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标题: 进行酶固定化模拟，如何将二氧化硅载体进行硅烷化？ [打印本页]

作者
Author: 784539690 时间: 2025-10-23 16:10
标题: 进行酶固定化模拟，如何将二氧化硅载体进行硅烷化？
本帖最后由 784539690 于 2025-10-29 17:05 编辑

我是使用Si–OH + Cl–Si(CH₃)₃ → ≡Si–O–Si(CH₃)₃+ HCl该反应，进行二氧化硅载体的改性，现在已经参考Sobtop的例9，成功生成了二氧化硅的pdb和拓扑文件，现在想请教，使用什么软件和方法将二氧化硅的氧原子接上硅原子和在硅原子上接上三个甲基。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-24 02:53
用GaussView编辑结构

作者
Author: 784539690 时间: 2025-10-29 17:04
本帖最后由 784539690 于 2025-10-29 17:11 编辑

sobereva 发表于 2025-10-24 02:53
用GaussView编辑结构

还想问问老师，我对羟基化二氧化硅使用sobtob生成拓扑文件时，用1，5指认原子类型，但是还是显示表面氧（蓝色）和六个硅原子（黄色）这21个原子“21 atoms do not have atom type currently”，请问原因是什么。我已对表面氧进行了相关定义，相关参数文件已上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-30 08:45
没有叫sobtob的东西

对于sobtop，要么没让sobtop正确获得原子间连接关系（sobtop怎么获得连接关系在http://sobereva.com/soft/Sobtop里说得很清楚），要么AT_assign.dat没写对。反复检查

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