计算化学公社

标题: 使用DMOL3计算四氢萘与一个自由基反应的过渡态的初始构型问题 [打印本页]

作者
Author: Chanucey 时间: 2025-10-19 11:20
标题: 使用DMOL3计算四氢萘与一个自由基反应的过渡态的初始构型问题
四氢萘与一个自由基反应生成四氢萘自由基和另一物质的过程，两个反应物的初始构型是大致摆放即可还是要采用什么方法计算一下，GGA-PBE能不能满足这个过程（[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)][backcolor=rgba(0, 0, 0, 0.04)]Multiplicity设置为Auto）

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-19 11:45
这个反应看上去大概率是攫取四氢萘卞位的氢，虽然我没用过DMOL3，但我感觉摆成这样肯定找不到你想要的过渡态。
不过为什么要用GGA-PBE，DMOL3支持B3LYP吧，这种反应用B3LYP不是更合适吗？

作者
Author: 乐平 时间: 2025-10-19 15:56
不论用什么程序来找过渡态，首先要知道你的反应物，产物之间的结果区别，然后从它们的结构区别来猜过渡态可能的结构。

你的描述里说到

四氢萘与一个自由基反应生成四氢萘自由基和另一物质

那么你需要知道 “生成四氢萘自由基” 和你的反应物 “四氢萘” 的区别在哪里？也就是要断哪个键。
然后，过渡态就按照断键的位置把反应物四氢萘对应的键拉长 1.5 倍试试看。

自由基的自旋多重度=2

作者
Author: Chanucey 时间: 2025-10-19 16:06

KazusaT 发表于 2025-10-19 11:45
这个反应看上去大概率是攫取四氢萘卞位的氢，虽然我没用过DMOL3，但我感觉摆成这样肯定找不到你想要的过渡 ...

感谢！我也试着用B3LYP跑了，位置上离得近了一些，用自己电脑跑的，这个是反应的第一步后续还有很多，如果全用B3LYP效率有点低

作者
Author: Chanucey 时间: 2025-10-19 16:09

乐平发表于 2025-10-19 15:56
不论用什么程序来找过渡态，首先要知道你的反应物，产物之间的结果区别，然后从它们的结构区别来猜过渡态可 ...

感谢！我反应物是四氢萘和一个自由基，反应过程应该是四氢萘上脱离一个氢自由基与反应物中的自由基结合这个过程，因为其中会有氢自由基的生成和反应，所以叫不准应该用Auto还是直接设置2

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-19 16:12

Chanucey 发表于 2025-10-19 16:09
感谢！我反应物是四氢萘和一个自由基，反应过程应该是四氢萘上脱离一个氢自由基与反应物中的自由基结合这 ...

不可能是四氢萘直接掉一个氢自由基下来，肯定是你下面那个自由基分子去攫取四氢萘的某个氢原子

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-19 18:30
用Dmol3算这个是极糟糕的选择，认真看下文
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

强烈建议使用Gaussian、ORCA等像样、主流的量子化学程序。看下文了解Dmol3是多么非主流：
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

Gaussian用户参考此文
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）里给了巨量找过渡态的计算例子，学过一遍就绝对不会摆出如此荒谬的结构并且能正确开始计算

作者
Author: Chanucey 时间: 2025-10-19 18:37

sobereva 发表于 2025-10-19 18:30
用Dmol3算这个是极糟糕的选择，认真看下文
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobere ...

如果能重来、如果后续还有机会做计算化学，我一定选择高斯，现在时间紧急属实有点不赶趟了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)