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标题: 如何使用多个来源的力场文件与参数对一个模拟盒子分配力场参数 [打印本页]

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-19 14:21
标题: 如何使用多个来源的力场文件与参数对一个模拟盒子分配力场参数
使用GROMACS,我的模拟体系共有三个成分，乙二醇，PEDOT:PSS，mxene。乙二醇使用GAFF力场，直接使用GROMACS就可以确定力场参数，PEDOT:PSS使用GAFF优化的力场，有对应的力场文件，mxene的力场参数可以从文献中找到。我该如何使用这些文件或者参数来形成拓扑文件呢，
谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 01:28
说清楚PEDOT:PSS是什么东西，那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场，直接使用GROMACS就可以确定力场参数”描述不当。GROMACS没有产生小分子拓扑文件的功能，需要用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）等程序产生

“PEDOT:PSS使用GAFF优化的力场”描述不当，GAFF力场参数不可能专门给你这个体系优化出来，参数是原文里发表的

用sobtop产生PEDOT:PSS和GAFF的拓扑文件，对于MXene自行在sobtop的assign_AT.dat里添加规则，用sobtop产生MXene的拓扑文件。最后把三个部分的itp都恰当include到主top里。如果对这些基本过程都不了解，可以通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）一次性完整学习，之后就能顺利处理。

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-20 21:13

sobereva 发表于 2025-10-20 01:28
说清楚PEDOT:PSS是什么东西，那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场，直接使用GROMACS就可以确定力 ...

谢谢提醒，目前使用sobtop产生MXene的拓扑文件，但是发现出现钛元素之间直接成键的现象，修改assign_AT.dat里添加规则如下，该如何解决呢，我的原子数目很多，手动删除很难操作
$Ti_inner 0.68
bond -2 C
dist 0.6-2.3 C
element Ti

$Ti_outer 0.88
bond -2 C -2 O
dist 0.6-2.3 C 0.6-2.3 O
element Ti

$C_mx -0.76
element C

$O_mx -0.79
element O

$H_mx 0.35
element H

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-20 21:15

sobereva 发表于 2025-10-20 01:28
说清楚PEDOT:PSS是什么东西，那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场，直接使用GROMACS就可以确定力 ...

PEDOT:PSS参数是原文里发表的，但是参数特别多，一个个转换成bonded_param.dat里面的参数很麻烦，有没有快捷的转换方式，谢谢

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-20 22:21

施潇虎发表于 2025-10-20 21:13
谢谢提醒，目前使用sobtop产生MXene的拓扑文件，但是发现出现钛元素之间直接成键的现象，修改assign_AT.d ...

1    4       1       0.308552    2.500000E+05    ; Ti0-Ti1 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
1    9       1       0.308502    2.500000E+05    ; Ti0-Ti4 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
1    12       1       0.308552    2.500000E+05    ; Ti0-Ti5 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
1    14       1       0.308500    2.500000E+05    ; Ti0-Ti6 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
1    41       1       0.308502    2.500000E+05    ; Ti0-Ti20 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
1    49       1       0.308500    2.500000E+05    ; Ti0-Ti24 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed

可以看到形成的钛钛键，但是sobtop的说明跟示例里没有办法来避免形成这个键

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 23:07

施潇虎发表于 2025-10-20 21:15
PEDOT:PSS参数是原文里发表的，但是参数特别多，一个个转换成bonded_param.dat里面的参数很麻烦，有没有 ...

我都强调了让你说明PEDOT:PSS到底指什么
如果是有机分子，直接用sobtop产生GAFF的拓扑文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 23:08

施潇虎发表于 2025-10-20 22:21
1 4 1 0.308552 2.500000E+05 ; Ti0-Ti1 (Ti_inner-Ti_inner) missing ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说了sobtop是如何判断的成键关系

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-21 00:04

sobereva 发表于 2025-10-20 23:07
我都强调了让你说明PEDOT:PSS到底指什么
如果是有机分子，直接用sobtop产生GAFF的拓扑文件

PEDOT：PSS是有机聚合物，是由PEDOT，PSS组成，我不使用CAFF是因为PEDOT是存在双极化子，我不确定GAFF能不能准确表达（刚入门学习不久），所以想直接使用文献中的专门调整的力场参数

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-21 05:59

施潇虎发表于 2025-10-21 00:04
PEDOT：PSS是有机聚合物，是由PEDOT，PSS组成，我不使用CAFF是因为PEDOT是存在双极化子，我不确定GAFF能 ...

GAFF不叫CAFF
凡是普通有机物，无论是一般分子还是聚合物，GAFF都能合理描述

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-21 22:01

sobereva 发表于 2025-10-20 23:08
http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说了sobtop是如何判断的成键关系

你好，还是无法成功，主要通过nbond 6 bond 1 C 1 C 1 O 1 O 1 O 1 C来确保钛元素与钛元素不成键，但是只要设置nbond 6就无法识别出这些钛原子，不使用nbond 6可以识别出来，但是又会形成钛钛键

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-21 22:08

施潇虎发表于 2025-10-21 22:01
你好，还是无法成功，主要通过nbond 6 bond 1 C 1 C 1 O 1 O 1 O 1 C来确保钛元素与钛元素不成键，但是只 ...

assign_AT.dat定义的是基于当前的链接关系怎么判断原子类型，而不是决定成键关系
成键关系要么从mol2读，要么根据结构sobtop自动猜（可以定义距离阈值），网页里明确说了

作者
Author: 施潇虎 时间: 2025-10-21 22:30

sobereva 发表于 2025-10-21 22:08
assign_AT.dat定义的是基于当前的链接关系怎么判断原子类型，而不是决定成键关系
成键关系要么从mol2读 ...

明白了，使用bondcrit定义，谢谢

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