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标题: 求助关于伞形采样计算结合自由能曲线存在断点及直方图无伞形曲线 [打印本页]

作者
Author: suntl 时间: 2025-10-22 08:53
标题: 求助关于伞形采样计算结合自由能曲线存在断点及直方图无伞形曲线
现有一天然蛋白二体，我想尝试用牵引和伞形采样计算其结合自由能；因无动力学模拟经验，故参照了示例教程http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/；
牵引过程的轨迹文件观察到蛋白没有过多形变（详附mdp文件），pull_coord1_geometry=distance, pull_coord1_rate=0.001nm/ps, pull_coord1_k=5000(尝试低于5000会有较大形变)，故进行随后的构象采样，以初始COM=2.1nm，间隔0.15nm，到COM>5.1nm的距离选取了27个构象，c-rescale压浴100ps平衡后，对每个构象进行10ns模拟；随后步骤均于教程一致"gmx wham -it tpr.dat -if pullf.dat -hist -o -unit kJ"（合并27个tpr及pullf文件进入dat）
但最终结果的势能图出现断点，以及直方图看不到伞形曲线，希望各位老师或有经验的同学赐教。

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-22 19:42
histogram 用 xmgrace -nxy 看。
断点通常是因为该部分采样不足，先看histogram 确认。

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