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标题: 怎么写关于从文件中搜索结构并删去重复结构的shell脚本 [打印本页]

作者
Author: lyfchem 时间: 2017-4-19 19:46
标题: 怎么写关于从文件中搜索结构并删去重复结构的shell脚本
各位老师，就是我一个sdf文件里面有多个分子但是有的分子有多个重复的结构我想通过脚本把重复的结构都找到只保留第一个分子的结构其余都删掉并且其余没有重复的结构按照原来的顺序不变和保留，请问怎么实现啊

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-19 21:42
具体怎么实现、怎么写看你喜欢用什么语言
基本过程就是先把每个分子的坐标部分读进去，然后计算其每一对原子间距离并且进行排序，构成一个数组。然后对每个分子都这样构建数组，之后比较每个分子之间的这个数组，差异小于一定阈值就认为是相同的（这个也正是molclus程序里的gentor判断结构相似程度的方式）。最终就知道哪些分子是唯一的了，之后把sdf文件中那些唯一的分子对应的字段输出到新文件里即可。

作者
Author: ggdh 时间: 2017-4-21 11:43
本帖最后由 ggdh 于 2017-4-21 12:12 编辑

不太确定你是要消除重复构象。还是消除重复的化学结构？如果是后者，用
babel input.sdf unique.sdf --unique
如果是前者，除了sob提供的办法之外，用macromodel的redundant conformer elimination也行。

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