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标题: 求助：石墨烯膜和硅球该如何使用charmm36力场生成拓扑文件 [打印本页]

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Author: π大星 时间: 2025-10-20 17:45
标题: 求助：石墨烯膜和硅球该如何使用charmm36力场生成拓扑文件
各位老师好，我想复现一篇关于纳米机器人的驱动与操控的论文，我看文中的石墨烯膜和硅球以及DNA采用的是charmm36力场描述的，我使用pdb2gmx生成了DNA的拓扑文件，但是不清楚石墨烯膜和硅球的文件怎么使用charmm36力场获得。我尝试使用charmm-gui生成过石墨烯膜的拓扑文件，但是我看charmm-gui的石墨烯膜的拓扑生成流程是先生成石墨烯膜的DPB文件然后在此基础上生成的拓扑文件，我之前已经使用过VMD建模出了石墨烯膜的文件，而且我还在VMD获得的石墨烯膜上进行了挖孔操作，这样获得的膜的原子数量和charmm-gui的获得的膜的原子数量对不上，所以charmm-gui获得的拓扑我想我应该无法使用，或者是我对charmm-gui的操作理解有误，我也是刚接触分子动力学模拟不久，希望各位老师能够不吝赐教，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 23:33
DNA用AMBER力场描述，石墨烯膜和硅球用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，是极佳的选择

作者
Author: π大星 时间: 2025-10-21 09:31

sobereva 发表于 2025-10-20 23:33
DNA用AMBER力场描述，石墨烯膜和硅球用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，是极佳的 ...

好的，非常感谢sob老师

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