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标题: 关于做复合物的分子动力学模拟的resp2电荷的计算的问题 [打印本页]

作者
Author: wang011127 时间: 2025-10-17 23:23
标题: 关于做复合物的分子动力学模拟的resp2电荷的计算的问题
目前在做复合物的分子动力学模拟，关于小分子resp2电荷的计算有一些问题：
1. 小分子先和蛋白docking得到一个初始复合物结构，后续resp2电荷是用复合物里面的小分子构象直接freq计算chk还是应该将小分子用gaussian结构优化后再去做freq？以及在做opt前是否应该进行构象搜索？（我倾向于应该优化后去进行freq）
2. q_RESP2(0.5) = 0.5*q_gas + 0.5*q_solv 请问在酶体系中solv应该选择水还是应该使用能够模拟酶的乙醚（因为看到一些文献中在使用簇模型计算能量时会用醚作为隐式溶剂）

希望大家可以解答，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-18 04:17
1 看下文末尾的讨论
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

2 RESP2(0.5)电荷的出发点完全不是用于蛋白质-配体复合物的。你的目的直接用Multiwfn算RESP电荷就完了，建议DFT结合PCM描述的低介电常数溶剂（如eps=4）

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