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标题: QM cluster方法研究酶催化机理，有无必要定义混合溶剂化 [打印本页]

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Author: Chenxi 时间: 2025-10-17 20:39
标题: QM cluster方法研究酶催化机理，有无必要定义混合溶剂化
最近在用QM cluster方法研究酶催化反应机理，在溶剂化的设置上遇到了一点疑问。
因为反应体系里是水占主要，然后还有一定量的DMSO有机溶剂，体积分数在5%左右，想请教一下在这样的反应体系里优化簇的构象有无做混合溶剂化的必要。
纠结的点在于：
尽管混合溶剂化可能更接近真实反应环境，但是对于从酶活性位点抠出的团簇，或许酶微环境对活性位点的影响会更大，在溶剂的设置上太精细可能恰好忽略了簇周围被当做环境的酶的影响。

此外：
如果不做混合溶剂化，参考文献上采用QM cluster研究酶催的文献，一般都是用SMD的溶剂模型，设置eps=4或5.6（可能还有其他值但跟我体系相近的常见的是这两个），想问一下对于QM cluster计算而言，eps值一般基于什么来选定？

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Author: Huschein 时间: 2025-10-19 06:04
基本上你加什么溶剂都没有很好的复现性除非你直接上QMMM，但是毕竟都用cluster了业内的共识就是套一层溶剂模型至于是什么溶剂其实并不重要你只要能找到文献支持即可我见过氯苯氯仿 DMSO 环丙烷等各种隐式溶剂模型，说到底还是这个方法的近似是有欠缺的，所以不必太纠结，写文章引上该引用的文献即可

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Author: Chenxi 时间: 2025-10-20 09:14

Huschein 发表于 2025-10-19 06:04
基本上你加什么溶剂都没有很好的复现性除非你直接上QMMM，但是毕竟都用cluster了业内的共识就是套一层溶 ...

确实, 我在调研文献的过程中发现QM cluster在溶剂的设置上都比较随意，无论是隐式溶剂模型，还是活性位点里显式水的设置。感谢前辈的解答！

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