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标题: 如何利用 Gaussian 计算小体积分子的静电势 [打印本页]

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-10-15 12:17
标题: 如何利用 Gaussian 计算小体积分子的静电势
本帖最后由 sarphuart 于 2025-10-15 19:57 编辑

各位老师好，我想模拟三个质子化氨基和有机分子在伸展状态和卷缩状态（不同分子体积）的一个静电势，但有一个问题，使用 Gaussian 进行 opt+freq 之后，原先构象都会由初始建模的卷缩（小体积），变成最后的舒展状态（大体积）。而我需要伸展和卷缩状态的静电势对比。除了手动卷缩初始结构，还做过简单的构象搜索，没有匹配出三个质子化氨基的构象，请问各位老师有什么好办法能够保持卷缩分子的小体积，又很较好地计算出分子的静电势?

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-15 13:04
freq不要写成fre
只有构象搜索，没有“构象检索”一词
位阻作用、静电互斥，自然会导致分子自发伸展开，非要计算一个根本不存在的蜷缩的构象毫无意义。非要优化这种只能用限制性优化，看
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-10-15 17:46

sobereva 发表于 2025-10-15 13:04
freq不要写成fre
只有构象搜索，没有“构象检索”一词
位阻作用、静电互斥，自然会导致分子自发伸展开， ...

好的，谢谢老师，以后会注意，我去试试限制性优化

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