计算化学公社

标题: 求助Zn离子和水结合能计算结果和我参考的论文的数据相差特别远 [打印本页]

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-26 13:56
标题: 求助Zn离子和水结合能计算结果和我参考的论文的数据相差特别远
各位老师好，我正在计算锌离子和6个水的结合能（是从分子动力学模拟之后里的中间一帧选取的），因为我觉得结构已经定型了，所以后面也没有做结构优化，直接做的能量计算，gjf（锌离子和水一起）设置如下图。

后面的锌离子和水重新做了结构优化（水：# opt freq b3lyp/6-31g(d') em=gd3bj）（锌离子：# opt freq b3lyp/6-31g(d')）
，然后做的能量计算（水：m062X/def2tzvp em=gd3）（锌离子：# geom=connectivity def2tzvp em=gd3 m062x）
然后做结合能计算：
锌离子和水各自单独的能量：我是用单点能计算之后的锌离子的能量+结构优化得到的Thermal Correction to Free Energy
得到的结合能：锌离子和水整体的能量-锌离子的能量-水的能量=-0.14191Hartree
这个和我参考的论文的数据相差特别远，论文是-0.06eV（分子动力学模拟和我做的也不太一样，水模型用的也不一样，我们用的是5点水，论文用的是三点水）

请问各位老师，数据为什么差的这么大？

我还有以下疑问：
1从分子模拟的轨迹中选取的结构是随便选取的吗，中间的就可以还是说最后的结构是最好？
2模拟的5点水和3点水是不是也会影响结合能最后不同

作者
Author: pal 时间: 2025-10-26 14:38
与参考论文的计算级别是否严格一致，
选取结构可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
5点水3点水只影响分子动力学进行的构型搜索，只要不影响到搜索到的构型就没啥影响

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-26 16:04
本帖最后由 moiraaa 于 2025-10-26 16:16 编辑

pal 发表于 2025-10-26 14:38
与参考论文的计算级别是否严格一致，
选取结构可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
5 ...

好的，谢谢老师
但是我还是有些疑问：
1这篇论文里并没有提到计算锌离子和水的结合能是怎样计算的，只是给出了计算的数值，所以我也不确定计算的级别是否一致2您是让我用molclus进行构想搜索吗

作者
Author: reid 时间: 2025-10-26 19:34
你仔细看看文献是不是用vasp算的，要是用vasp算的，由于没法加电荷，很可能算的是Zn原子+H2O

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-26 21:34
本帖最后由 moiraaa 于 2025-10-26 21:40 编辑

reid 发表于 2025-10-26 19:34
你仔细看看文献是不是用vasp算的，要是用vasp算的，由于没法加电荷，很可能算的是Zn原子+H2O

我看了，它确实的vasp算的，谢谢您

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-26 21:41

reid 发表于 2025-10-26 19:34
你仔细看看文献是不是用vasp算的，要是用vasp算的，由于没法加电荷，很可能算的是Zn原子+H2O

老师，您觉得我这个最后计算能量的结构应该是轨迹的哪个部分？最后吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-27 03:01
如果仅仅是Zn2+离子结合六个水，配合物的结构是什么样是充分已知的（不知道就自行google），不需要自行做构型搜索，根本不需要跑动力学

至于无法重现文献，仔细看
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

十分不建议将M06-2X用于过渡金属配合物，不要随便把这个泛函当成默认的，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-27 13:45

sobereva 发表于 2025-10-27 03:01
如果仅仅是Zn2+离子结合六个水，配合物的结构是什么样是充分已知的（不知道就自行google），不需要自行做构 ...

谢谢老师您的解答。
我是要做Zn-H2O的体系和另一个体系（Zn-水凝胶）做对比，所以做了分子模拟
老师，请问如果是另一个体系我应该选取轨迹中的什么结构，最后一个结构吗

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-10-27 22:23

sobereva 发表于 2025-10-27 03:01
如果仅仅是Zn2+离子结合六个水，配合物的结构是什么样是充分已知的（不知道就自行google），不需要自行做构 ...

社长，我后面设置的是这个计算锌离子的能量：tpsstpss /6-311g(d)，但是结果还是-0.15Hartree,您觉得有问题吗

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