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标题: 求助：gromacs如何分析小分子在基底的覆盖面积比 [打印本页]

作者
Author: Lisy 时间: 2025-10-17 10:43
标题: 求助：gromacs如何分析小分子在基底的覆盖面积比
我用gromacs模拟小分子在基底上的沉积过程，随着模拟的进行，有越来越多的小分子会在基底上进行吸附，请问如何计算吸附在基底上的小分子的面积占基底总面积的多少呢（这是不是其实就是覆盖率的计算）？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-17 17:50
有不同计算方法，并且也看具体怎么吸附的
比如如果根据表面原子被覆盖数目百分比判断，可以用VMD判断附近比如2埃内有被吸附分子的原子的基底原子数目，除以总表面数目可知覆盖度

还可以参考下文举一反三
利用photoshop计算晶体表面孔洞面积
http://sobereva.com/510（http://bbs.keinsci.com/thread-14420-1-1.html）

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