公社群聊Q&A整理：2016.11.16 19 ~ 2016.11.18 05 Concate - 计算化学公社

2016.11.16 18:05:31
Q:
请问在gview中可以该变分子相对于坐标轴的角度吗？
A:
按住alt拖动分子
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:10:07
Q:
[图片]某一原子的颜色和碳原子重复了，怎么在VMD修改原子颜色？各位老师
[图片] 老师这些边界区域的红色怎么理解？还有就是这个能去掉么
A:
没明确意义
调调isovalue就不见了
Q:
好的谢谢
老师这个isovalue是在Multiwfn的settings中么没找到啊@Sobereva
A:
VMD里设
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:13:21
Q:
请问老师，CCSD(T)/CBS级别适合于什么样的体系，团簇原子在什么范围左右
如果4核机子，基本也就几个原子了
那八、十六原子数能到十个左右吗
得测试
A:
如果用TZ->QZ外推到CBS，超不过10个
而且具体还看是什么原子，诸如H和Cl的代价没法比
还看程序、体系对称性等因素
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:16:17
Q:
老师，我算的单点能的总运行不了，能不能我把输入文件上传了你帮我看看有什么问题？
[图片]
老师，算的是过渡金属配合物
A:
关键词无误。看报错
Q:
报错是什么
[图片]
这个错误感觉是高斯的BUG
A:
或者提交方式
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:24:54
Q:
Sob老师，自定义溶剂并且表现有一定离子强度时，这样的输入文件有问题吗[图片]，我算出来，不同的离子强度的数据是一模一样的，我看输出文件，好像没有表现出离子强度
A:
别空行
Q:
不空行就有错误
[图片]
A:
提示都说了，这种情况IEFPCM没有解析导数
Q:
恩
A:
不可能报错
[图片]
Q:
恩，谢谢Sob老师，我再看看
Sob老师，我把opt和freq都去掉了，[图片]但还是提示错误[图片]
A:
甭写generic
Q:
自定义的溶剂，那应该写什么@Sobereva
A:
随便
找个最相近的
Q:
恩
A:
字号小点
否则贴大段文字刷屏厉害
Q:
Sob老师，不好意思，再打扰下。现在提示新的错误，叫我用老版的PCM，这个改怎么处理，谢谢[图片]，
A:
等于刷屏两遍。
回答同上
说了没解析导数
故只能算单点时候再考虑离子强度
Q:
我的输入文件是这样的[图片]
我没有加opt和freq
A:
没加opt freq不可能有哪种提示
Q:
是我搞错了，不好意思
我换了一个最接近的介电常数，但是还是报刚才一样的错误[图片]，[图片]
A:
上传输入文件
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:43:23
Q:
请教一下Fe，Co，Ni，Cu用 Lanl2DZ基组合适吗？
A:
穷的话可以用
条件好点一定用Lanl2TZ或更好
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:48:42
Q:
唔谢谢老师群里的资料果然靠谱，还有英文教材也靠谱，那本中文得省略比较多
A:
中文的内容少、不深入是其次，关键是误导性的东西太多
----------------------------------------------------
2016.11.16 18:52:07
A:
初级班目前剩余名额只剩几个，确定要参加的尽快提交报名表
Q:
速度好快哇~
[表情]和五月份的基础班一样，名额真的很抢手
什么时候有高级班/呲牙
A:
大抵后年
----------------------------------------------------
2016.11.16 19:00:48
Q:
那目前现在使用哪一个方法加基组最优呢？
A:
字号小点
否则贴大段文字刷屏厉害
Q:
请教老师，关于弱相互作用计算，例如氢键主导的。
1.老师在《DFT-D色散校正的使用》中， Gaussian09 D.01版后老师推荐如下：B3LYP-D3(BJ)是当前笔者个人最为推荐的计算弱相互作用的泛函，精度好，可靠性高，速度也比M06-2X和wB97XD都快很多。
2. 老师在《乱谈DFT-D》中提到：
穷人：B3LYP-gCP-D3/6-31G*，用PBEh-3c更好但尚无程序支持
低保：PW6B95-D3 ≈ M06-2X-D3 >= ωB97X-D > B3LYP-D3，基组6-31+G**
小康：理论方法同上，基组：6-311+G**。色散主导时可用Counterpoise改进结果
致富：DSD-BLYP ≈ PWPB95-D3 > B2PLYP-D3，基组：jun-cc-pVTZ或jul-cc-pVTZ。色散主导时可用Counterpoise改进结果。
那目前现在使用哪一个方法加基组最优呢？
A:
等于刷屏两遍。
回答同上
Q:
抱歉
那就简单点，B3LYP-D3(BJ)和M06-2X-D3相比哪个好点？
A:
后者好，更贵
Q:
那目前现在使用哪一个方法加基组最优呢？
A:
就根据你实际条件选择呗
----------------------------------------------------
2016.11.16 19:03:52
Q:
[图片]老师我在VMD调了isovalue后，出现了这个情况，怎么办
A:
干脆直接在作图脚本里改isovalue设定
----------------------------------------------------
2016.11.16 19:05:50
Q:
还有一个问题想请教。我的结构没有相应的晶体结构对应，计算弱相互作用的时候，我的初始结构如何确定呢；我如何确定优化到的能量最低点就是最优的结构呢？
A:
简单体系凭直觉摆，复杂体系靠molclus的genmer生成初始构型
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
----------------------------------------------------
2016.11.16 19:08:34
Q:
老师，这个需要付费吗
molclus的免费版可处理的原子数目上限为30个。如果需要处理30个以上原子，需购买完整版，价格96元。源代码有偿提供，价格399元。
A:
写得很明白了
----------------------------------------------------
2016.11.16 19:19:17
Q:
请问，做BSSE时和D3配合使用咋样？
b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3 Counterpoise=2
A:
可以搭配
----------------------------------------------------
2016.11.16 20:16:48
Q:
请教一下，我优化一个具有Ih对称性的结构,开始Gaussian还能识别点群，一次迭代优化后对称性就变为C1了，变为C1后就不能收敛就出错了，请问这怎么解决啊，已经弄了好几天了
A:
贴关键词
Q:
bpw91/genecp opt(z-mat) symm=loose SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
A:
什么基组？
Q:
LanL2DZ
我开始没加SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
A:
本来就没必要加
有弥散才需要加
Q:
一开始全用的这个bpw91/genecp opt(z-mat) symm=loose
A:
opt(z-mat) 也无意义
直接写bpw91/lanl2DZ就完了
Q:
然后就是先识别出了Ih，一圈完了之后就对称性变为C1了然后就L502了
A:
甭用symm=loose，此时如果判断不出来点群，gview保存文件时候用内坐标形式保存再试
Q:
这样弄过了的，识别出来了的
A:
BPW91/lanl2DZ int=ultrafine直接用这个，内坐标形式保存坐标
对称性还下降就下降，未必实际极小点有高对称性。不收敛和对称性下降也没任何直接必然关系
之后至于怎么解决不收敛看博文
Q:
对啊，我就是在按博文上的试
好悲伤呀
一个简单结构弄了这么久
A:
处理做法多的是
博文里说了，诸如int=acc2e=12、novaracc之类，主要是处理有弥散函数的情况，没弥散时没多大可能见效
----------------------------------------------------
2016.11.16 20:20:42
Q:
刚刚看了peter贴的图，也就是说multiwfn还不支持平面波的程序么社长
A:
不支持
----------------------------------------------------
2016.11.16 20:33:46
Q:
老师，请问为何跑IRC的时候reverse 和forward 方向都得到了产物结构？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.16 21:29:51
Q:
[图片]请问下IR谱中的infrared 的单位是什么？
A:
高斯输出文件里面写着
----------------------------------------------------
2016.11.16 22:38:57
Q:
[图片]
请教一下这是什么问题，已经错了好多次了，用的是6-311++g**,和lanl08(f)基组。m062x方法
谢谢，请问这是设置的问题吗？
[图片]
请问是不是这里出了问题，要用Opt=CalcAll代替Freq？
[图片]
不好意思，我刚刚上手。麻烦再看一下
不知道这个是不是
A:
贴关键词
Q:
# opt freq gen m062x pseudo=read
A:
如果是freq的时候出错，opt和freq分着做
Q:
好的，那一般是不是先做Opt，在做Freq
A:
是
是
----------------------------------------------------
2016.11.16 22:49:34
Q:
请教个问题，gaussian算可不可以算可见吸收光谱。
我看到一篇文章挺有意思的，一种材料去掉一个氧原子之后就由原来的白色变成了蓝色。所以不知道可不可以通过算可见吸收光谱来验证这个现象。@Sobereva
A:
magic 可
----------------------------------------------------
2016.11.16 23:08:38
Q:
各位老师请教一个问题
[图片]
1,这里所说的配分函数在高斯计算结果中，请问在结果中的哪一部分可以找到？2.这里说的total energy具体指的是哪个能量？零点能，内能，焓，自由能？
谢谢老师！
A:
0K下内能
做频率计算就会输出
另参见
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
Q:
恩恩，好的，谢谢sob老师，那配分函数呢？
A:
Sobereva(190258442) 15:10:33
做频率计算就会输出
Q:
老师，ok下的内能也就是电子能吧，就是这里的Sum of electronic and zero-point Energies，我的理解对么？
[图片]
A:
完全不是
U(0)=电子能量+ZPE
Q:
啊？有些慌乱了，下面和这个是ZPE吧，那电子能量是哪一个呢？
[图片]
A:
电子能量就是平时算单点能时候你取的能量
Q:
老师，单点能，对于DFT计算就是末尾这个HF=吧？
[图片]
U(0)=HF+zero-point correction=Sum of electronic and zero-point Energies,这回我理解对了么？老师
A:
对于HF/DFT是如此
Q:
恩恩，谢谢老师！配分函数大概在输入文件的什么位置？或者搜索什么关键词呢？我还是没有找到呢/尴尬
A:
[图片]
Q:
恩恩，谢谢sob老师，选用第一个total bot么？还是每一个都有用的？对这个方程来说[图片]
A:
看我给的链接里的表格里的这个注释
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.16 23:20:35
Q:
sob老师，用高斯计算石墨烯（130多个碳原子）的fukui函数，在b3lyp/6-31g(d,p)下做单点可以接受吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.16 23:43:25
Q:
老师，麻烦问一下怎么用Multiwfn绘制DOS图？
A:
看手册4.10节的例子
Q:
好的，老师，那手册在哪里？
A:
开发者不把手册放在程序官网上还能放在哪
----------------------------------------------------
2016.11.16 23:43:25
Q:
老师，请问opt、scf、IRC的最大循环分别是多少啊？之前看过您的帖子有一个是128，那其他的呢？
A:
默认值手册里都写着
----------------------------------------------------
2016.11.16 23:56:27
Q:
[图片]请问，优化激发态，出现图中 112 <—— 113 这种是怎么回事？
那什么时候会出现这种现象？什么原因导致的呢
A:
TD几乎都会出现
数学形式使然
Q:
这个是我的第一激发态，我要做的是优化这个激发态，对结果并不影响是吗？
那我把这个扔掉就可以，只看112 ——> 113 的就好，是吗？
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:08:16
Q:
请大侠推荐一个团簇异构体搜索软件。
具体叫什么？
A:
molclus、abcluster、calypso
Q:
谢谢诸位！
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:10:41
Q:
大家好，我想问一下偶极矩和永久偶极矩以及electronic transition energies之间的关系，然后是永久偶极矩怎么求
A:
根本没直接关系
单点计算末尾就输出
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:14:47
Q:
[图片] 老师，单个H+，没有电子，能量好像算不出来吧，您这里用的什么能量？
A:
这是产物复合物状态
就算无限远离了，只考虑另一个产物就完了，H+的电子能量为0
Q:
也就是只考虑[图片]的能量？电中性的状态下的？
A:
产物复合物并未完全远离
无限远离时只考虑这个
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:22:45
Q:
molclus 中的gentor 支持用分子力学对构象进行初始筛选么？看介绍只看到用PM7
A:
支持。高斯里面用UFF即可
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:28:55
Q:
IRC=(rcfc,cartesian,forward,maxpoints=200,stepsize=3,maxcycle=600) ，老师请问这个关键词合不合理呀？maxpoints=200、maxcycle=600会不会都有点大了呀？
A:
maxcycle=600毫无意义
鉴于步长小，点数设大无所谓
cartesian多余
Q:
老师，这个maxcycle值是不根本不用设，直接用默认值就好呀？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:40:20
Q:
服务器上装GO9和在家用电脑上差别在哪里?我在i-7上装的方法到双cpu的机子上就出错了。
群里有用4路服务器的吗，比如E5-4809V4？性能怎么样？
4路太贵，感觉不如2路核算吧
4路都是E7打头的吧？
一个4路价格感觉比两个2路便宜。
拷贝错了，4路的是 4颗Intel Xeon E7-4809 v4 CPU
GO9。。(狗9)
A:
[图片]
Q:
4809没有瑞频啊跑gaussian 不推荐
4路的单节点特别胖，适合跑vasp吧，省得跨点并行。
A:
四路性价比很不划算
CPU和板子都很贵
Q:
4路最大的好处就是不占地
A:
买个诸如四子星那种很省空间
Q:
两路高密度一样不占地
4U8子星，最新产品
这种刀片式的必须放单独机柜吧？
A:
CPU核数越来越多，跨节点和>2路的意义越来越低了
Q:
而且跑起来风扇呜呜响不适合放办公室。
2颗Intel Xeon E5-2680 v4 CPU（14Core, 28 Thread，2.4GHz），内存64GB(8*8GB) DDR4 ECC Registered
Shared Memory，显卡Nvidia Quadro K620专业图形显卡，硬盘256GBSSD固态硬盘，2TB 7200RPM SATA 企业级硬盘。这套下来大家估计价格？
把专业卡去掉 2.5w以下搞定
或者点评一下。主要用来跑高斯和vasp。
现在2.5万的双路服务器作QM计算用什么cpu好呢?
主要作QM/MM~MD
8*8改成4*16比较好方便以后扩展
没有16核32线程的吗?
2*8核有不少
2*8核有不少
高斯
Intel[emoji] Xeon[emoji] Processor E5-2697A v4
(40M Cache, 2.60 GHz)
Intel Xeon Processor E5-2697A v4
(40M Cache, 2.60 GHz)
按上面配制，不要专业卡，不要固态硬盘，2.5万用什么cpu好呢?
今天上海艮泰给我电话了
感觉这个公司比较假
很贵
艮泰传说很黑
A:
对
Q:
上海艮泰是电话营销吧，我常年都能接到
看过宣传册，是很贵
----------------------------------------------------
2016.11.17 00:45:57
Q:
不知是否有通用的方法。我在i一7上装G○9b和Go9d配制文件是不一样的，是我没弄对吗?你们是完全一样的装法吗?
A:
配置方式完全一样
----------------------------------------------------
2016.11.17 01:05:31
Q:
Multiwfn怎么了PDOS
求指导
A:
问问题不要有病句
想得到回答必须表述清楚
Q:
[表情]
A:
仔细看
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
----------------------------------------------------
2016.11.17 01:06:44
Q:
Multiwfn怎么得到PDOS
A:
看multiwfn手册4.10节的例子
----------------------------------------------------
2016.11.17 01:22:15
Q:
请问：两个非金属原子之间的作用，G view显示没有键，在multiwfn中看分子是形成了键的，但是进行aim分析，电子密度在0.1左右，能量密度小于0，电子密度的拉普拉斯值却是大于0的，这个似乎又有点强氢键的意思，共价键一般拉普拉斯一般小于0的。这个该如何处理？
A:
看着都刺眼
“共价键一般拉普拉斯一般小于0的”根本不对
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
Q:
恩，改天改改字体
A:
用宋体黑色9~11号字
超级讨厌字号>12
----------------------------------------------------
2016.11.17 01:26:46
Q:
哪位大神有画碳纳米管的软件，可以发一下吗？谢谢~~
A:
用这个在线的省得下了 http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html
----------------------------------------------------
2016.11.17 01:38:34
Q:
您好请问sob老师我想做共振式NRT分析，按照NBO6手册自己定义了三个结构这样写合理吗[图片]谢谢老师@Sobereva
A:
just try
----------------------------------------------------
2016.11.17 03:39:29
Q:
老师，如果二聚体之间没有形成氢键（只是弱相互作用），用BSSE修正算单点能之后就没有complexation energy是吗？
A:
没这回事
做counterpoise一定给你这个
氢键是弱相互作用的一种
Q:
[图片]
我用这个关键字，算出来没有
A:
老版本不直接给你
D.01准保输出
Q:
[图片]
我输出是这样
A:
所以说版本太老
----------------------------------------------------
2016.11.17 04:02:18
Q:
对于开壳层体系，用hf方法，自洽场还加上scf=vshift=600是不是会阻碍收敛？
A:
用不着加那么大，尤其还是HF
----------------------------------------------------
2016.11.17 04:27:17
Q:
请教一下 Gaussian09计算溶剂化自定义溶剂的时候报错 NEqPCM: Using equilibrium solvation (IEInf=0, Eps= 7.2300, EpsInf= 0.0000)
EpsInf not defined for this solvent.
Error termination via Lnk1e in l1002 关键词为# b3lyp/6-311+g(d,p)scrf(solvent=generic,read,SMD) opt 在分子左边后面空一行加了 eps自定义数值
不知道该怎么解决呢？谢谢啦！
A:
定义epsinf就完了
----------------------------------------------------
2016.11.17 04:30:08
Q:
请教一下，使用molclus搜索优势构象的话，是否都得使用Gromacs, 再使用mopac，接着Gauss,这样的流程吗？我根本没有安装Gromacs和mopac啊
A:
闪退是因为你的模板文件或者配置文件不合理
程序是命令行的，没有图形界面
怎么运行帖子里写得极为详细了
仔细阅读帖子里所有信息
显然根本不是非得装gromacs，没看到帖子一开始就高亮显示genmer的使用么
----------------------------------------------------
2016.11.17 04:34:04
Q:
Sob老师，您好！之前使用您编写的optDFW计算w值，发现没有得到最后的w就会终止。后来我自己手动计算一下，发现对于不同的体系来说，不同的w用高斯计算单点出现问题，不能正常输出。
A:
检查optDFTw产生的高斯输入文件运行完的输出文件里有无异常
----------------------------------------------------
2016.11.17 04:58:08
Q:
公邮要验证[图片]，怎么破
A:
邮箱内容索引的文件已经明确说了，下客户端
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:12:10
Q:
[图片]老师我可以直接利用这个图说明请相互作用吗？
A:
用键级、ELF、LOL之类讨论强相互作用的方法讨论
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:12:13
Q:
咨询一下，类似于如下的结构[图片]。在溶液中的时候，是不是容易形成分子内H键？高斯如何计算这个H键呢？是直接把另外一个O和H相连接还是如何处理？谢谢指点
A:
该怎么算就怎么算呗，就是个普通分子，优化完了羟基氢自动和旁边的氧形成氢键
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:19:07
Q:
老师，用Multiwfn产生NBO的格点文件时出错：current system has no atom，可是明明有原子，该怎么修改？
A:
什么输入文件？
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:20:26
Q:
老师，AIM分析可以看哪些材料？想判断CP处的作用类型等信息。
A:
AIM学习资料和重要文献合集http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:36:22
Q:
[图片]请问各位老师，像这种大的对称性分子如何快速在Gaussview中画出来？
A:
chemdraw画，倒到chem3D里保存成.gjf
----------------------------------------------------
2016.11.17 05:36:35
Q:
老师，扫描完一个要发生化学反应的键之后，想要用geom=check guess=read读取扫描之后的输出文件的过度态结构，这样行不行呀？geom=check guess=read默认读取的最后一个结构还是也可以从中读取过度态结构呀？
[图片]
老师，这个向后扫描的IRC，它的最后一次的结构和过渡态的结构、能量完全一样，这是怎么回事呀？
A:
IRC正常结束了再看结果，这种情况都是没正常结束就看所致
没特殊必要甭老用geom=check guess=read，直接gview切换到那一帧保存个新输入文件多好，省得搞乱了
----------------------------------------------------
2016.11.17 06:41:44
Q:
话说现在NAMD，Gromacs，Amber都那么强大，还有人花钱买charmm么
A:
很少了
----------------------------------------------------
2016.11.17 10:56:41
Q:
请问pdb文件中CA alpha碳就代表主链吗。这个CA和amber中的原子类定义是一致的吗？还是说PDB文件中，是人为就定义主链主的C为CA，并不等同于amber中的原子类。
A:
按照pdb命名规则CA就是主链alpha C，和力场无关
----------------------------------------------------
2016.11.17 14:34:05
Q:
VMD怎么改变原子的颜色呢？
A:
graphics-color
Q:
Name里面没有相应的元素显示
A:
怎么会没有
[图片]
Q:
金属Ni
没有这个元素的name
A:
你就用element呗
Q:
我试过颜色不变
A:
你coloring method也得设element啊
----------------------------------------------------
2016.11.17 16:23:48
Q:
非常感谢定义epsinf是不是介电常数的平方呢？
A:
不是定义，只是对低极性溶剂的一个近似估算方式
Q:
那这个epsinf值应该怎么取来区分不同溶剂呢？
A:
不同溶剂的epsinf不同啊，何谓怎么区分
Q:
我用的是自定义溶剂的方法 epsinf值怎么找呢？
A:
google搜，搜不着对于低极性溶剂就按前面说的估算，还没辙就甭用了
如果计算的问题本身不依赖于epsinf，诸如振动频率，随便瞎设一个
Q:
主要是想得到一个溶剂化能的数值
A:
溶剂化能又不依赖于epsinf
----------------------------------------------------
2016.11.17 16:59:46
Q:
老师，我用Multiwfn做电子云密度差最后出现了这样[图片],是什么错误呢？
A:
操作过程不对
要么输入文件有问题
Q:
收敛了呀
我再去检查一下
A:
先确保能看到合理的密度差等值面图再做这个分析
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:12:32
Q:
[图片] [图片] 老师，我查看了一下.log文档，确实是因为没有正常结束导致的这个结果，请问老师，像这种未正常结束的应该怎么修改呀？谢谢您啊！
A:
IRC里写LQA
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:12:48
Q:
sob老师，对于大的开壳层体系，scf收敛困难。几何优化往往优化几步就scf不收敛。我打算每次算到scf不收敛，就读取最终结构，用更小基组算一下单点，然后提升基组基组优化，直到几何优化完成，请问这样可行么？
A:
瞎折腾
看具体收敛限还差多少，差得不多的话用scf=conver=6先凑合走到差不多的结构再想对策
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:14:49
Q:
老师，算弱作用时，有必要给M06-2X加色散校正吗？谢谢老师
A:
色散主导的情况加上为好，特别是pi-pi堆积。其余情况不加无妨
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:24:24
Q:
老师您好学生有个问题请教您双层的酞菁锌衍生物分子我想在质子化的情况下进行TD的计算，实验文献中采用了不同当量的氟代乙酸进行了对比，我原来自行在meso位加上质子但是不知道怎么加按照想法加了八个质子，小导告诉我结构严重不合理，我的问题就是对于不同当量的质子化的分子，如何用高斯进行计算呢？谢谢老师
A:
量化计算没法直接体现实验上的诸如浓度、当量、PH这种有统计性的问题
你能考察的只有这个分子结合不同数目质子时候体系的电子激发特征
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:38:35
Q:
[图片]老师，我想问一下这里的complexation energy（corrected）和binding energy 一样吗？
A:
一码事
Q:
[图片]老师，我是按照您帖子中的这个公式计算结合能的，但是得到的值和complexation energy（corrected）不一样，请问是什么原因啊？
A:
你算得不对
基础不够就直接用程序给的结果就完了
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:39:35
Q:
gaussian 也可以跑动力学？
A:
可
Q:
哇
力场用的什么
？
A:
量化方法，或者UFF/dreiding/amber
目前一半主流量化程序都支持动力学
Q:
量子动力学跑起来应该很爽
估计跑个５０个原子的ＰＭ３动力学应该是现实的。
老师，跑ＰＭ３动力学的关键字是什么？
gview里能设吗？
A:
别用gview
直接PM3 BOMD就完了
Q:
谢谢两位
[图片]这样行吗？
步长，ＭＤ时间，不需要设吗？
%nprocshared=1
%mem=256MB
# pm3 nosymm geom=connectivity bomd
A:
看手册
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:50:53
Q:
[图片]您好请问Sob老师这是什么类型的ecp基组?
A:
谁写的问谁
问不到就自行对着EMSL去找
----------------------------------------------------
2016.11.17 17:57:06
Q:
各位，sci_hub网现在咋样才能用啊？还是真的彻底不能用啊？
A:
问这个问题等于无视群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:00:43
Q:
老师，对于ＰＭ３　ＰＭ６　这类方法来说，　ADMP好，还是ＢＯＭＤ好？
A:
ADMP只支持HF/DFT
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:10:31
Q:
[图片]老师，怎么调可以使分子成为球棍模型？
A:
现在不就是球棍
Q:
想把分子上的着色去掉
[图片]就是这样的图，老师。
A:
这根本不叫球棍
Q:
这是棒状模型，只有棍没有球@展盼
A:
VMD里这叫licorice
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:13:02
Q:
老师在gaussian里面算BOMD的关键词怎么输入？谢谢
A:
直接写BOMD，选项看手册
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:17:12
Q:
老师，rdg作图出现这种情况[图片]，该怎么办？
A:
RDGmaxrho恢复默认值再作图
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:28:01
Q:
老师，IRC没有正常收敛，您推荐使用LQA解决，这是什么原理呀？手册上说这是对预测步骤使用局域二次近似，没有看懂它是什么意思呀
A:
LQA算法不需要重校正步所以没那个问题
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:42:28
Q:
老师，我看了“在Origin中绘制能量折线图的方法”博文，想下载里面的enepro程序，但是下载时我的电脑提示下载的文件包含木马病毒，我就不敢下了，还有其他地方可以下载吗？
A:
我博客里的东西不可能有病毒
Q:
关闭你的360
嗯嗯，好的
感谢感谢
360这种流氓一般的软件，我再也不敢下载了
A:
据说360能把MS都搞坏了
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:47:14
Q:
老师请问这个图[图片] interatomic surface（IAS）是代表哪一部分啊？
A:
你还没生成IAS
Q:
如何生成IAS呢
怎么判断是否存在IAS
A:
手册4.2.1节写着
[图片]
Q:
IBS是IAS 是一个事吗
A:
对于分析电子密度是一码事
IBS更广义，对于ELF也能用这个概念
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:52:19
Q:
[图片]自旋污染是什么意思呢？
加上RO
[图片]
A:
加了RO绝对收敛不了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
学习下
A:
甭管自旋污染
Q:
做非线性光学计算的时候，我用过ROMP2
不加RO自旋污染大结果不靠谱
A:
DFT根本用不着管自旋污染
自旋污染也不代表结果不准确，哪怕是基于波函数的方法
MP2尽早忘掉
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:59:03
Q:
COORDINATION CHEMISTRY REVIEWS
这个杂志如何
A:
不错
----------------------------------------------------
2016.11.17 18:59:03
A:
光看结构的话不用管它
gv发了昏
----------------------------------------------------
2016.11.17 19:09:12
Q:
请问，这是啥轨道？
[图片]
看样子是n轨道，但我这个是非占据的，不存在n*轨道
A:
把等值面数值调小再看
注意考察有无里德堡轨道的可能
Q:
应该是调大iso值吧
A:
调小
----------------------------------------------------
2016.11.17 19:21:19
Q:
请问老师，有的文献计算HOMO-LUMO差值（自旋非1的情况）使用alpha，有的使用beta，有的两者都使用，想问下老师这几者之间有什么区别吗
A:
显然不同
alpha和beta电子有各自的gap，视情况讨论
----------------------------------------------------
2016.11.17 19:35:58
Q:
现在在参加CASTEP四天培训课程，4000+每人，过来吐槽一下；
感觉培训老师自己都没有备好课，讲东西很慢，而且没有完整的思路，东一枪西一枪的；
随时接受学员的提问，并对学员某些小众化，甚至是民科思维的无聊的问题大肆讲解；
把大众关心的问题放在课程表的最后面，而按照这样的进度，这些问题会被几句话带过……
OA:
创腾的培训吗
Q:
/微笑/微笑/微笑
OA:
4000人，我去
Q:
4000+/人
A:
比科音的初级+基础+高级班=14天总和还贵
Q:
我去
好大的一个坑
钱是老板出，主要是浪费时间，学不到实用的东西
OA:
多少钱一个人
Q:
说了四千多每人
4000
OA:
哦哦，没看清，我以为一共4000人
Q:
好钢要用在刀刃上，科研经费也来之不易的
OA:
哈哈在北大的那个castep吧
Q:
只能说不同主办方，理念不同，他们是商业化的企业，以营利为主
[图片]
[图片]
A:
还有30万的培训，估计2群很多人还不知道
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4433
----------------------------------------------------
2016.11.17 21:16:04
Q:
我文章中用了m062x方法优化结构和计算能量，编辑回复中提到了“ Is solvation correction included in the DFT calculations?”（如图[图片]）。我想请教这里的“solvation correction”是什么意思？我不太理解/抱拳
我没做过过渡金属，这就不太清楚了
A:
即是否考虑了溶剂
----------------------------------------------------
2016.11.17 21:52:26
Q:
[图片]
老师，想请问一下这样一个反应计算过渡态时自旋多重度应该如何设定？是否需要用对称破缺呢？
A:
1
需要
----------------------------------------------------
2016.11.17 21:55:15
Q:
请问各位老师这是怎么回事啊？[表情]
A:
提示很清楚了
Q:
老师，是内存不够吗？
A:
硬盘
----------------------------------------------------
2016.11.17 21:55:47
Q:
老师，请问初级班培训缴费的开户银行“招商银行股份有限公司北京青年路支行 ”所在的区是不是朝阳区？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.17 22:23:16
Q:
请问老师，我在找固定优化过渡态的时候，力常数已经很小了[图片]，放开以后还是回到了产应物。请问这个该怎么处理？
A:
这种做法没什么意义
好好给个像样的初猜
Q:
好的。谢谢sob老师。那就是说如果初猜结构不是很合理，那么此时力常数的大小用于判断是否是过渡态并不是准确，是这样吗？
A:
力常数大小和这问题完全无关
用某个初猜结构算频率，发现只有一个虚频，而且和预期的对应反应方向的振动模式相符，才算个不错的初猜。在此基础上，受力越小，越接近过渡态。
至于什么限制性优化之类，若设定没什么意义，拿此时的受力说事完全没什么意义
----------------------------------------------------
2016.11.17 22:26:38
Q:
请问老师，我用 “opt freq m062x/gen pseudo=read ”优化下图中配合物的结构并计算对应的能量，合适吗？Cd离子用lanl2dz基组，C H O N Cl用6-31g(d,p)基组[图片]
A:
合适
氢的极化完全可以省
----------------------------------------------------
2016.11.17 23:23:54
Q:
[图片]老师，请问交作业时出现这样的错误是怎么回事呢？输入文件没问题，是曾经交过的。[图片]log文件最后是这样的。
A:
%mem大于实际空余内存
Q:
之前这个能交上去。我用的6GB，不大啊
A:
报错原因就是我说的
当前如果跑着别的任务当然可能导致空余内存不够
Q:
没有其他作业在算
A:
除了%mem设小没别的办法
----------------------------------------------------
2016.11.17 23:30:36
Q:
请问大家，画光吸收光谱用什么方法？谢谢
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.11.17 23:35:50
Q:
老师，Linux下运行Multiwfn3.3.9时提示没有specwfn/0001.wfn
A:
意义不明
Q:
处理另一个分子时没有这样的错误，
A:
完全不知道你在说什么
也完全不知道你在做什么，那个文件指什么
Q:
用Multiwfn计算Shannon熵，
[图片]在这里提示错误了，
A:
就算呗
牵扯到specwfn不是给一般用户用的，那是给特殊研究者用的，问特殊研究者用法
Q:
相同的步骤，处理CH3F时很正常，处理C5H11F时就出现了这样的错误，
A:
0001.wfn、0002.wfn都得自己提供
不提供显然找不到
重算
----------------------------------------------------
2016.11.17 23:35:50
Q:
大博士，量化入门班已经停止招生了？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.11.17 23:48:11
Q:
请教一个问题，opt的结果和freq的结果中的偶极矩不一样，一个是9一个是5，哪个更贴近？如果想计算的偶极矩跟准一些，需要什么方法？
求解答，O(∩_∩)O谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.18 00:16:45
Q:
老师，请教下，我跑molclus提示如下，请问是啥问题啊？
[图片]
A:
提示得很清楚了啊
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.18 00:28:10
Q:
sob老师，假设这里我们要考察138.1754 nm的那个峰的成份。于是在spectrum_curve.txt里找到与这个波长对应的那一行，内容为
138.17536 4667.80738 0.14608 310.33658 4272.69585 2.31729 0.00000 其中的0.14608 对应于（s2--->s0),对吗？
A:
未必，你得看multiwfn提示的信息，弄清楚每一列对应于基态到哪个激发态的跃迁
----------------------------------------------------
2016.11.18 00:29:04
Q:
[图片]
我想问一下，电子谱项右上角的加号代表什么意义？
A:
你看看levine的quantum chemistry的双原子分子那部分就懂了
Q:
额。。。这个图是CO2+的，
A:
Sobereva(190258442) 16:30:51
你看看levine的quantum chemistry的双原子分子那部分就懂了
Q:
我也想要一份中文版，谢谢
A:
看群共享里第七版英文版
----------------------------------------------------
2016.11.18 00:36:43
Q:
[表情]，还有中文版的？
同志，能不能发我一份中文版的？
A:
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.11.18 00:44:00
Q:
[图片]
[图片]
Sob老师，同样的结构，能量基本相同，输出结果里面偶极矩确实差很多
A:
贴关键词
两个都贴
Q:
[图片]
freq是在opt结果的基础上算的
A:
取最后结构，甭用opt freq再对比
Q:
您的意思是看opt最后结构得到的偶极矩么
想大家求助一篇文献Tuned Range-Separated Hybrids in Density Functional Theory
A:
别用额外关键词添乱
就拿一个结构，做个TD，就完了
----------------------------------------------------
2016.11.18 01:06:03
Q:
老师，使用molclus调用Gauss出错，提示如下，
[图片]
A:
设GAUSS_EXEDIR环境变量指向高斯安装目录
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.18 01:06:03
Q:
老师，使用molclus调用Gauss出错，提示如下，
[图片]
A:
没配置好Gaussian
----------------------------------------------------
2016.11.18 01:15:37
Q:
请问，优化激发态，且要考虑长程矫正，符合这样的泛函，除了m062x，wb97xd, cam-b3lyp，还有哪些呢？
A:
M062X没有长程校正
还有LC-wPBE，以及LC各种纯泛函
Q:
LC-wPBE 不是不能优化激发态么？
A:
优化激发态就甭管它
M11也算
Q:
[图片]sob老师这句话没理解，你是指这个泛函是不适用于激发态的优化，对吧？
A:
原理上适用，高斯在程序上还不支持它TD优化激发态
----------------------------------------------------
2016.11.18 01:32:08
Q:
问下大家
Linux下运行gaussian
在gnome或者那个命令行模式下计算速度有区别吗？
因为我批处理命令行不知道这么看进度，gnome下可以看到算到哪个文件了。
A:
没什么差别
----------------------------------------------------
2016.11.18 01:32:08
Q:
谢谢大家，请问谁有C70的模型的原子坐标？
A:
传群共享了
----------------------------------------------------
2016.11.18 02:47:52
Q:
群主，amber安装，并行test的时候卡住了，怎么办
可以重启吗
A:
可
Q:
重启后还需要test吗
A:
不用，任务能正常跑就行了
----------------------------------------------------
2016.11.18 03:38:30
Q:
[图片]请问在做irc时出现如下报错是怎么回事
不能删。。
信息必须要读取的
[表情]chk肯定有用处
怎么可能没用处
A:
你别从chk中读数据，结构好好写在输入文件里，hessian用calcfc重新计算
chk如果有问题，从中读取信息失败是这种报错可能性之一
当然还有其它很多可能性，没更多信息没法说
----------------------------------------------------
2016.11.18 03:44:30
Q:
sob老师您好，请问开壳层CDA，如何看反馈电子数呢？还有如何看其中一个片段转移到另一个片段的电子数呢？比如我想知道这个[图片]的值
A:
开壳层没法做ECDA，只能对两个自旋分别做CDA，会分别给你d,b项，体现了电荷转移
如果体系只有两个片段，只需要考察净转移量，直接考察片段的电荷在结合成复合物前后的变化足矣，用不着CDA
----------------------------------------------------
2016.11.18 03:54:01
Q:
请教一下各位大神，本人从未接触过VMD，不知道其有何大的用处啊？感觉老师的帖子里经常使用VMD
各位老师，有一个关于动力学模拟软件的问题，老师的molclus软件结合动力学来做的确很厉害、有用，但是我目前使用windows版本的电脑，想知道有没有相关的动力学模拟软件适用于windows啊？你们是如何解决这个问题的呢。在此先谢过了。
A:
gromacs有第三方编译好的windows版，不过坂本很老
MS的forcite跑动力学也可以，然后用此文方法把轨迹转成.xyz
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
----------------------------------------------------
2016.11.18 04:09:40
Q:
咨询一下，如果用高斯来计算分子，考虑是否有分子内氢键，是不是需要用色散矫正泛函？万一要是没有呢？这个对结果有影响吗？谢谢指点
A:
看具体用的什么泛函。如果氢键较强，哪怕B3LYP这种算色散作用失败的泛函也不至于在几何优化时问题太大。但如果牵扯到内氢键破坏之类问题前后的能量差，用这种泛函不加色散校正在定量上误差会比较明显
----------------------------------------------------
2016.11.18 04:10:31
Q:
请问设置了周期性边界条件时，中心分子离盒子边界至少要多大？
A:
都得看具体情况，诸如分子的特征（球形还是长链）之类，还有非键作用cutoff等等。
如果没有任何前提，至少也不能小于1nm
----------------------------------------------------
2016.11.18 04:30:49
Q:
请问各位老师，高斯里面如果不指定，默认使用几核计算啊？
没有
在哪里编辑？
A:
单核
----------------------------------------------------

复制代码