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标题: 求助能量最小化结果的合理性的判断 [打印本页]

作者
Author: Jnannan 时间: 2025-10-20 22:14
标题: 求助能量最小化结果的合理性的判断
各位前辈好，我想请教一下关于能量最小化的问题
我的能量最小化总是不能很好的收敛，我按照梯度去进行emol最小化设置在1000kj生成的potential图基本可以达到稳定状态，我减小为emstep = 0.002，emol500时很快就达到了，但是他的potential图基本是一个直线下降的趋势。我进行第三次能量最小化直接达到了4000kj。
因此我有两个疑问

1：能量最小化是否有具体kj要求，越小越好还是达到稳定即可
2：我怎么知道我最后模拟出来的结果是可信的，我模拟蛋白质相变想知道他相变的一个大概过程。
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作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-20 22:38
我的理解是能量最小化只要保证后面的模拟不会一开始就崩溃就可以吧

作者
Author: Ajl 时间: 2025-10-20 22:39
1 蛋白分子体系的基本emtol设定到100 只要能小于这个数值就行，而且如果后面的npt可以正常进行不用能量极小化也可以
2 先保证蛋白质结构文件正确步骤正确合理，模拟的结果基本是可信的，也可以多次模拟

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 23:04
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “能量最小化” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: Jnannan 时间: 2025-10-20 23:35

sobereva 发表于 2025-10-20 23:04
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，谢谢，我一定记住。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-20 23:48
1 完全取决于能量极小化的目的。对于跑动力学目的，实测动力学跑起来不崩就行；对于得到尽可能理想结构、能量的目的，以及之后做振动分析的目的，emtol越小越好（为收敛到尽可能高精度，此时建议用双精度版）

2 用尽可能合理的方式构建模型（考虑盒子尺寸、质子化状态、溶剂中存在的物质）、恰当设置mdp、恰当设计模拟流程，以及选择尽可能适合的力场（如优先用目前精度顶级的AMBER19SB结合OPC水模型）

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