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标题: ONIOM体系基于IRC结果优化中间体结构，但得到了接近产物结构 [打印本页]

作者
Author: gsd 时间: 2025-10-16 18:56
标题: ONIOM体系基于IRC结果优化中间体结构，但得到了接近产物结构
本帖最后由 gsd 于 2025-10-16 19:12 编辑

各位大佬，我在优化中间体结构（ONIOM体系）时遇到以下问题：

计算的是一个P450酶环氧化双键的反应，预期氧自由基进攻双键后会形成一个自由基/碳正离子中间体；
用gaussian16计算了过渡态向中间体方向的IRC曲线，IRC计算未达所设定的最大步数但正常结束，最后一步结构是符合预期的类似中间体的结构。
后续使用irc最后一步结构做初猜进一步做几何优化，但在优化中，中间体结构发生了变形，接近预期的产物结构，无法获得中间体结构。

我使用的irc参数：
#p irc=(calcfc,maxpoints=100,recorrect=never,forward) oniom(b3lyp/def2svp em=gd3bj:amber=hardfirst)
多重度及电荷设置：1 4 0 4 0 4

使用的中间体几何优化参数：
#p opt=(calcfc,maxstep=5) oniom(b3lyp/def2svp em=gd3bj:amber=hardfirst)
多重度及电荷设置：1 4 0 4 0 4

想请问下：
1. IRC计算未达最大步数而直接结束，那么可否跳过几何优化步骤，直接使用irc最后一步结构计算频率和单点能？
2. 如果需要进行几何优化，那么怎样可以使结构保持在中间体构象而非形成产物？
3. 之前因其它IRC任务问题咨询高斯官方如何调整关键词，回复中有建议我用recorrect=never代替lqa，认为这比lqa更准确，请问这会影响IRC计算结果吗？（比如预期的中间体在我的体系中不存在但IRC曲线没有体现出来）。

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-10-16 19:14
截图只显示QM部分，MM部分隐藏了？整体是+1电荷，4重态吗？

作者
Author: gsd 时间: 2025-10-16 20:33
本帖最后由 gsd 于 2025-10-16 20:40 编辑

lanthanum 发表于 2025-10-16 19:14
截图只显示QM部分，MM部分隐藏了？整体是+1电荷，4重态吗？

是的，老师，MM部分是一整个蛋白，太大了图片不好放（开始接触时查的文献太少以为别人都做这么大的）；
整体+1个电荷，ONIOM高层电荷中和，净电荷为0，自旋多重度4，自旋多重度2下IRC只能跑3步，拿不到中间体结构，手动调整初猜也是直接优化到产物；
目前觉得这个中间体在自旋多重度4下优化出来的可能性大一点，所以先做了自旋多重度4。

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-10-16 23:38

gsd 发表于 2025-10-16 20:33
是的，老师，MM部分是一整个蛋白，太大了图片不好放（开始接触时查的文献太少以为别人都做这么大的）；
...

（1）试试簇模型。
（2）怀疑电荷和/或自旋多重度有问题，请把输入文件上传吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-17 03:54
1 绝对不能
2 如果用较小步长上限也优化不出来中间体，说明在当前级别的势能面上就是不存在中间体
3 “recorrect=never代替lqa，认为这比lqa更准确” 我持否定态度。这比用LQA更槽

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