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标题: 求助关于伞形采样计算结合自由能曲线存在断点及直方图无伞形曲线 [打印本页]

作者
Author: suntl 时间: 2025-10-22 08:53
标题: 求助关于伞形采样计算结合自由能曲线存在断点及直方图无伞形曲线
现有一天然蛋白二体，我想尝试用牵引和伞形采样计算其结合自由能；因无动力学模拟经验，故参照了示例教程http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/；
牵引过程的轨迹文件观察到蛋白没有过多形变（详附mdp文件），pull_coord1_geometry=distance, pull_coord1_rate=0.001nm/ps, pull_coord1_k=5000(尝试低于5000会有较大形变)，故进行随后的构象采样，以初始COM=2.1nm，间隔0.15nm，到COM>5.1nm的距离选取了27个构象，c-rescale压浴100ps平衡后，对每个构象进行10ns模拟；随后步骤均于教程一致"gmx wham -it tpr.dat -if pullf.dat -hist -o -unit kJ"（合并27个tpr及pullf文件进入dat）
但最终结果的势能图出现断点，以及直方图看不到伞形曲线，希望各位老师或有经验的同学赐教。

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-22 19:42
histogram 用 xmgrace -nxy 看。
断点通常是因为该部分采样不足，先看histogram 确认。

作者
Author: zylaaa 时间: 2026-4-1 18:57

student0618 发表于 2025-10-22 19:42
histogram 用 xmgrace -nxy 看。
断点通常是因为该部分采样不足，先看histogram 确认。

请问采样不足如何实现补采呢

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-1 21:33

zylaaa 发表于 2026-4-1 18:57
请问采样不足如何实现补采呢

看看pull的轨迹哪一点在要补的位置，取那一帧跑umbrella sampling。

作者
Author: zylaaa 时间: 2026-4-3 21:03

student0618 发表于 2026-4-1 21:33
看看pull的轨迹哪一点在要补的位置，取那一帧跑umbrella sampling。

老师您好，请问可以理解为从反应坐标的his图看到的比如0.3处是没有曲线覆盖的，就认为是0.3处的采样不充分，然后从提取该0.3处的gro文件再次进行NPT预平衡和US采样，最后再重新进行WHAM的分析，此次分析已经加上了该0.3处的采样情况。

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-3 21:46

zylaaa 发表于 2026-4-3 21:03
老师您好，请问可以理解为从反应坐标的his图看到的比如0.3处是没有曲线覆盖的，就认为是0.3处的采样不充 ...

是。
实际情况也有可能需要补多于一个window的。

作者
Author: zylaaa 时间: 2026-4-13 09:17

student0618 发表于 2026-4-3 21:46
是。
实际情况也有可能需要补多于一个window的。

明白了，谢谢老师

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