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标题: 如何在gromacs中模拟无机材料，体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石) [打印本页]

作者
Author: wanwen 时间: 2025-10-15 14:11
标题: 如何在gromacs中模拟无机材料，体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)
卢老师，你好，我的体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)上，用Gromacs进行模拟，我的多肽能够单独正常模拟，而HAP在单独模拟的时候，显示电荷是好几百个，请问老师这种初始构象合理？是不是因为这个电荷的问题导致我能量最小化都没能成功？我是通过MS软件切面扩胞得到的HAP,我应该在切面的时候就要保证电荷为0吗？请老师指教，

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-10-15 14:35
发帖时务必注意恰当填写标题！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: wanwen 时间: 2025-10-15 15:53

北大-陶豫发表于 2025-10-15 14:35
发帖时务必注意恰当填写标题！！！
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好的谢谢老师，现在可以了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-15 20:36
“显示电荷是好几百个” 要么拓扑文件里原子电荷定义不对，要么没加抗衡离子，跟构象毫无关系。grompp后看到净电荷不对就根本不该往后做，否则都是白费时间

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