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标题: well-tempered metadynamics方法的使用技巧问题 [打印本页]

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Author: JCenter 时间: 2025-10-15 22:47
标题: well-tempered metadynamics方法的使用技巧问题
本帖最后由 JCenter 于 2025-10-15 22:48 编辑

请教下公社里研究过metadynamics的各位大佬一个问题：在通过plumed程序使用well tempered metadynamics时，一般添加偏置势后的自由能垒被压缩至F(S)/gamma(gamma为偏置因子）。通常是希望在1个热涨落的能量KBT下跨越能垒。因此，gamma=F(s)/(kBT)。对于未知能垒的情况，只能不断调整偏置因子。一般是先使用很大的偏置因子用于快速探索，（收敛很慢）。在探索后，确定待研究的大致能垒，重新设置合适的偏置因子用于精细的填充和收敛，再重新跑增强采样MD。这个过程对于化学反应成键/断键而言，PLUMED结合使用FPMD或者BOMD相当耗费时间。这里，我就有了疑问（前提CV设置合理）：
1.如果初期设置的偏置因子不合适，比如过小（导致长时间未看到反应物与产物的多次转换）或者过大（已经探索到了形貌，但是由于初始峰高设置在1个KBT,导致添加的偏置势后期还是很大，自由能面会很不平滑，也未收敛）的情况下，跑了很久的FPMD(100-200ps)添加了很多次偏置势的过程又不想浪费，再重新跑。这个时候更改和调整偏置因子的大小（比如从A值调成了B值）用于续跑，是否可以呢。
2.如果可行，那最终plumed计算出来的自由能面应该算是偏置因子B对应的自由能图吗？（主要是我没理解和不确定：不同偏置因子值跑出来的自由能图是否都一样）
还请大佬们发表下看法

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