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标题: plumed伞形采样溶剂结合能值异常大 [打印本页]

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Author: aipacino 时间: 2025-10-18 20:50
标题: plumed伞形采样溶剂结合能值异常大
本帖最后由 aipacino 于 2025-10-18 21:11 编辑

请教一下各位老师，我在用lammps+plumed伞形采样做锂离子与EC溶剂的结合能，偏置势施加在Li-O（双键氧）原子对上，但是这样计算出来结合能异常高，请问是什么原因，以下是我的lammps+plumed输入文件，histogram重叠图，和PMF曲线：

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-19 06:11
别乱找地方发帖，分子模拟的问题不得发到量子化学版块，这次给你移动了，下次直接删帖处理

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-10-20 10:38
说明你选的collective variable可能不合适，有可能漏掉了某个自由度。如果你用EC代指“碳酸乙烯酯”的话，那根据有机化学家的化学直觉的话EC相对于锂离子应该算双齿配体。你选的collective variable如果翻译成化学语言的话，就是把EC看成了单齿配体。

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