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标题: 如何将cp2k的aimd的xyz轨迹转换成pdb格式，同时加入残基信息呢？ [打印本页]

作者
Author: 粉川桜雪 时间: 2025-10-18 20:12
标题: 如何将cp2k的aimd的xyz轨迹转换成pdb格式，同时加入残基信息呢？
各位老师好，如何将cp2k的aimd的xyz轨迹转换成pdb格式，同时加入残基信息呢？

我想用gromacs进行cp2k的aimd文件后处理，但是直接转化的文件不具有残基信息，比如不带有水分子的信息。

谢谢各位老师。

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-19 02:14
不知道有没有现成的工具，但你可以了解一下pdb文件的规范然后自己写个脚本（https://blog.chembiosim.com/PDB-file-format/）
这种事情让AI写脚本也很方便

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-19 06:05
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “aimd结果xyz转换为pdb” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-19 06:09
根本没必要把轨迹转成pdb格式，文件更大、坐标记录精度还更低
只要载入VMD的单帧pdb文件里含有原子、残基信息就够了，轨迹依然用xyz或者更省空间的dcd格式
根据实际情况自己在pdb里写上恰当的残基名，分子数目太多时写脚本实现。也可以先载入VMD，再用VMD的脚本加上残基名和原子名，例如北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里我讲冰的模拟时，在载入不含有原子名和残基名的xyz文件后，就利用脚本恰当加上了信息
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