计算化学公社

标题: 请管理员删除 [打印本页]

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Author: Cinene0523 时间: 2025-10-21 22:51
标题: 请管理员删除
本帖最后由 Cinene0523 于 2025-11-23 23:00 编辑

问题已解决，内容涉及隐私，请管理员删除。

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Author: Satoru 时间: 2025-10-21 23:10
一个可能的原因是第二个计算里程序没能自动构建对应要成的键（2-34、6-33）的冗余内坐标，导致没法很好地描述环化的运动模式。

你可以选择用modred手动加上这几个内坐标（46-52加上也可能有好处），或者把第二个计算的关键词改成`Geom=AllCheck Opt=(TS,RCFC,NoFreeze,NoEigen) ...`，删除坐标和标题行，并在开头用%oldchk指向限制性优化的chk文件，让程序读取限制性优化步骤的内坐标（包含要成的键，并且用NoFreeze解冻）。因为你在第一步已经做了freq，再做一次CalcFC有点浪费机时。

如果还不行的话，可能就是初猜不够好，考虑用ORCA做NEB。

作者
Author: Cinene0523 时间: 2025-10-21 23:21

Satoru 发表于 2025-10-21 23:10
一个可能的原因是第二个计算里程序没能自动构建对应要成的键（2-34、6-33）的冗余内坐标，导致没法很好地描 ...

谢谢老师建议！

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Author: Stardust0831 时间: 2025-10-21 23:23
找到一个接近的虚频以后，再次优化的时候在opt里带上maxstep=5来改小步长。
可以参考我这篇帖子：《使用柔性扫描与半经验DFT辅助搜索有机反应过渡态经验分享》

作者
Author: Cinene0523 时间: 2025-10-21 23:24

Stardust0831 发表于 2025-10-21 23:23
找到一个接近的虚频以后，再次优化的时候在opt里带上maxstep=5来改小步长。
可以参考我这篇帖子：《使用柔 ...

谢谢老师分享！

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-10-21 23:25

Satoru 发表于 2025-10-21 23:10
一个可能的原因是第二个计算里程序没能自动构建对应要成的键（2-34、6-33）的冗余内坐标，导致没法很好地描 ...

老师，您觉得选用不同的坐标、或者内坐标的不同构建方法会影响每一步的梯度结果本身么？

作者
Author: Satoru 时间: 2025-10-21 23:48
本帖最后由 Satoru 于 2025-10-21 13:36 编辑

Stardust0831 发表于 2025-10-21 11:25
老师，您觉得选用不同的坐标、或者内坐标的不同构建方法会影响每一步的梯度结果本身么？

梯度本身在数值精度内应该是不随内坐标的选择变化的吧，但是不同的内坐标会影响程序如何跟踪虚频模式和选择下一步的结构

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-10-22 10:40

Satoru 发表于 2025-10-21 23:10
一个可能的原因是第二个计算里程序没能自动构建对应要成的键（2-34、6-33）的冗余内坐标，导致没法很好地描 ...

同意二楼的办法。
补充，也可以用geom=conn加上连接关系，相连接的原子有关内坐标会自动添上。Opt算法可以试试gdiis或newton代替默认算法，会较好的“粘滞”在用rcfc读入的虚频上（虽然不清楚原理，但有这个现象）。
另外，环加成最好用开壳层找过渡态，经常有过渡态自旋极化的现象。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-10-22 14:52
我有个偏机理上的疑惑，你这个反应是在中性条件下发生还是在碱性条件下发生的呀？如果是前者，你当前的模型没问题；如果是后者，你可能要考虑去质子后的形式。

作者
Author: Cinene0523 时间: 2025-10-22 15:45

Daniel_Arndt 发表于 2025-10-22 14:52
我有个偏机理上的疑惑，你这个反应是在中性条件下发生还是在碱性条件下发生的呀？如果是前者，你当前的模型 ...

暂时先测试了中性，后续再做有金属催化的计算

作者
Author: Cinene0523 时间: 2025-10-22 16:05

lanthanum 发表于 2025-10-22 10:40
同意二楼的办法。
补充，也可以用geom=conn加上连接关系，相连接的原子有关内坐标会自动添上。Opt算法可 ...

老师您好，开壳层计算过渡态有相关资料吗，这方面不太了解

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-10-22 20:03

Cinene0523 发表于 2025-10-22 16:05
老师您好，开壳层计算过渡态有相关资料吗，这方面不太了解

upbe1pbe em=gd3bj guess=(mix,always)
不过如楼上所说，从反应的角度，结构有点奇怪。

作者
Author: Cinene0523 时间: 2025-10-22 23:08

lanthanum 发表于 2025-10-22 20:03
upbe1pbe em=gd3bj guess=(mix,always)
不过如楼上所说，从反应的角度，结构有点奇怪。

感谢老师，这个反应有3+2和5+2两个路径，5+2的已经算好了，在做3+2的评估

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