计算化学公社

标题: 如何在gromacs中模拟无机材料,体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石) [打印本页]

作者
Author:
wanwen    时间: 2025-10-15 14:11
标题: 如何在gromacs中模拟无机材料,体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)
卢老师,你好,我的体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)上,用Gromacs进行模拟,我的多肽能够单独正常模拟,而HAP在单独模拟的时候,显示电荷是好几百个,请问老师这种初始构象合理?是不是因为这个电荷的问题导致我能量最小化都没能成功?我是通过MS软件切面扩胞得到的HAP,我应该在切面的时候就要保证电荷为0吗?请老师指教,
作者
Author:
北大-陶豫    时间: 2025-10-15 14:35
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

作者
Author:
wanwen    时间: 2025-10-15 15:53
北大-陶豫 发表于 2025-10-15 14:35
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=9348&fromuid=1 ...

好的谢谢老师,现在可以了吗
作者
Author:
sobereva    时间: 2025-10-15 20:36
“显示电荷是好几百个” 要么拓扑文件里原子电荷定义不对,要么没加抗衡离子,跟构象毫无关系。grompp后看到净电荷不对就根本不该往后做,否则都是白费时间




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3