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标题: 求助：Gromacs利用自由能微扰计算溶解自由能时，结果中出现异常大的值（10e29数量级） [打印本页]

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Author: 842655799 时间: 2025-10-23 11:27
标题: 求助：Gromacs利用自由能微扰计算溶解自由能时，结果中出现异常大的值（10e29数量级）
各位老师，我目前在做纤维素晶体中角落链在水中的溶解自由能计算，利用自由能微扰（FEP）的方式，gmx bar计算的结果出现异常值，请问我该如何解决？如果有想交流可以联系我：842655799@qq.com

纤维素模型是以8糖为基础构建的周期性无限长链，图1为生产模拟的mdp文件，图2为gmx bar的结果（异常值已标记），lambda如下（共20个）
                           00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
FEP_LAMBDAS  = (0.00 0.05 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 0.60 0.70 0.80 0.85 0.90 0.92 0.94 0.95 0.96 0.97 0.98 0.99 1.00)
VDW_LAMBDAS  = (0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 0.60 0.68 0.75 0.82 0.88 0.94 1.00)
COUL_LAMBDAS = (0.00 0.05 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 0.60 0.70 0.80 0.85 0.90 0.92 0.94 0.95 0.96 0.97 0.98 0.99 1.00)

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