计算化学公社

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作者
Author: yy呀 时间: 2025-10-16 19:46
标题: 请管理员删除
本帖最后由 yy呀于 2025-10-30 22:09 编辑

请管理员删除

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-17 03:55
直接提供输入文件、轨迹文件

作者
Author: yy呀 时间: 2025-10-18 09:27
本帖最后由 yy呀于 2025-10-30 22:09 编辑

老师，这是加入底物之后，我又尝试跑的输入和轨迹文件，还是出现了同样问题。麻烦老师帮忙看一下该如何解决

作者
Author: yy呀 时间: 2025-10-21 17:09

sobereva 发表于 2025-10-17 03:55
直接提供输入文件、轨迹文件

已提供，麻烦老师帮忙看一下该如何解决

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-21 22:01
关于坍塌，这是柔性体系，本来就该这样。倘若你的结构是从晶体里抠出来的，没了晶体环境的束缚，当然晶体中的结构形态维持不住
至于异常断键、出现诸如这种恶心结构，应当是GFN0-xTB太糙。改用更便宜的GFN-FF可能还更好
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作者
Author: yy呀 时间: 2025-10-22 10:51

sobereva 发表于 2025-10-21 22:01
关于坍塌，这是柔性体系，本来就该这样。倘若你的结构是从晶体里抠出来的，没了晶体环境的束缚，当然晶体中 ...

好的，谢谢sob老师，我再调整一下试试

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