计算化学公社

标题: 跑完md后，轨迹文件中锂离子只是振动没有发生迁移 [打印本页]

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Author: Wxh18130507355 时间: 2025-10-17 10:51
标题: 跑完md后，轨迹文件中锂离子只是振动没有发生迁移
sob老师及各位大佬好，在使用gromacs对电解液模型跑分子动力学时遇到一个问题，恳请解答一下！电解液包含有4710个原子（其中包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子），建模时将锂盐分子是整体投入到盒子里的，没有拆分开（使用的packmol）在跑完md后使用VMD观察轨迹文件，发现锂离子好像只是保持原位置附近振动，并没有发生迁移，不知道这是什么原因导致的，前面建模以及拟电荷我都是按照sob老师的教程来的，应该是没问题的，能量最小化只是消除不合理结构，也是达到比较高的收敛标准的，按理来说应该也是没问题的，是我的预平衡、md产生相阶段的mdp文件参数设置不对吗？后来我考虑到我在预平衡阶段没有打开gen_vel初速度的设置，改成gen_vel = yes后发现结果变化不大，仍然保持在同一个数量级。能量最小化、预平衡、md产生相三个阶段使用的mdp文件如下，恳求得到各位老师的指点！

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Author: sobereva 时间: 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用，都可能导致Li+更容易动起来

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Author: Wxh18130507355 时间: 2025-10-20 10:07

sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

感谢sob老师的回复!

这个md阶段我跑的是NVT系综，只是参数文件的名称没有改成NVT，好滴老师，我按照您说的试一下！

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Author: Wxh18130507355 时间: 2025-10-20 10:11

sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

请问sob老师，这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小化之前进行吗？还是说在跑完能量最小化之后，在跑NPT预平衡之前进行改系数也可以？

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Author: sobereva 时间: 2025-10-20 18:42

Wxh18130507355 发表于 2025-10-20 10:11
请问sob老师，这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小 ...

无所谓

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-10-20 19:32

sobereva 发表于 2025-10-20 18:42
无所谓

好滴，谢谢sob老师！

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