计算化学公社
标题: Gaussian中有机物溶剂化后单点计算segmentation violation报错 [打印本页]
作者Author: Toing 时间: 2025-10-26 15:24
标题: Gaussian中有机物溶剂化后单点计算segmentation violation报错
本帖最后由 Toing 于 2025-10-26 15:24 编辑
平台：Centos 7.9 + Gaussian 16 (Rev C.02)。
背景：①对双酚A型环氧树脂前驱体DGEBA和自己合成的酚醛胺（Phenolic amine，伯胺、叔胺和酚羟基各1个）分别进行了opt和freq，核心参数是b3lyp/def2tzvpp empiricaldispersion=gd3bj
，成功运行，无虚频。②需要对这两种化合物计算RESP2(0.6)从而为后续它们在gromacs中IFF-R下的交联物提供前期准备，因此须先分别对它们进行单点计算，核心参数是：
#p B3LYP/def2TZVPP EmpiricalDispersion=GD3BJ SCRF(SMD,Solvent=Generic,Read) Pop=MK IOP(6/33=2,6/41=10,6/42=17) Geom=Checkpoint Test
DGEBA solvent phase single point for MK ESP (eps=4.0)
但报错如下：
Error: segmentation violation rax 0x0000000000000000, rbx 0x0000000010df02d8, rcx 0xffffffffffffffff rdx 0x00000000000263c7, rsp 0x00007fff4f2496b8, rbp 0x0000000002f1a390 rsi 0x000000000000000b, rdi 0x00000000000263c7, r8 0x00000000015d32d0 r9 0x000000006a12f570, r10 0x00007fff4f248aa0, r11 0x0000000000000206 r12 0x00007fff4f249770, r13 0x00007fff4f2497e8, r14 0x00007fff4f2497e0 r15 0x0000000010df02f8 /usr/lib64/libpthread.so.0(+0xf630) [0x2b647bc17630] /usr/lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b647c15c657]
③不断简化参数，即使不考虑溶剂化作用（DGEBA和Phenolic amine互为溶剂），如下参数也同样报错：
#p B3LYP/def2TZVPP EmpiricalDispersion=GD3BJ Pop=MK IOP(6/33=2,6/41=10,6/42=17) Geom=AllCheck Test
DGEBA gas phase single point for MK ESP no chk
④glib版本2.27，之前运行wb97xd/def2TZVPP实行opt和freq也没问题，但只要加入D3BJ，不管wb97xd还是wb97x加上其他基组也会报错segmentation violation。
问题：我的gaussian配置应该是没问题的，我该如何解决溶剂化情况下RESP的计算问题。此外，我是不是应该另分别进行溶剂化条件下两种化合物的opt+freq？但显然目前报错根源不在于此，毕竟无溶剂化的气态下也报错。不过，基于严谨性出发，我后续是否也应该执行所述opt+freq？另附上DGEBA的freq log文件以便分析。谢谢！
作者Author: wal 时间: 2025-10-26 18:17
分析报错应检查输出文件，segmentation violation报错基本无任何意义；
4是因为wb97xd自带d2校正，无d3参数。
作者Author: Toing 时间: 2025-10-26 20:01
非常感谢！根据log文件中的信息对照修改后现在它可以运行起来了。
wb97xd自带D2，所以改为wb97x+D3BJ，不过也不行。
作者Author: wal 时间: 2025-10-26 22:07
没内置d3参数 你写d3bj也没用 不然直接给你wb97x-d3了
作者Author: sobereva 时间: 2025-10-27 03:05
Gaussian里根本没法直接把wB97XD改成wB97X-D3(BJ)。老老实实用wB97XD
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