计算化学公社
标题:
求助使用GMX的dipoles命令得到的有机薄膜相对介电常数不合理
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作者Author:
Yaocy
时间:
2025-10-20 09:21
标题:
求助使用GMX的dipoles命令得到的有机薄膜相对介电常数不合理
本帖最后由 Yaocy 于 2025-10-20 09:21 编辑
各位老师好，我在三维周期性、NPT条件下对由两种有机小分子组成的无定形薄膜进行了MD模拟，随后使用gmx的dipoles命令尝试提取该体系的相对介电常数，预期这个值应该在3~5左右。但是最终得到的结果是1左右，尝试对几个体系进行计算都是类似的结果，其中一个体系的命令和输出内容如下，请问老师可能是哪里出现了问题，谢谢。
输入命令：
gmx_mpi dipoles -f NPT_anneal.xtc -s anneal.tpr -temp 300
输出内容：
Using 5 as mu_max and -1 as the dipole moment.
WARNING: EpsilonRF = 0.0, this really means EpsilonRF = infinity
Selected 0: 'System'
There are 3200 molecules in the selection
Average volume over run is 2325.79
Dipole moment (Debye)
---------------------
Average = 4.4105 Std. Dev. = 0.8498 Error = 0.0002
The following averages for the complete trajectory have been calculated:
Total < M_x > = -17.2694 Debye
Total < M_y > = 60.8116 Debye
Total < M_z > = 174.443 Debye
Total < M_x^2 > = 941.47 Debye^2
Total < M_y^2 > = 4290.05 Debye^2
Total < M_z^2 > = 31054.3 Debye^2
Total < |M|^2 > = 36285.8 Debye^2
Total |< M >|^2 = 34426.7 Debye^2
< |M|^2 > - |< M >|^2 = 1859.11 Debye^2
Finite system Kirkwood g factor G_k = 0.0298666
Infinite system Kirkwood g factor g_k = 0.029122
Epsilon = 1.08084
复制代码
作者Author:
goldNAN
时间:
2025-10-20 12:02
因为没有考虑epsilon_infinity 可以考虑用折射率的平方代替
作者Author:
Yaocy
时间:
2025-10-20 18:34
goldNAN 发表于 2025-10-20 12:02
因为没有考虑epsilon_infinity 可以考虑用折射率的平方代替
好的，谢谢老师
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