
----------------------------------------------------
2016.11.14 17:56:27
Q:
请问sob 老师，亮氨酸拉链中亮氨酸的LJ能一般是多少啊？
A:
实际算算便知
Q:
没有标准值吗？教科书的一般值？@Sobereva
A:
教科书上哪有这种数据
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:04:16
Q:
老师：您好！请问这个是用什么算的？[图片]谢谢！
A:
ADF
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:05:38
Q:
老师在您的这篇博文中 http://sobereva.com/314 4.5 （2）第一步计算中可以利用（1）中的检查点文件么[图片]
A:
必须利用啊，否则guess=read geom=check怎么用
Q:
我用了（1）中的chk文件计算结果很快就出结果但是如果把（1）中的分子坐标贴在gjf中算了好久还没出结果
A:
巧合罢了
不要说“好久没出结果”，要说因为什么没出结果
SCF不收敛就按套路处理
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:09:15
Q:
老师：您好！请问这个软件开源了吗？高斯可以算这个能量分解吗？
A:
没
否
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:09:15
Q:
我这两天遇到一个问题，就是在用PS做静电势图的时候，粘贴分子结构和极大极小点时，用魔棒工具有时候可以删除背景，有时候不行，这是为什么？
有人遇到过这种情况吗
A:
图层没选对之类
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:25:42
Q:
sob老师，气相几何优化的结果，在溶液中做单点计算，得到的能量应该与气相差别不大吧？
A:
大多数情况不大
局部带显著电荷的情况气相和溶剂下的结构可能差异明显
Q:
那就不能做单点计算了？
A:
显然
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:31:48
Q:
通知：北京科音自然科学研究中心将于2016年12月3日至6日于北京开办“第一届北京科音初级量子化学培训班”，本培训专门针对零基础量子化学研究者开办，以帮助他们以最好、最快的方式掌握主流量子化学程序的基本操作，能够顺利完成各种最常见类型的量子化学计算。此培训由卢天博士（网名Sobereva，是北京科音自然科学研究中心、思想家公社群和计算化学公社论坛创始人，Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情、内容和报名方式参见
A:
参见www.keinsci.com
Q:
[表情]
动力学班估计得月末才能出通知了
[图片]大家不好意思啊，最近眼神儿不太好使，如有错漏请多多见谅
A:
估计一月十几号
Q:
[图片]大家不好意思啊，最近眼神儿不太好使，如有错漏请多多见谅
[表情]又推迟了
[图片]
本来时间也是定在一月份啊
A:
因为对质量要求高
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:41:32
Q:
请假各位大神，顺便提个问题，单机跑的动动力学吗？
卢老师推荐那个配置跑的动吗？
A:
可以
买个好点的显卡，靠GPU加速速度顶得上双路服务器用CPU跑
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:41:34
Q:
麻烦问一下大家，使用CASTEP模快优化晶体的时候出现如下错误：
[图片]
怎么解决，谢谢
墨老师，我设置的参数[图片]
scf cycle是100
它计算大约一个小时就不算了，我计算的是la系金属
过渡金属all bands edft在那里选择？
我是从晶体数据库里直接倒出的cif文件
但是有一个问题是，导出的晶体里没有H
我计算的是LaCO3OH，导出的cif文件只有只有 La C O 元素
K-point还没有测试，有的是默认的K点，我想着先把晶体的优化出来，再调整K点
我是通过自动加H的方法把H原子加上，结构有可能不合理
我想问一下，像这种晶体数据库中导出的cif文件没有H元素，你们一般怎么处理？
A:
加氢之后一般是固定重原子位置再优化氢
Q:
可能确实是结构不合理造成的，由于晶胞中原子数表较大，我也不会判断哪些是重合的
我能不能先把不加H的晶体优化出来，之后在加H优化
A:
显然不能。不加氢就算电子结构乱七八糟了
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:51:17
Q:
请教一下各位老师，一台电脑单插两个显卡没有交火，非输出视频的显卡可以用于计算吗？
A:
能否用于计算和是否输出图像无关。
专门用于计算的GPU许多都取消视频输出口了
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:58:35
Q:
老师，初级班报名的培训费现在还能不能给开成会议费呀？还有就是能不能先把发票和邀请函给寄过来呀？
A:
可以开会议费
发票不能先开，这是已付款的凭证。参加会议或培训一般都是参加者自己先垫付再拿发票报销的
邀请函可以先寄
----------------------------------------------------
2016.11.14 18:59:25
Q:
ERROR WRITING 32768 WORDS AT OFFSET 27963368. TO FILE 4 IMPLEMENTATION=sf FILE HANDLE= -3000 IERR= -1999
? Error
? I/O error
? The problem occurs in writew
请问哪位大神知道molpro输出文件中出现这样的错误应该怎样解决？
A:
检查关键词合理性
检查硬盘是否还有空间写临时文件
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:04:17
Q:
可爱的大博士，动力学培训在15号之前还是之后呢？
A:
不好说，反正是在春节前，预计刚放寒假那会儿
Q:
[表情]我还要去武汉一次，大博士要快快确定呀
A:
估计最早不早于14号，最晚不晚于22号
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:11:57
Q:
老师：您好！刚刚看到您的培训通知，我想请问您关于QMMM，ONIOM的培训这次会涉及到吗？
谢谢！如果这次没有。请问在什么时候会有呢？
A:
初级班没有这些。基础班有QMMM/ONIOM的原理介绍，和ONIOM的具体计算方法和实例演示
让初学者知道了ONIOM保证各种乱用，瞎折腾一通最后还得不到合理结果
Q:
那请问您基础班会在什么时候开呢？
A:
明年
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:16:48
Q:
各位大神，[图片]上的硝基被换成成氨基后[图片]，能不能用MultiWFN中的拉普拉斯键级比较两种物质C-As 键的强弱呢
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:16:48
Q:
还有一个疑问，[图片]上的硝基被换成成氨基后[图片]， C-As 键的拉普拉斯键级由0.737388变为0.730566，这个变化算大么，能不能换算成具体的能量数值，谢谢各位了！
A:
能量数值换算不了
属于可察觉的改变。可以同时也算算mayer键级一起确认一下
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:17:12
Q:
请问2016年1月份发表的文章现在能查到SCI检索了吗？
A:
一般能
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:23:27
Q:
请问国外有什么理论计算化学论坛吗
A:
没有综合的这种论坛
Q:
ccl算不算啊？
A:
只有一些程序如orca之类有自己的论坛
CCL不算论坛
researchgate里面也有计算化学的问答讨论，但也不算论坛
----------------------------------------------------
2016.11.14 19:40:12
Q:
老师：您好！ADNP搜索中，我们用的是NBO轨道，所以这里的轨道也应该用那个NBO换算后的来看吗？谢谢
A:
意义完全不明
和NBO扯不上关系
----------------------------------------------------
2016.11.14 20:00:41
Q:
[图片]
A:
看帮助
不用这程序
Q:
用Mul？
A:
不认得Mul，只认得Multiwfn
Q:
我给等价了
A:
linux下，Multiwfn、Multiwfn+VMD、gview都比这强太多
----------------------------------------------------
2016.11.14 20:00:41
Q:
[表情]gabedit这个很少有人使用的
A:
对我来说这玩意有用的地方也就是看看MOPAC的轨道
界面无敌丑
Q:
[表情]MOPAC估计只能给那些做生物和高分子材料的使用了
A:
算很大的分子团簇、结合molclus做构象筛选也很有用
Q:
[表情]我觉得做构象筛选，结合ORCA应该很有前途
A:
粗略筛选ORCA还是跟MOPAC速度差两个数量级以上
Q:
不过对于很多体系，MOPAC的半经验容易引入歧途，比如B团簇的构型搜索，王来生他们用的就是量化程序
A:
这显然不适合半经验，懂行的人也不会这么用
半经验连个Li2都算得极差
有机体系则妥妥的
Q:
比如最近我做的B40体系，用了很多的量化程序，NWCHEM和MOLPRO做耦合簇，Gaussian做几何优化
半经验的参数多事基于有机分子的吧
A:
y
无机的成键方式普通的，对于PM7一般也没问题。MOF啊、常见的配合物啊也都能算，不会有定性错误
团簇电子结构往往太复杂，成键方式不够典型，除了富勒烯之类好算的，否则半经验肯定跪
----------------------------------------------------
2016.11.14 20:40:34
Q:
[图片]
[图片]
请问这是什么错误呢
A:
直接上传完整输入文件
Q:
谢谢老师
A:
去掉
?s -1.75963482 1.26441448 -0.27193673
?s -1.87257052 1.02430632 -0.81007575
并且不要定义初值。最新版本已不允许直接设初值
----------------------------------------------------
2016.11.14 20:40:34
Q:
老师，再问个问题，优化后想算算单点能是用CCSD（T）吗？还是其他的？
A:
你那体系，机子不好的话CCSD(T)/cc-pVTZ算不动
Q:
老师，是挂超算的可以吗？
A:
看具体能用多少内存和核心
条件好点的成
Q:
CCSD(T)计算单点能要写什么关键词呢？
CCSD(T)/基组
老师，基组是用优化的基组吗？
A:
当然要比优化用的高
Q:
最好大一点，如果可以，def2-TZVPD就足够了
aug-cc-PVTZ
A:
这种体系绝对不要用弥散，白浪费计算量
cc-pVTZ，不用考虑其它的
aug-cc-PVTZ肯定算不动
----------------------------------------------------
2016.11.14 21:03:13
Q:
学校的超算中心
A:
看具体能用多少内存和核心
条件好点的成
Q:
卢老师，想请教下，有没有gpu推荐的？最近准备入手一个单机做计算
内存是128G的
英伟达
您网上的配置看了是使用索泰GTX960的显卡
A:
GTX1060、1070、1080，买哪个视经济能力而定
Q:
GTX1060、1070、1080，这些显卡可以搭配您推荐的配置吗？
A:
可
Q:
[表情]好的。。
A:
amber的测试，虽然和gmx有出入，但也体现了不同主流GPU用在MD的相对性能
[图片]
Q:
再问一个小白问题，使用了GTX1060、1070、1080，显卡，计算效率是不是提高很多啊？或者对于动力学模拟也有帮助呢？
A:
就是为了GPU加速才配的
Q:
老师，用CCSD(T)/cc-pVTZ算单点能，多大内存合适啊？
A:
也没法这么说
当然越大越好
你这样大小的体系这个级别算，一般都得64GB的服务器
Q:
丽台k2200显卡和索泰gtx1060哪款好些？
A:
没有可比性
跑MD当然后者完爆前者
Q:
那高斯呢
A:
g09又不靠GPU
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2016.11.14 21:04:39
Q:
各位大神:
[图片]上的硝基被换成成氨基后[图片]， C-As 键的拉普拉斯键级由0.737388变为0.730566，但是mayer bond 却是由 0.92592977增强到0.96462601
何解？？
A:
看看键长怎么变的
Q:
由1.90减少到了1.38
由硝基还原到氨基后...
A:
可以再看看BCP的密度
如果增大了，那就说明键增强了
Q:
好的，，谢谢了。。。
对了是不是我的优化时算法的级别和基组太低了。
b3lyp/6-31g(d,p)
A:
提升点可以用6-311G**，再提升无意义
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2016.11.14 21:15:08
Q:
老师Erhenfest-type 方法大体是什么概念
A:
没听说过
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2016.11.14 21:31:07
Q:
sci-hub的地址是多少
A:
看群共享里群规
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2016.11.14 22:13:12
Q:
大家好，想问下用acpype是不是无法生成比较大的分子的gromacs用的文件
A:
其本身只是转换，关键看antechamber。antechamber不用来处理大体系
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2016.11.14 22:52:41
Q:
[图片]做这种图的时候，结构复杂的化合物不能准确看到我想看到的区域，应该怎么调整
A:
恰当设置作图平面
或者用等值面图
Q:
等值面的图做出来导出cube文件后用VMD打开，就会直接看到图还是要一些操作
A:
自行搞一些操作
Q:
好
我试试吧，刚才试了一个不成功
老师，还有什么方法能看到成键
A:
LOL
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2016.11.14 22:54:12
Q:
[图片]
老师，我想想问一下这个错误是什么意思
A:
甭从chk读Hessian
直接calcfc
Q:
嗯，好的，可是它是什么意思呢[表情]
是我复制的chk不对吗
A:
大抵chk里的Hessian和你当前计算对应不上
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2016.11.14 22:58:25
Q:
老师，一个分子上，使用Mulliken原子电荷与您提出的ADCH原子电荷差别很大，有的正负号都不一样，这是正常的么？
A:
正常
Q:
我分析弱相互作用，ADCH与MK电荷是不是更合理？
A:
是
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2016.11.14 23:20:29
Q:
CL的，Mulliken电荷是正的，为什么？
因为电荷算得不准吗？
看来基组加了弥散对它的电荷分布估计的有偏差，做法是去掉弥散吗？
A:
mulliken分析绝对不能用弥散函数，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
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2016.11.15 00:00:04
Q:
请教下各位大神，这个配置怎么样？跑个高斯得行不
CPU： E5一2620V3
显卡：索泰GTX1060公板6G
主板：华硕ZIOpA一D8
跑gaussian 要1060干嘛
A:
跑高斯买中高端显卡干嘛
Q:
顺便等结果的时候开一局游戏么
为之后的动力学培训做准备啊
说不定之后要跑MD呢
要跑MD的时候再插个卡不就完了
A:
主板也太老了
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2016.11.15 00:08:42
Q:
请问大家：为什么.fchk文件用chemcraft可以看轨道，但高斯view却没法生成啊
是啊，改过了
[图片]
A:
必须机子里已经装了高斯，否则光有个gview算不了格点数据看不了轨道等值面
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2016.11.15 00:27:59
Q:
结合能在10到30kj/mol是否是普通的弱作用范围？谢谢老师
在multiwfn里面
A:
是
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2016.11.15 00:43:52
Q:
问一下，做计算时对称结构命令有必要选吗，作用是什么？
那对称里面的参数怎么选？
A:
意义不明，没有什么所谓的“对称结构命令”一说
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2016.11.15 00:56:47
Q:
我想请教下为什么在进行CDA分析时两个片段有明显的电子转移 LOL分析也是成键的然而画轨道相互作用图时却没有两个部分共同参与的占据轨道
A:
肯定有，只不过默认画图的能量范围未必合适，默认的连线的规则未必合适，需要恰当调节。
看博文里CH3NH2、COBH3的例子
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2016.11.15 01:00:14
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：Gromacs培训班讲不讲docking？
A:
不讲
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2016.11.15 01:21:06
Q:
大家好，我把MOvalue.cub直接拉入VMD Main窗口，结果什么都没有，哪里出现了错误呢？[图片]
A:
装VMD最新版本。
拉到VMD main窗口，而不是命令行窗口
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2016.11.15 02:01:34
Q:
用了超线程，核数写的时候要翻倍吧
40核的话，就要写80核吧
A:
绝对不要翻倍，不要超过物理核心数木
Q:
请教一下，单机计算的时候，win版本和linux版本速度差异大吗？
A:
64bit gaussian没有限制，32bit限制4核16GB。
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2016.11.15 03:50:03
Q:
我在用ELF判断成键类型的时候，网上有这样一句话：0-0.5是离子键，0.5-0.85非电子局域化为金属键，0.85-1.0电子局域化，为共价键。这句话对吗？
局域化程度？
A:
没那么明确的划分
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2016.11.15 04:20:06
Q:
[图片]那这种蓝色区域就代表是离子键吗
A:
博文里写得很清楚了，结合基本的化学直觉不会在判断上有什么困难的。一层一层是原子壳层特征，看更多的就看群共享里“ELF综述和重要文献小合集”
明显图中氮的冲外一侧有一大块高定域性区域，必然是孤对电子
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2016.11.15 05:11:57
Q:
请问大神们200-300原子的主客体计算一般用什么方法？
一个小分子包在一个大分子里面，两者之间形成非共价作用
我用的B3LYP/6-31G**感觉有点算不动
A:
PM6D3或者PM6D3H4
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.11.15 05:17:14
Q:
[图片]
请帮我看看出错是因为什么原因
A:
末尾多空几行。
去掉该死的scf=maxcyc和多余的test
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
加色散校正根本不影响计算耗时。你说的那叫弥散函数
主客体相互作用研究用B3LYP不加色散校正完全是搞笑
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2016.11.15 07:40:51
Q:
您的意思是开超线程，但是核数还是按物理核数来
A:
y
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2016.11.15 08:12:53
Q:
请问计算过程中怎么释放内存呢？不影响程序的正常进行。
A:
没法释放
内存的使用是程序自己管理的
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2016.11.15 15:35:39
Q:
请问老师，M06-2x/aug-cc-pVTZ 相当于pople基组的哪一个级别？
A:
没有对应的
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2016.11.15 15:39:06
Q:
老师，早上好！有个疑问，大家每天这么多问题来请教您，会不会影响到您的科研进展？
A:
不可能不影响
Q:
那请问您是如何协调的呢
A:
不好说
Q:
这次不能参加您的课程，很遗憾。我推荐了一名同学过来参加培训，希望得到您的亲自指导，还望老师您多多指教。
A:
[表情]
相对最舒服的是学校假期，特别是春节期间，问问题的少，容易集中精力干事
Q:
[表情]
几乎所有问题公社里都应该有..
A:
要是所有人问问题前都至少琢磨几个小时，勤用google，不懒于尝试和翻手册，此群里的问题量能少1/3以上。
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2016.11.15 16:42:43
Q:
[图片]
这个图好形象，大家有知道是什么软件做出来的吗？VMD？
A:
CYLView
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2016.11.15 16:56:02
Q:
老师，过渡态的地方怎么都出现不了虚频，有虚频的只是一个无关的甲基，势能面也已经扫过了。。。怎么解决啊
A:
完整扫过必定能找到合理初猜，扫得不对就是瞎扫，毫无意义
Q:
最好能看一下你的反应是亲核还是亲电，受攻击的位点是什么，反应物与产物之间的差别是键长还是键角，这样扫描才有意义
A:
初猜结构合理必定能找到想要的过渡态
Q:
前六个字对于新手来说无疑是巨大的考验
A:
PS：势能面全扫描+拟合，直接就得到过渡态了
所以用语必须严谨
Q:
确实是新手一枚[表情]
OA：
[表情]如果原子数目不多，当然可以全扫势能面了
Q:
我是固定键长扫的。。。
什么是完整扫[表情]
社长这里说的用语需谨慎是哪里不谨慎呢？
A:
问题不在于这个
没具体体系，不说具体扫什么变量，此时“扫描”这词完全是undefined
Q:
嗯啊
额(⊙o⊙)…
[图片]
[表情]
A:
[图片]
尽量少发无意义的表情
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2016.11.15 17:02:30
Q:
之前固定优化，看了下振动模式是对的，全优化就不对了
不好意思，但是我还是不明白，我的固定优化是对的
可是opt=ts怎么就跑不对了呢
A:
如果确认通过所谓的固定优化得到的过渡态初猜结构的虚频模式正确，减小步长上限再试
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2016.11.15 17:07:22
Q:
请问ELF的值是这里得[图片]呢？还是要乘以前面的isosurface的值呢？
A:
意义不明
不管什么可视化程序，显示格点数据等值面只需一个参数，就是isovalue
乱七八糟的程序的乱七八糟参数看手册弄明白是什么意思
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2016.11.15 17:12:33
Q:
[图片]请问老师，这个阴离子多重态为什么给出3的值而不是5的值
A:
说清楚是什么数据，完全意义不明
M=4、S3都什么意思
Q:
就是优化后CCSD计算单点能
A:
怎么算的你自己当然最清楚
Q:
M自旋多重度
A:
自旋多重度你自己设的是几就是几
按你的意思M=4那成了四重态，哪来的自旋多重度是3或者5
Q:
不是我是别人的数据计算阴离子的值就是VEA的计算需要的值
A:
unanswerable
谁算的问谁啊
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2016.11.15 17:16:27
Q:
[表情]
好的谢谢老师
为何下载VMD需要username and password呢[图片]
恩恩注册就好了
注册一下，没有问题的
A:
[表情]这种问题还用问？
Q:
[表情]
是在不懂
[表情]
A:
英语是体育老师教的
Q:
是的
四六级的单词也足够了
A:
真没高考难
单词不会开着有道之类就完了
Q:
[表情]考完六级之后，发现大博士的手册也可以较为流利地阅读了
读完手册六级能过不[表情]
A:
没有任何联系
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2016.11.15 17:59:29
Q:
老师，我想问一下采用CFOUR计算团簇的DBOC，SCF不收敛的情况，应该采取哪些措施改进呢，谢谢
A:
无非就是换初猜、换基组、改变辅助收敛方法之类，看手册里有哪些能用的
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2016.11.15 18:23:36
Q:
想请教，用福井函数或双描述符预测有机分子的活性部位，是准确？基本准确，基本不准确，不准确？
A:
只要使用合理，加上结合基本的化学常识，多数情况准确
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2016.11.15 18:40:50
Q:
老师，我都是按您这个帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462，为什么我只能做到一个相位的轨道图，做不出帖子中正负相位的图，求解！[图片][图片][图片]
A:
你现在有两个isosurface显示方式的representation，把isovalue一个设正值一个设负值
Q:
意思是说isovalue一个设-0.03，另外一个设0.03
[图片]
终于画出来了
A:
恭喜从此摆脱靠gview画轨道
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2016.11.15 19:22:36
Q:
The PM3 method was chosen because it gives the correct orientation for the water dimer
是这样吗？
A:
勉强
Q:
ＰＭ６会不会好一点？
A:
现在还用这种说法肯定被喷
Q:
确实是一篇老文献同。
A:
半斤八两。
加色散校正会好得多
或者PM7也行
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2016.11.15 20:54:15
Q:
老师，我读了您写的博文谈谈gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用。如果在gaussian中一开始把体系对称性判断为C1，几何构型优化能收敛到稳定结构。这与一开始将体系判断为高阶点群的计算相比，除了不能利用对称性加速，还会造成其他非常大的影响吗？
A:
一开始判断成C1，优化到最后虽然已经收敛到实际对称性了，但是往往还是会有一点数值误差，导致最后一步时还是满足不了判断为实际点群的标准
点群判断不出来，导致无法输出不可约表示，并且计算热力学量的转动部分贡献时候可能不准
Q:
老师，我进行了一些计算，开始时未考虑到对称性设置的问题。优化后发现结构大致合理，只使用电子能量计算相互作用能及electron affinity，以及绘制电子密度差图、计算原子电荷。师兄需要数据来支撑实验，不知道这些结果还可以使用吗？
A:
可以
Q:
谢谢老师回复。根据博文的意思，如果使用nosymm关键词，gaussian会将初始点群都判断为C1，我这样理解对吗？
A:
你这么理解问题不大
Q:
难道不是吗？
A:
nosymm不摆到标准朝向
而默认情况下即便体系只有C1，还是会被摆到标准朝向
Q:
nosymm除了不摆标准朝向以外，不是还有禁止使用对称性的功能吗
A:
而且，即便靠nosymm来当成C1，热力学数据计算时候程序还是会判断一下点群以使用正确的转动对称数
Q:
[表情]太深奥了
A:
是禁止使用对称性
Q:
禁止使用对称性不就是意味着所有的对称性都变成了C1？
A:
前面说了，nosymm还有额外功效
就是对标准朝影响问题
不利用对称性和对称性本身是C1
二者从语义和程序角度是明显不等价的
Q:
那的确是不同的
例如Cs对称性，不利用对称性，使用C1进行计算，但是判断还是Cs对称性，可以这么理解吗
A:
结构是Cs，用了nosymm，将不会被摆成标准朝向，不会输出不可约表示。但是转动对称数判断时候还会判断成Cs，而且做优化什么的，往往还是会被限制在Cs。
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2016.11.15 20:58:14
Q:
请教社长一个问题，我八核的台式window系统，这几天用multiwfn计算静电势图，总是计算一会自动关机，更换最新版本或者将系统切换为安全模式问题依然存在，计算其他东西，不出现这样的问题
是计算量过大的问题吗？
A:
机子不稳定
Q:
用linux版的怎么样
A:
8成是硬件问题
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2016.11.15 22:05:49
Q:
请问各位大侠在计算铜的有机配合物时基组采用组合基组SDD（Cu）和CHON元素(6-31G**)是否合适，因为SDD是赝势，相当于pople系列的多大的基组？
A:
合适
Q:
谢谢sob老师，还请教一下，就是SDD的大小和 CHON元素(6-31G**) 匹配，还是和CHON(6-31+G**) 更匹配？ CHON(6-31G**)是否太小？组合基组内部几种基组之间的匹配问题，我一直有些迷惑？
A:
没特殊必要甭加弥散
小不小看你要求的精度和计算能力
匹配问题没你想象得那么重要
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2016.11.15 22:30:18
Q:
老师在安利hyperchem。。。
图形化做的好彻底。。。
这个是什么软件呀？
OA:
量化软件
Q:
图形化做的比较好？
OA:
是的
Q:
话说图形化编程好实现吗？
A:
一个过时的量化程序
主要适合本科计算化学教学
Q:
手册2200多页。。。我也是看醉了
hyperchem建模和gview比哪个好用点
hyperchem。。好古老的回忆
A:
gview
Q:
嗯嗯
A:
szabo那本书的年代就已经有了
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2016.11.15 23:11:54
Q:
老师，我用CFOUR计算DBOC的时候，更换基组从EMSL导出的格式用gaussian09的行吗，没有看到和CFOUR直接相对应的格式
A:
看手册弄清楚CFOUR自定义基组的格式，自行把EMSL里其它程序格式的转换
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2016.11.15 23:11:57
Q:
VMD图片怎么保存直接截图吗
A:
看1.4节 http://sobereva.com/291
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2016.11.15 23:32:55
Q:
[图片]
[图片]
老师，我算激发态出现不对称提示错误之类的，我查了一下说加td=direct就可以了，但是试起来需要时间太多，老师能不能指点一下
[图片]
A:
如果不是E.01换E.01再试
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2016.11.15 23:50:54
Q:
羰基Ｃ在gaff力场里的原子类型叫什么名字？　哪位知道呀。
A:
看gaff.dat，就是c
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2016.11.15 23:52:34
Q:
[图片]大家谁做dft有没有遇到这种错误啊？
A:
看具体关键词
和结构没有必然性
Q:
具体关键词是： bp86/gen pseudo=read scfcon=5 scfcyc=300 SCRF=(SMD,Solvent=generic,read,externaliteration,pcm)@Sobereva老师
A:
乱写关键词
Q:
帮人问的[表情]，说是这个命令做别的结构单点都收敛了。。
A:
bp86/genecp SCRF(SMD,Solvent=xxx,read)就完了
SMD没法从头重新定义新的溶剂，只能调eps/epsinf
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
收敛能说明什么，不要以为不报错结果就有意义
不懂的关键词别乱用
收敛限哪能用那么低，明白着不想得到准确结果
PCM和SMD哪能写一块
外迭代都不懂什么意思就写，此处毫无意义
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
Sob老师，您好！向您请教一个问题，我现在要算一个反应的反应自由能随酸的变化情况（不同的酸和酸度不同都可以用不同介电常数来表示）[图片]我找到常用算的数据算得上图，分别为HI,HBr,HCL，water和HF。现在这些数据不足以得出一个很好的结论，现想多做几个点来进一步分析下，但是如果我去不同的介电常数来自定义溶剂时，可能会与某些物质的
介电常数重合，可能就不能代表这样的溶剂是酸了，然后我就不知道怎么进一步操作了。请问我该怎么操作能得到我想要的反应自由能随酸的不同（也就是介电常数不同）的数据。谢谢！
A:
298那个贴错了，是这个：
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
隐式溶剂模型只能体现介电常数不同（非极性部分对此问题可忽略），根本没法直接体现酸度。另外IEFPCM可以体现离子强度
Q:
那我直接自定义溶剂时，用不同的介电常数来算是不正确的吧
A:
你先弄清楚隐式溶剂模型的原理，以及酸度从本质上是如何影响你当前考察的反应的，然后再考虑如何恰当体现，或者是否从量化角度就根本没法考察这个问题
Q:
恩，好的。谢谢Sob老师
我看了一篇文献，上面是这样处理的
A:
要有自己的判断力
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2016.11.16 00:22:54
Q:
老师，您好！我们前几天报名的初级班的信息和报账所需的材料有变更，我们能否和相关人员私聊一下呀？
A:
联系群里的卖萌君
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2016.11.16 00:30:54
Q:
老师，您好。请教个问题，高斯MP2方法优化IBr用什么基组好，我用6-311G*会报错，说是不在基组范围内，但查了I元素是可以用6-311G*的。
A:
I根本不能用6-311G*
用def2-TZVP
----------------------------------------------------
2016.11.16 00:41:12
Q:
老师，我两个铁和一个砷的配合物优化，用m062x/def2-TZVP合理吗？谢谢
A:
甭用M06-2X
能不能用得动def2-TZVP看机子
优化目的6-311G**结合lanl2TZ(f)或SDD就够
----------------------------------------------------
2016.11.16 00:44:05
Q:
绝对不要翻倍，不要超过物理核心数木
这里指的是高斯等程序在Linux上并行计算时，并行核数不要超过物理CPU个数与每个物理CPU中的核数的乘积吗？
A:
应该说不超过CPU个数*每个CPU的物理核心数
----------------------------------------------------
2016.11.16 00:45:14
Q:
老师！请问如何算一个有机化合物的氧化还原电势？
A:
算氧化还原过程自由能变
Q:
计算频率输出的自由能
A:
综述看
Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 15068--15106
自由能计算看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.11.16 01:32:02
Q:
过渡态键长一般是普通键长的１.１倍？
A:
具体看情况，但如果是指要断裂的键的话，一般比1.1要长很多
1.3、1.4倍这样的更多见
----------------------------------------------------
2016.11.16 01:46:55
Q:
社长，td=direct这个是干嘛用的啊？怎么手册上没有
A:
根本没用
有些人瞎写
Q:
我就说官网的手册上都找不到
A:
CIS才允许选择怎么处理MO积分，而TD只有direct这一种，根本没有选择余地
----------------------------------------------------
2016.11.16 02:14:50
Q:
老师，gaussiab生成的chk文件怎么以文本形式打开？
OA:
gaussiab是个是么东西
Q:
gaussian
OA:
chk文件转成fchk才能打开吧
Q:
以文本形式怎么打开
OA:
ultraedit
Q:
打开乱码
OA:
chk是二进制记录的啊，打开乱码不正常么
Q:
打开fchk也乱码
OA:
转错了、开错了
那就是你的问题了，我打开fchk正常，但是如果你是linux下的fchk拿到win下可能要转换
A:
别是直接就改了个后缀...
Q:
不需要
OA:
hhhhh这么一说有可能
Q:
不会吧
所以windows下算g09得到的chk文件也是二进制文件么？
反正我从linux下拿过来的可以直接开
A:
不是没有可能，我见过的世面多了
Q:
chk都是
奥，多谢
OA:
没问什么是扩展名就很感动了
Q:
这么夸张。你们确实见得多
OA:
改变扩展名，win不显示扩展名，于是改成了形如 haha.gjf.log 的文件见得多了。。。
这就过分了
A:
有个人，要得到+1电荷态的fch文件，于是就直接把中性状态的fch文件里的电荷改了一下
Q:
竟然会用文本编辑器打开fchk
sob老师，再弱弱地问一句fch和fchk的区别
娃娃坑我，我查了个把小时手册
A:
没区别
Q:
fchk是linux下用formchk命令生成的，而fch是在windows下用formchk命令生成的，可以这么认为么？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.16 02:57:22
Q:
我是想问下优化这种小分子啥方法更准一些
A:
CBS-APNO、G4
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2016.11.16 03:07:08
Q:
harris泛函能在材料计算中用吗？精度，速度如何？在材料计算中哪个泛函速度比较快
A:
具体来说其实不是泛函，而是一种做法，是把总密度写为事先算好的片段密度的叠加，然后给出了基于这个近似总密度对应的体系能量。所以结果好坏也看具体用的交换-相关泛函
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2016.11.16 03:31:36
Q:
哪位大神能够详细说明一下用计算频率的输出文件计算氧化还原电势！不胜感激！
正在尝试换高斯03计算，看能不能输出
我的计算方法对不对：气相自由能差+溶剂化自由能差=-nFE
A:
仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
字号不要超过12！
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2016.11.16 03:49:11
Q:
Ghosh-Berkowitz-Parr entropy如何用Multiwfn计算?
A:
对应自定义函数53，看手册2.7节。具体怎么算怎么操作取决于你打算以什么形式考察
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2016.11.16 04:00:28
Q:
请问计算chelpg电荷的时候，Zn的半径设为多少比较合适，我从网上查了一下，有设为1.39 或者1.4的，这两个只是不是都可以，谢谢！
A:
用有任意性。文中说清楚就行。1.4太小
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2016.11.16 04:07:02
Q:
12月3号的初级量子化学培训班还有名额吗？@Sobereva
A:
还有几个名额
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2016.11.16 04:14:44
Q:
[图片]文献使用tpssh、6-311+g**计算的，请问NICS计算结果是需要在tpssh、6-311+g** opt TMS基础上nmr计算，两者差值就是文献中的NICS 还是TMS是一个定值（比如可以查阅资料）
tpssh 6-311+g** 文献的方法
[图片]
[图片]
[图片]
坐标使用的文献给出的
[图片]
文献附加信息就是这个
[图片]
A:
算化学位移才用得着TMS作参考，算NICS和TMS毫无关系
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2016.11.16 04:34:06
Q:
老师，过渡态前的复合物的单点能是不是有可能比过渡态高，但自由能比过渡态的低呢？
A:
你搞反了。复合物的单点能一定比过渡态低，自由能才可能高
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2016.11.16 05:46:21
Q:
弱弱的问高斯轨道是只有S型，px，py,pz四种嘛
话说d轨道f轨道也是用这些表示嘛
OA:
对啊d f什么的也是有高斯基组不
Q:
老师基组一般加入极化说的d轨道P轨道也是高斯型函数吧，不是传统的原子轨道
OA:
对啊那此时的轨道是高斯轨道线下组合得到的轨道还是斯莱特线性组合原子轨道
A:
你先看看群共享里基组入门资料小合集，正确弄懂基础，别看其它乱七八糟的
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2016.11.16 05:50:54
Q:
谁能给一个NBO steric分析的帖子谢谢啊
我还是没懂位阻效应具体的定量计算然后搜到了一个 steric分析过来问问
A:
没NBO steric的帖子，手册里有例子，这里有原理说明
NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2016.11.16 06:51:58
Q:
老师 NBO是用来干什么的，测试什么性质的？
A:
NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2016.11.16 07:32:04
Q:
请问，啥叫United Atom Model？
能不能通俗说说
A:
诸如甲基当做一个点来考虑，以节省时间。某种意义上算是最低层的粗粒化
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2016.11.16 16:07:33
Q:
量化计算能预测一种有机化合物的沸点吗？
A:
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337
Q:
哈哈，太感谢了。
有一种分子，常温下是固定，熔点是２００度，它的沸点至少在多少以上呀？
至少应该在５００度以上，对吗？
A:
可以找本化学数据手册，对照沸点和熔点数据看看有没有这规律
Q:
/擦汗从液体变成气体的临界温度成为沸点，所以固体哪来的沸点？
A:
诸如萘，常温是固体，熔点80.5℃，沸点217.9℃
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2016.11.16 16:11:00
Q:
[图片]怎么扩展显示范围？
A:
把图关了之后用相应选项调节坐标刻度范围
Q:
[图片]
sob老师，第几个？
A:
3
Q:
搞定了，多谢。在学习你计算NMR的帖子，感觉靠谱。我学习NMR有20+年了，第一见到如此好贴，膜拜了。
NMR的那个帖子？
A:
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
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2016.11.16 16:43:44
Q:
高斯的harris泛函初猜用的哪个泛函呢
A:
应该是当前你选择的泛函
泛函选择不同，给出的初始harris能量也不同
Q:
嗯嗯。
如果是HF做呢
如果是用HF呢
A:
也许忽略了交换相关项吧，没深究
Q:
会不会是原子密度矩阵叠加
A:
其实所谓的harris泛函做初猜，和原子密度叠加我看也没什么本质区别
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2016.11.16 16:57:46
Q:
sob老师，scf不收敛，后期发生显著震荡，我已经按照您的博文用了scf=novaracc，noincfock，ndamp=50,int=grid=500590。请问此时该如何做比较有效呢
A:
没有万能的办法，需要试
ndamp一般没什么用
int=grid设那么大也没意义
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2016.11.16 16:59:34
Q:
gauss能加电场吗
A:
能
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2016.11.16 17:05:09
Q:
老师，产物几何结构优化完是4个YES，但做频率的时候，没有虚频，却出现了两个NO，这是怎么回事？[图片]
会不会是势能面太柔缓？
A:
是
Q:
那就是说位移出现两个NO也没事，是吗？
A:
看情况，看目的
这和极小点频率又没关系
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2016.11.16 17:06:02
Q:
大博士，OPT=tight+int=ultrafine之后出现这种情况
A:
如果OPT=tight int=ultrafine没用过就用，如果用过了都这样只有calcall
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2016.11.16 17:27:30
Q:
发现新安装的ADF需要修改机器时间，但是机器时间修改后浏览器又费了，请教各位，这个问题怎么破啊?[图片]
[原创表情]
[图片]
A:
换浏览器或者甭用百毒
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2016.11.16 17:55:18
Q:
我计算了反应 HClO+Br- →HBrO + Cl- 反应的每个物质的吉布斯自由能，然后做爱得到反应的标准摩尔吉布斯自由能，这个值是＞0的，说明该反应不可发生，但是按常理说，HClO的氧化性比HBrO的大，应该可以把他氧化，可是为什么不对？我计算吉布斯自由能的时候用了opt+freq CCSD 6-311+g(dp)的方法，应该精度很好了，怎么还不对
[图片][图片]
A:
级别太恶心，用G4算
Q:
CCSD都上了，基组怎么这么小
A:
这么点体系还不带(T)哪行
而且频率怎么能用CCSD来算，比起B3LYP结合频率校正因子一点好处没有
而且吉布斯热校正量怎么能用CCSD来算，比起B3LYP结合频率校正因子一点好处没有
Q:
[表情]基础知识没有掌握
A:
这点体系直接上jul-cc-pVTZ
Q:
大博士，把那张贴着粗鄙之人的幻灯片贴上吧
老师，我也想问下，我算的是PCB-OH与O2的反应，这个吉布斯自由能用什么基组好啊
PCB是什么
A:
小体系一律用热力学组合方法
没充分的前提没法说用什么基组
Q:
也是判断反应是否能够发生，计算吉布斯自由能变
G4绝对没问题了
A:
不说机子好坏，不说体系大小，这怎么说
直接说单点用CCSD(T)/aug-cc-pVQZ还得了
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