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标题: 重元素三碳酸铀酰的优化问题，出现了优化完成但是成键混乱的结果（opt收敛且无虚频） [打印本页]

作者
Author: 理论计算-小白白 时间: 2025-10-22 17:54
标题: 重元素三碳酸铀酰的优化问题，出现了优化完成但是成键混乱的结果（opt收敛且无虚频）
本帖最后由理论计算-小白白于 2025-10-23 17:19 编辑

参考了sob老师的《谈谈赝势基组的选用》，选择了合适的基组，下面是我的输入文件和三碳酸铀酰的初始结构：
%chk=Uranyl_Complex_B3LYP_SDD.chk
%mem=24GB
%nprocshared=8
# UB3LYP/GenECP EmpiricalDispersion=GD3 opt SCF=MaxCycle=1000

Title: Uranyl tricarbonate (G09 GenECP修正版)

-4 1
U                -0.58509476 -0.21386022 0.07264398
C                -2.67143845 -1.40579059 -0.82720714
C                -0.34834144 2.23669228 0.77287104
O                -1.36122564 -1.56226721 -1.30509477
O                -2.55409770 -0.77923526 0.42234243
O                -1.51961926 1.45834977 0.86931675
O                0.53263574 1.52878341 -0.06496602
O                0.01979387 -2.04993194 0.83534658
O                1.32158861 -0.80917732 -0.50101872
C                1.34849049 -1.86346145 0.42388276
O                -3.88077330 -1.77964033 -1.49252331
O                2.49914541 -2.58044634 0.87866394
O                -0.09272624 3.48299391 1.42578229
O                -0.96021433 0.63615787 -1.76593008
O                -0.16066628 -0.15099569 2.08746618

U 0
SDD
****
C 0
6-31G(d)
****
O 0
6-31G(d)
****

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

下面是输出的优化完成的三碳酸铀酰

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

我参考了一下文献，优化完的U=O的键长键角不合理（很容易看出来成键混乱），这是为什么呢，是初始结构设置的不合理么。。。。想请教一下前辈们。
那么下面这个三碳酸铀酰初始结构合理么，我现在在优化下面这个结构，并且新加了溶剂化模型

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

因为我后面还需要优化硝酸铀酰等等铀酰配合物（基组关键词特征肯定需要一样），请老师们指教，感谢

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: beefly 时间: 2025-10-22 18:27
这种问题几乎是月经贴。没有给赝势

作者
Author: 理论计算-小白白 时间: 2025-10-22 19:23

beefly 发表于 2025-10-22 18:27
这种问题几乎是月经贴。没有给赝势

感谢前辈回复，您说的没有给赝势我一开始确实没有听懂，然后我去公社查了一下关于genecp定义基组相关问题，然后看了《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》，得到目前的结论‘只定义了基组，但是没有给U定义赝势。结果就是原子会聚到U原子上。’对么
然后我根据帖子写出了修改后的输入文件，请您过目。。
%chk=Uranyl_Complex_B3LYP_SDD.chk
%mem=24GB
%nprocshared=8
# UB3LYP/GenECP EmpiricalDispersion=GD3 opt SCF=MaxCycle=1000 SCRF=(PCM,Solvent=Water)

Title: Uranyl tricarbonate (Corrected with ECP)

-4 1
U                   0.00000000 0.00000000 0.00000000
O                   0.00000000 0.00000000 1.78000000
O                   0.00000000 0.00000000 -1.78000000
C                   2.45000000 0.00000000 0.00000000
O                   2.45000000 1.28000000 0.00000000
O                   3.58000000 0.00000000 0.00000000
O                   2.45000000 -1.28000000 0.00000000
C                -1.22500000 2.12100000 0.00000000
O                -1.22500000 3.40100000 0.00000000
O                -2.35500000 2.12100000 0.00000000
O                -0.09500000 2.12100000 0.00000000
C                -1.22500000 -2.12100000 0.00000000
O                -0.09500000 -2.12100000 0.00000000
O                -2.35500000 -2.12100000 0.00000000
O                -1.22500000 -3.40100000 0.00000000

U 0
SDD
****
C 0
6-31G(d)
****
O 0
6-31G(d)
****

U 0
SDD

目前应该就没什么问题了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-23 08:37

理论计算-小白白发表于 2025-10-22 19:23
感谢前辈回复，您说的没有给赝势我一开始确实没有听懂，然后我去公社查了一下关于genecp定义基组相关问题 ...

对
但是当前体系负电荷那么密集，O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)
不是开壳层就不要带着U，否则白浪费大量时间

另外注意以后提到博文、帖子时要给出原链接，这次我给你加上了

作者
Author: 理论计算-小白白 时间: 2025-10-23 13:52
本帖最后由理论计算-小白白于 2025-10-23 14:34 编辑

sobereva 发表于 2025-10-23 08:37
对
但是当前体系负电荷那么密集，O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)

好的，感谢sob老师的建议。

作者
Author: 理论计算-小白白 时间: 2025-10-23 17:11
本帖最后由理论计算-小白白于 2025-10-23 17:24 编辑

sobereva 发表于 2025-10-23 08:37
对
但是当前体系负电荷那么密集，O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)

sob老师，我有一些关于体系是否加弥散函数的问题。
1.裸露的铀酰离子（整体电荷是+2，O电负性强，我认为可以是U2+和两个O2-结合【其实不是，因为U+6无法电离出来，和碳酸根一样这是一个整体】，但是氧原子确实是局部的负电荷中心）需要给氧加弥散么，因为我看sob老师您之前帖子的回复是局部有显著负电荷需要加弥散http://bbs.keinsci.com/thread-54498-1-1.html，但是之前帖子《谈谈弥散函数和“月份”基组》说的是正电荷不要加（我认为是针对于单一的离子，比如说Ca2+，这里的裸露的铀酰离子不符合）
2.这个帖子是由于三碳酸铀酰整体电荷为-4才给O（电负性强）加弥散么，还是说局部有显著负电荷（如碳酸根），需要给氧加弥散。是所有氧都加弥散么，还是说只有碳酸根中氧弥散（这又回到了第一个问题）。
3.其次如果一个体系整体不带电荷（中性），但是局部有显著负电荷，比如说硝酸铀酰（我可以这么认为硝酸铀酰有显著负电荷么），我需要给氧加弥散么，《谈谈弥散函数和“月份”基组》说中性体系且其中不涉及显著的弱相互作用、没有局部带显著负电荷的时候不加。

这是我ai的对比图片

，是ai说的，不一定正确。我看图片加载不出来我就补充在上面的帖子下面了

最后我认为只要局部带显著负电荷时就要弥散函数，也就是说三碳酸铀酰和硝酸铀酰中所有氧都需要弥散（包括裸露的铀酰离子）（如果裸露的铀酰离子不需要弥散，是不是三碳酸铀酰中部分氧需要定义弥散，即碳酸根中氧），请老师指教

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-24 01:56

理论计算-小白白发表于 2025-10-23 17:11
sob老师，我有一些关于体系是否加弥散函数的问题。
1.裸露的铀酰离子（整体电荷是+2，O电负性强，我认为 ...

认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html，别在本论坛随便提及AI生成的东西

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

我很反感在本论坛看到AI产生的文字。并且你的图也加载不出来

最经济的做法：带负电荷显著的氧加弥散
最省事的做法：所有氧都加弥散

作者
Author: 理论计算-小白白 时间: 2025-10-24 12:26

sobereva 发表于 2025-10-24 01:56
认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html，别在本论坛随便提及AI生成的东西

...

好的社长，我的问题，以后不会了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)