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标题: GROMACS分子动力学模拟性能的问题 [打印本页]

作者
Author: AlexTaylor 时间: 2025-10-15 11:03
标题: GROMACS分子动力学模拟性能的问题
再服务器中运行，cpu是Intel(R) Xeon(R) Platinum 8490H，gpu是H100，蛋白质有6000多原子，分子动力学模拟命令行是：gmx mdrun -deffnm md -v -nb gpu -pme gpu -bonded gpu -ntmpi 1 -ntomp 48 -gpu_id 0，为什么一天只能模拟124ns：

            Core t (s) Wall t (s)       (%)
   Time:  3334360.247 69465.864    4800.0
                     19h17:45
               (ns/day) (hour/ns)
Performance:    124.378       0.193

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-15 20:49
信息不充分。通常模拟蛋白质都要加显式水，水的总原子数远多于蛋白质本身。而且也没个mdp，没计算细节根本没法评论速度

当前用的命令本身并无问题

作者
Author: AlexTaylor 时间: 2025-10-17 10:59

sobereva 发表于 2025-10-15 20:49
信息不充分。通常模拟蛋白质都要加显式水，水的总原子数远多于蛋白质本身。而且也没个mdp，没计算细节根本 ...

感谢大佬回复消息，体系中水数目为262371，远远多于蛋白质本身。md阶段mdp文件内容如下：
; Run control
integrator             = md
dt                   = 0.002
nsteps                = 25000000
comm-mode             = Linear
nstcomm                = 100
comm-grps             = Protein Non-Protein

; Output control
nstxout                = 0
nstvout                = 0
nstfout                = 0
nstxout-compressed    = 10000
compressed-x-precision  = 1000
compressed-x-grps    = System
nstenergy             = 10000
nstlog                = 10000
nstcalcenergy          = 1000

; Neighbor searching
cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 40
rlist                = 1.3
rvdw                   = 1.2
coulombtype          = PME
rcoulomb             = 1.2
fourierspacing       = 0.14
pme-order             = 4
ewald-rtol             = 1e-5

; Temperature coupling
tcoupl                = nose-hoover
tc-grps                = Protein Non-Protein
tau_t                = 1.0 1.0
ref_t                = 310 310

; Pressure coupling
pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype             = isotropic
tau_p                = 2.0
ref_p                = 1.0
compressibility       = 4.5e-5

; Velocity generation
gen_vel                = no

; Bonds
constraints          = all-bonds
constraint_algorithm = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4

; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz

; Dispersion correction
DispCorr             = EnerPres

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-17 16:32

AlexTaylor 发表于 2025-10-17 10:59
感谢大佬回复消息，体系中水数目为262371，远远多于蛋白质本身。md阶段mdp文件内容如下：
; Run control ...

体系都差不多80万原子了，还指望能跑多快

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