计算化学公社

标题: 如何续算因为停电中止的gromacs运算 [打印本页]

作者
Author: soyolalla 时间: 2025-10-17 13:52
标题: 如何续算因为停电中止的gromacs运算
本帖最后由 soyolalla 于 2025-10-17 13:55 编辑

老师们，我刚入门计算化学，目前我在服务器上进行模拟，当前任务进行了15天，但过几天要停电，导致我任务没法进行了，我想问问老师们我只能重新开始从npt进行模拟吗，因为还没有出现模拟之后的gro文件，只有轨迹文件，想问问有没有别的方法不重新跑啊，谢谢老师

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-17 14:36
目录下面没有cpt文件？
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-mdrun.html
“A simulation can be continued by reading the full state from file with option -cpi.”

作者
Author: soyolalla 时间: 2025-10-17 16:00
本帖最后由 soyolalla 于 2025-10-17 16:08 编辑

KazusaT 发表于 2025-10-17 14:36
目录下面没有cpt文件？
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-mdrun.html
“A simulation ...

有的老师，我直接在停电前下掉任务，之后想运行的话直接输gmx mdrun -s li.tpr -cpi -li.cpt -v -deffnm li可以吗

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-17 17:13

soyolalla 发表于 2025-10-17 16:00
有的老师，我直接在停电前下掉任务，之后想运行的话直接输gmx mdrun -s li.tpr -cpi -li.cpt -v -deffnm ...

可以 gromacs可以随时ctrl C，很方便
但应该是-cpi li.cpt，没有那个多余的-

作者
Author: soyolalla 时间: 2025-10-18 10:59
本帖最后由 soyolalla 于 2025-10-18 16:08 编辑

KazusaT 发表于 2025-10-17 17:13
可以 gromacs可以随时ctrl C，很方便
但应该是-cpi li.cpt，没有那个多余的-

好的谢谢老师

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